| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 460,365 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 460,365 | 0 | A | T | 100.0% | 616.0 / NA | 258 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 460,366 | 0 | G | C | 99.6% | 605.3 / NA | 258 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (134/122); total (135/123) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.79e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 460,367 | 0 | C | G | 99.2% | 611.2 / NA | 258 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base G (134/121); total (135/123) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 258 total aligned reads displayed.
CCAGTGGAGTGCAGGGAAAGCTGAAATTTCAGACCGTTAATGATTATGGTAGTGTAACTCCGGTCAGAGAAGTGAACTTAAACTAACCGAATCATCTGACAATATCAGAGCTAATTATGAAAATACCCACTACTACGGATATTCCGCAGAGGTATACCTGGTGTCTGGCCGGAATTTGTTATAGTTCTCTTGCCATTTTACCCTCCTTTTTAAGCTATGCGGAAAGTTATTTCAACCCGGCATTTTTATTAGAGAATGGCACATCCGTTGCTGATTTAAGCCGCTTTGAGAGAGGTAATCATCAACCTGCGGGCGTGTATCGGGTGGATCTCTGGCGTAATGATGAGTTCATTGGTAGCCAGGATATCGTATTTGAAAGCACAACAGAAAATACAGGTGATAAAAGTGGTGGGTTAATGCCCTGTTTTAACCAGGTACTTCTTGAACGAATTGGCCTTAATAGCAGTGCATTTCCCGAGTTAGCCCAGCAGCAAAACAATAAATGCATCAATTTACTGAAAGCTGTACCTGATGCCACAATTAACTTTGATTTTGCA > CP042583/460087‑460643 ||| cctcaggAGTGCAGGGAAAGCTGAAATTTCAGACCGTTAATGATTATGGTTCAGTAACTCCGGTCAGAGAAGTGAACTTAAACTAACCGAATCATCTGACAATATCAGAGCTAATTATGAAAATACCCACTACTACGGATATTCCGCAGAGGTATACCTGGTGTCTGGCCGGAATTTGTTATTCATCTCTTGCCATTTTACCCTCCTTTTTAAGCTATGCGGAAAGTTATTTCAACCCGGCATTTTTATTAGAGAATGGCACATCCGTTGCTGATTTATCGCGCTTTga < 1:1585936/284‑1 (MQ=255) 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tGGCACATCCGTTGCTGATTTATCGCGCTTTGAGAGAGGTAATCATCAACCTGCGGGCGTGTATCGGGTGGATCTCTGGCGTAATGATGAGTTCATTGGTTCGCAGGATATCGTATTTGAATCGACAACAGAAAATACAGGTGATAAATCAGGTGGGTTAATGCCCTGTTTTAACCAGGTACTTCTTGAACGAATTGGCCTTAATAGCAGTGCATTTCCCGAGTTAGCCCAGCAGCAAAACAATAAATGCATCAATTTACTGAAAGCTGTACCTGATGCCACAATTa > 1:205000/1‑287 (MQ=255) ccGTTGCTGATTTATCGCGCTTTGAGAGAGGTAATCATCAACCTGCGGGCGTGTATCGGGTGGATCTCTGGCGTAATGATGAGTTCATTGGTTCGCAGGATATCGTATTTGAATCGACAACAGAAAATACAGGTGATAAATCAGGTGGGTTAATGCCCTGTTTTAACCAGGTACTTCTTGAACGAATTGGCCTTAATAGCAGTGCATTTCCCGAGTTAGCCCAGCAGCAAAACAATAAATGCATCAATTTACTGAAAGCTGTACCTGATGCCACAATTAACTTTGAttt > 1:1402187/1‑289 (MQ=255) ttGCTGATTTATCGCGCTTTGAGAGAGGTAATCATCAACCTGCGGGCGTGTATCGGGTGGATCTCTGGCGTAATGATGAGTTCATTGGTTCGCAGGATATCGTATTTGAATCGACAACAGAAAATACAGGTGATAAATCAGGTGGGTTAATGCCCTGTTTTAACCAGGTACTTCTTGAACGAATTGGc > 1:1383591/1‑188 (MQ=255) ||| CCAGTGGAGTGCAGGGAAAGCTGAAATTTCAGACCGTTAATGATTATGGTAGTGTAACTCCGGTCAGAGAAGTGAACTTAAACTAACCGAATCATCTGACAATATCAGAGCTAATTATGAAAATACCCACTACTACGGATATTCCGCAGAGGTATACCTGGTGTCTGGCCGGAATTTGTTATAGTTCTCTTGCCATTTTACCCTCCTTTTTAAGCTATGCGGAAAGTTATTTCAACCCGGCATTTTTATTAGAGAATGGCACATCCGTTGCTGATTTAAGCCGCTTTGAGAGAGGTAATCATCAACCTGCGGGCGTGTATCGGGTGGATCTCTGGCGTAATGATGAGTTCATTGGTAGCCAGGATATCGTATTTGAAAGCACAACAGAAAATACAGGTGATAAAAGTGGTGGGTTAATGCCCTGTTTTAACCAGGTACTTCTTGAACGAATTGGCCTTAATAGCAGTGCATTTCCCGAGTTAGCCCAGCAGCAAAACAATAAATGCATCAATTTACTGAAAGCTGTACCTGATGCCACAATTAACTTTGATTTTGCA > CP042583/460087‑460643 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |