| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 673,617 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 673,617 | 0 | A | T | 98.0% | 339.0 / NA | 150 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (68/78); minor base C (3/0); total (72/78) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.06e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 673,618 | 0 | G | C | 99.3% | 348.2 / NA | 150 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (70/77); total (72/78) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 673,619 | 0 | T | A | 98.0% | 346.5 / NA | 150 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (69/78); minor base C (3/0); total (72/78) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.08e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 150 total aligned reads displayed.
TCTGAACTTTTCCAGTAACGATTATTTAGGTTTAAGCCATCATCCGCAAATTATCCGTGCCTGGCAGCAGGGGGCGGAGCAATTTGGCATCGGTAGCGGCGGCTCCGGTCACGTCAGCGGTTATAGCGTGGTGCATCAGGCACTGGAAGAAGAGCTGGCCGAGTGGCTTGGCTATAGCCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCATGCCAGTTTGCTGGAAGCTGCCAGTTTAAGCCCGAGCCAGCTTCGCCGTTTTGCTCATAACGATGTCACTCATTTGGCGCGATTGCTTGCTTCCCCCTGTCCGGGGCAGCAAATGGTGGTGACAGAAGGCGTGTTCAGCATGGACGGCGATAGTGCGCCACTGGCGGAAATCCAGCAGGTAACGCAACAGCACAATGGCTGGTTGATGGTCGATGATGCCCACGGCACGGGCGTTATCGGGGAGCAGGGGCGCGGCAGCTGCTGGCTGCAAAAGGTAAAACCA > CP042583/673337‑673895 ||| tttCCAGTAACAGTTATTTAGGTGTAAGCCCTCATCCGCAAAGGAGCCGGGCCTGGCAGCAGGGGGCGGAGCAATTTGGCATCGGGAGCGGCGGCTCCGGTCACGTCAGCGGTTATAGCGTGGTGCATCAGGCACTGGAAGAAGAGCTGGCCGAGTGGCTTGGCTATTCGCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCATGCCTCATTGCTGGAAGCTGc < 2:444563/289‑1 (MQ=255) 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tgcCGCCCGGCTTAGCCATGCCTCATTGCTGGAAGCTGCCAGTTTAAGCCCGTCGCAGCTTCGCCGTTTTGCTCATAACGATGTCACTCATTTGGCGCGATTGCTTGCTTCCCCCTGTCCGGGGCAGCAAATGGTGGTGACAGAAGGCGTGTTCAGCATGGACGGCGATAGTGCGCCACTGGCGGAAATCCAGCAGGTAACGCAACAGCACAATGGCTGGTTGATGGTCGATGATGCCCACGGCACGGGCGTTATCGGGGAGCAGGGGCGCGGCAGCTGCTGGCTGCaa < 2:531916/289‑1 (MQ=255) ccGTCTTAGCCATGCCTCATGGCTGGAAGCTGCCAGTTTAAGCCCGTCTCAGCTTCGCCGTTTTGCTCATAACGATGTCACTCATTTGGCGCGATTGCTTGCTTCCCCCTGTCCGGGGCAGCAAATGGTGGTGACAGAAGGCGTGTTCAGCATGGACGGCGATAGTGCGCCACTGGCGGAAATCCAGCAGGTAACGCAACATCACAATGGCTGGTTGATGGTCGATGATGCCCACGGCACGGGCGTTATCGGGGAGCAGGGGCGCGGCAGCTGCTGGCTGCAAAAGGt < 1:1408255/288‑1 (MQ=255) tAGCCATGCCTCATTGCTGGAAGCTGCCAGTTTAAGCCCGTCGCAGCTTCGCCGTTTTGCTCATAACGATGTCACTCATTTGGCGCGATTGCTTGCTTCCCCCTGTCCGGGGCAGCAAATGGTGGTGACAGAAGGCGTGTTCAGCATGGACGGCGATAGTGCGCCACTGGCGGAAATCCAGCAGGTAACGCAACAGCACAATGGCTGGTTGATGGTCGATGATGCCCACGGCACGGGCGTTATCGGGGAGCAGGGGCGCGGCAGCTGCTGGCTGCAAAAGGTAAAACCa > 1:1909704/1‑289 (MQ=255) ||| TCTGAACTTTTCCAGTAACGATTATTTAGGTTTAAGCCATCATCCGCAAATTATCCGTGCCTGGCAGCAGGGGGCGGAGCAATTTGGCATCGGTAGCGGCGGCTCCGGTCACGTCAGCGGTTATAGCGTGGTGCATCAGGCACTGGAAGAAGAGCTGGCCGAGTGGCTTGGCTATAGCCGGGCACTGCTGTTTATCTCTGGTTTCGCCGCTAATCAGGCAGTTATTGCCGCGATGATGGCGAAAGAGGACCGTATTGCTGCCGACCGGCTTAGCCATGCCAGTTTGCTGGAAGCTGCCAGTTTAAGCCCGAGCCAGCTTCGCCGTTTTGCTCATAACGATGTCACTCATTTGGCGCGATTGCTTGCTTCCCCCTGTCCGGGGCAGCAAATGGTGGTGACAGAAGGCGTGTTCAGCATGGACGGCGATAGTGCGCCACTGGCGGAAATCCAGCAGGTAACGCAACAGCACAATGGCTGGTTGATGGTCGATGATGCCCACGGCACGGGCGTTATCGGGGAGCAGGGGCGCGGCAGCTGCTGGCTGCAAAAGGTAAAACCA > CP042583/673337‑673895 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |