Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 666,619 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 666,620 | 0 | G | C | 100.0% | 339.2 / NA | 143 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (64/79); total (64/79) | |||||||||||
* | CP042583 | 666,621 | 0 | T | A | 99.3% | 334.1 / NA | 143 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (64/77); minor base G (0/1); total (64/79) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 143 total aligned reads displayed.
TCAAGTTATCTGAAAAAGGCGTGTTTCTCGCCAGTAATAACGAAATAATTGCCGAAGAACATTTCACCGGCGAAATTAAAAAAGAAGAAGCCAAAAAAGGCACTATTGCCTGGTCTATTCTCTCTAGCCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAACTTAAAATTAAGTTTGATAGTTTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGTACAGACCGCTAAAGCGTCCGGTATGGAACGTTTCCCGCTGCCGTATGTGCTGACCAACTGCCATAACAGTCTCTGCGCCGTCGGCGGCACTATTAACGGTGATGACCATGTTTTTGGTTTAAGCGCGGCCCAGCGTTATGGCGGTATTTTTGTGCCTCCGCATATTGCGGTCATCCATCAATATATGCGTGAGATGATGGCAGGCGGCGGCAAAATGATCCTCGGGAGTGA‑CAGCCACACCCGTTACGGTGCATTAGGGACAATGGCAGTCGGTGAGGGCGG‑CGGTGAGTTG‑GTAAAACAGCTGCTTAATGACACCTGGGATATCGACTATCCGGGCGTGGTTG > CP042583/666341‑666895 ||| tCAAGTTATCTGAAAAAGGCGTGTTTCTCGCCAGTACTAACGAAATAATTGCCGAAGAACATTTCACCGGCGAAATTAAAAAAGAAGAAGCCAAAAAAGGCACTATTGCCTGGTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAACTTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGTACAGACCGCTAAAGCGTCAGGTATGGAACGTTTCCCGCTGCCGTATTTGCTGACCAACTGCCATAACTCACTCTgcg > 1:782369/1‑288 (MQ=255) 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cGTATGTGCTGACCAACTGCCATAACTCACTCTGCGCCGTCGGCGGCACTATTAACGGTGATGACCATGTTTTTGGTTTATCGGCGGCCCAGCGTTATGGCGGTATTTTTGTGCCTCCGCATATTGCGGTCATCCATCAATATATGCGGGAGATTATGGCAGGCGGCGGCAAAATGATCCTCTGGCTAGA‑CATCCACACACGCTACGGGGCATTATGGGCAGTGGCAGTCGGTGACGGCGG‑CGG‑GAGGTGTGTGAAACAGCCGCATAATGACATCTGGGatacggggct > 2:659158/1‑282 (MQ=255) tGACCAACTGCCATAACTCACTCTGCGCCGTCGGCGGCACTATTAACGGTGATGACCATGTTTTTGGTTTATCGGCGGCCCAGCGTTATGGCGGTATTTTTGTGCCTCCGCATATTGCGGTCATCCATCAATATATGCGTGAGATGATGGCAGGCGGCGGCAAAATGATCCCCGGGTCAGA‑CAGCCACACCCGTTACGGTGCATTAGGGACAATGGCATGCGGAGAGGGCGG‑CGGGGAGTTG‑GTGATATAGGTGCTTAATGACCCCTGGGatacaggaatcacggg > 2:972304/1‑273 (MQ=255) ccAACTGCCATAACTCACTCTGCGCCGTCGGCGGCACTATTAACGGTGATGACCATGTTTTTGGTTTATCGGCGGCCCAGCGTTATGGCGGTATTTTTGTGCCTCCGCATATTGCGGTCATCCATCAATATATGCGTGAGATGATGGCAGGCGGCGGCAAAATGATCCTCGGGTCAGA‑CAGCCACACCCGTTACGGTGCATTAGGGACAATGGCAGTCGGTGAGGGCGG‑CGGTGAGTTG‑GTAAAACAGCTGCTTAATGACACCTGGGATATCGACTATCCGGGCGTGGt < 1:1730600/289‑1 (MQ=255) ||| TCAAGTTATCTGAAAAAGGCGTGTTTCTCGCCAGTAATAACGAAATAATTGCCGAAGAACATTTCACCGGCGAAATTAAAAAAGAAGAAGCCAAAAAAGGCACTATTGCCTGGTCTATTCTCTCTAGCCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAACTTAAAATTAAGTTTGATAGTTTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGTACAGACCGCTAAAGCGTCCGGTATGGAACGTTTCCCGCTGCCGTATGTGCTGACCAACTGCCATAACAGTCTCTGCGCCGTCGGCGGCACTATTAACGGTGATGACCATGTTTTTGGTTTAAGCGCGGCCCAGCGTTATGGCGGTATTTTTGTGCCTCCGCATATTGCGGTCATCCATCAATATATGCGTGAGATGATGGCAGGCGGCGGCAAAATGATCCTCGGGAGTGA‑CAGCCACACCCGTTACGGTGCATTAGGGACAATGGCAGTCGGTGAGGGCGG‑CGGTGAGTTG‑GTAAAACAGCTGCTTAATGACACCTGGGATATCGACTATCCGGGCGTGGTTG > CP042583/666341‑666895 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |