Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 666,514 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 666,514 | 0 | A | T | 100.0% | 424.2 / NA | 176 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 666,515 | 0 | G | C | 99.4% | 413.8 / NA | 176 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (75/100); minor base T (0/1); total (75/101) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 666,516 | 0 | T | A | 100.0% | 419.6 / NA | 176 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (75/101); total (75/101) |
Only 100 of 176 total aligned reads displayed.
TTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGTATATCCATTTATT‑ATCTTTCTGCGCACTTCACGGTGCGCAGATATCTGGAGCATTTGATGATCAAGTTATCTGAAAAAGGCGTGTTTCTCGCCAGTAATAACGAAATAATTGCCGAAGAACATTTCACCGGCGAAATTAAAAAAGAAGAAGCCAAAAAAGGCACTATTGCCTGGTCTATTCTCTCTAGCCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAACTTAAAATTAAGTTTGATAGTTTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGTACAGACCGCTAAAGCGTCCGGTATGGAACGTTTCCCGCTGCCGTATGTGCTGACCAACTGCCATAACAGTCTCTGCGCCGTCGGCGGCACTATTAACGGTGATGACCATGTTTTTGGTTTAAGCGCGGCCCAGCGTTATGGCGGTATTTTTGTGCCTCCGCATATTGCGGTCATCCATCAATATATGCGTGAGATGATGGCAGGCGGCGGCAAAATGATCCTCGGGAGTGACAGCCACACCCG > CP042583/666237‑666794 ||| ttagcTCACTTGTCGCCTTCCTGAAACTCGAATTATTTAGAGTATATCCATTTATT‑ATCTTTCTGCGCACTTCACGGTGCGCAGATATCTGGAGCATTTGATGATCAAGTTATCTGAAAAAGGCGTGTTTCTCGCCAGTAATAACGAAATAATTGCCGAAGAACATTTCACCGGCGAAATTAAAAAAGAAGAAGCCAAAAAAGGCACTATTGCCTGGTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAACTTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCctct < 2:146772/285‑1 (MQ=255) 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TTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGTATATCCATTTATT‑ATCTTTCTGCGCACTTCACGGTGCGCAGATATCTGGAGCATTTGATGATCAAGTTATCTGAAAAAGGCGTGTTTCTCGCCAGTAATAACGAAATAATTGCCGAAGAACATTTCACCGGCGAAATTAAAAAAGAAGAAGCCAAAAAAGGCACTATTGCCTGGTCTATTCTCTCTAGCCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAACTTAAAATTAAGTTTGATAGTTTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGTACAGACCGCTAAAGCGTCCGGTATGGAACGTTTCCCGCTGCCGTATGTGCTGACCAACTGCCATAACAGTCTCTGCGCCGTCGGCGGCACTATTAACGGTGATGACCATGTTTTTGGTTTAAGCGCGGCCCAGCGTTATGGCGGTATTTTTGTGCCTCCGCATATTGCGGTCATCCATCAATATATGCGTGAGATGATGGCAGGCGGCGGCAAAATGATCCTCGGGAGTGACAGCCACACCCG > CP042583/666237‑666794 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |