| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 666,466 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 666,466 | 0 | A | T | 100.0% | 464.8 / NA | 196 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 666,467 | 0 | G | C | 100.0% | 461.6 / NA | 196 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (88/108); total (88/108) | |||||||||||
| * | CP042583 | 666,468 | 0 | C | G | 99.5% | 464.1 / ‑5.8 | 196 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (88/107); minor base A (0/1); total (88/108) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
Only 100 of 196 total aligned reads displayed.
TGCGTCTGCGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGTATATCCATTTATT‑ATCTTTCTGCGCACTTCACGGTGCGCAGATATCTGGAGCATTTGATGATCAAGTTATCTGAAAAAGGCGTGTTTCTCGCCAGTAATAACGAAATAATTGCCGAAGAACATTTCACCGGCGAAATTAAAAAAGAAGAAGCCAAAAAAGGCACTATTGCCTGGTCTATTCTCTCTAGCCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAACTTAAAATTAAGTTTGATAGTTTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGTACAGACCGCTAAAGCGTCCGGTATGGAACGTTTCCCGCTGCCGTATGTGCTGACCAACTGCCATAACAGTCTCTGCGCCGTCGGCGGCACTATTAACGGTGATGACCATGTTTTTGGTTTAAGCGC‑GGCCCAGCGTTATGGCGGTATTTTTGTGCCTCCGCATATTGCGGTCATCCATCAATATATGCGTGAGAT > CP042583/666186‑666746 ||| gtctgcgtTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGTATATCCATTTATT‑ATCTTTCTGCGCACTTCACGGTGCGCAGATATCTGGAGCATTTGATGATCAAGTTATCTGAAAAAGGCGTGTTTCTCGCCAGTAATAACGAAATAATTGCCGAAGAACATTTCACCGGCGAAATTAAAAAAGAAGAAGCCAAAAAAGGCACTATTGCCTGGTCTATTCTCTCTTCGCATAATACg > 2:1059814/1‑289 (MQ=255) 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TGCGTCTGCGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGTATATCCATTTATT‑ATCTTTCTGCGCACTTCACGGTGCGCAGATATCTGGAGCATTTGATGATCAAGTTATCTGAAAAAGGCGTGTTTCTCGCCAGTAATAACGAAATAATTGCCGAAGAACATTTCACCGGCGAAATTAAAAAAGAAGAAGCCAAAAAAGGCACTATTGCCTGGTCTATTCTCTCTAGCCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAACTTAAAATTAAGTTTGATAGTTTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGTACAGACCGCTAAAGCGTCCGGTATGGAACGTTTCCCGCTGCCGTATGTGCTGACCAACTGCCATAACAGTCTCTGCGCCGTCGGCGGCACTATTAACGGTGATGACCATGTTTTTGGTTTAAGCGC‑GGCCCAGCGTTATGGCGGTATTTTTGTGCCTCCGCATATTGCGGTCATCCATCAATATATGCGTGAGAT > CP042583/666186‑666746 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |