| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 689,895 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 689,895 | 0 | G | C | 98.9% | 642.1 / NA | 277 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/2); new base C (144/130); total (145/132) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.07e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 689,896 | 0 | C | G | 99.6% | 654.4 / NA | 277 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (144/132); total (145/132) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.74e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 689,897 | 0 | T | A | 99.3% | 649.0 / NA | 277 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base A (144/130); total (145/132) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 277 total aligned reads displayed.
AGCGGGTTTGTACATCAATAAGCGGTTCAAAAGTCTGCCCGTTGTCCTCCGCTCGCTGCATTTGCCAGATCTGCCAGATCCCTTCGACATACCCCTGTACAAAGTTAGCGGTATTCGGCTCACTGCCGTCGGTGATCACCTGAATCGGTGCGGTGGCGTTGGCGCGCTCCATCTGTTCCGCAAAATCCACCGGAATAACCACCAGACC‑GCGAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGATCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATGGTGGCGTCGATGTAGGGGCTACCGGTCATGGTGTGGGTGAAATCCAGCGCCGCTTCGCTACGCTGTTCCAGTAAAATCCCGACCCGCAGCTTGCTGGAGTCGAGGTTAATGCCGTAACCAAAAATAAACAGCAGTAGCAGCGGGATCACTACCGCAATCAGCCAGCTACTCGGATCGCGAACGATCTGCCGCGTCTCTTTAACGCACAGCGCCCGTACGCGACGCCAGGACAGGATCGGGTTACTCATTGCTATGCTCCTTATCCCAGTCGTGGATCAACTGAATAAAGGCTTGCTCC > CP042583/689615‑690175 ||| cGGGTTTGTACATCAATAAGCGGTTCAAAAGTCTGCCCGTTGTCCTCCGCTCGCTGCATTTGCCAGATCTGCCAGATCCCTTCGACATACCCCTGTACAAAGTTAGCGGTATTCGGCTCACTGCCGTCGGTGATCACCTGAATCGGTGCGGTGGCGTTGGCGCGCTCCATCTGTTCCGCAAAATCCACCGGAATAACCACCAGACC‑GCGAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGATCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATGGTGGCGTCGATGTAGGGCGAACCGGTCa < 2:162558/289‑1 (MQ=255) ggtttttTACATCAAGCAGGGGTTCAAAAGTCTGCCCGTTGTCCTCCGCTCGCTGCATTTGCCAGATCTGCCAGATCCCTTCGCCATACCCCTGTACAAAGTTGGCGGTATTCGGCTCACTGCCGTCGGTGATCACCTGAATCGGGGCGGTGGCGTTGGCGCGCTCCATCTGTTCCGCAAAATCCACCGGAATAACCACCGGACC‑GCGAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGATCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATGGTGGCGTCGATGTAGGGCGAACCGGTCa < 2:874071/285‑1 (MQ=255) ggTTTGTACATCAATAAGCGGTTCAAAAGTCTGCCCGTTGTCCTCCGCTCGCTGCATTTGCCAGATCTGCCAGATCCCTTCGACATACCCCTGTACAAAGTTAGCGGTATTCGGCTCACTGCCGTCGGTGATCACCTGAATCGGTGCGGTGGCGTTGGCGCGCTCCATCTGTTCCGCAAAATCCACCGGAATAACCACCAGACC‑GCGAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGATCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATGGTGGCGTCGATGTAGGGCGAACCGGTCATg > 2:1689695/1‑289 (MQ=255) ttGTACATCAATAAGCGGTTCAAAAGTCTGCCCGTTGTCCTCCGCTCGCGGCATTTGCCAGATCTGCCAGATCCCTTCGACATACCCCTGTACAAAGTTAGCGGTATTCGGCTCACTGCCGTCGGTGATCACCTGAATCGGTGCGGTGGCGTTGGCGCGCTCCATCTGTTCCGCAAAATCCACCGGAATAACCACCAGACC‑GCGAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGATCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATGGTGGCGTCGATGTAGGGCGAACCGGTCATGgtg < 1:172994/289‑1 (MQ=255) ggTACATCAATATGCGGTTCAAAAGCCTGCCCGTGGTCCTCCGCTCGCTGCATTTGCCGGATCTGCCAGATCCCTTCGACATACCCCTGTACAAAGTTAGCGGTATTCGGCTCACTGCCGTCGGTGATCACCTGAATCGGTGCGGTGGCGTTGGCGCGCTCCATCTGTTCCGCAAAATCCACCGGAATAACCACCAGACC‑GCGAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGATCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATGGTGGCGTCGATGTAGGGCGAACCGGTCATGgtgt < 2:1277399/288‑1 (MQ=255) aTCAATAAGCGGTTCAAAAGTCTGCCCGTTGTCCTCCGCTCGCTGCATTTGCCAGATCTGCCAGATCCCTTCGACATACCCCTGTACAAAGTTAGCGGTATTCGGCTCACTGCCGTCGGTGATCACCTGAATCGGTGCGGTGGCGTTGGCGCGCTCCATCTGTTCCGCAAAATCCACCGGAATAACCACCAGACC‑GCGAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGATCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATGGTGGCGTCGATGTAGGGCGAACCGGTCATGGTGTGGGTg < 1:1819429/289‑1 (MQ=255) cAATAAGCGGTTCAAAAGTCTGCCCGTTGTCCTCCGCTCGCTGCATTTGCCAGATCTGCCAGATCCCTTCGACATACCCCTGTACAAAGTTAGCGGTATTCGGCTCACTGCCGTCGGTGATCACCTGAATCGGTGCGGTGGCGTTGGCGCGCTCCATCTGTTCCGCAAAATCCACCGGAATAACCACCAGACC‑GCGAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGATCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATGGTGGCGTCGATGTAGGGCGAACCGGTCATGGTGTGGGTGaa > 2:1677997/1‑289 (MQ=255) cAATAAGCGGTTCAAAAGTCTGCCCGTTGTCCTCCGCTCGCTGCATTTGCCAGATCTGCCAGATCCCTTCGACATACCCCTGTACAAAGTTAGCGGTATTCGGCTCACTGCCGTCGGTGATCACCTGAATCGGTGCGGTGGCGTTGGCGCGCTCCATCTGTTCCGCAAAATCCACCGGAATAACCACCAGACC‑GCGAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGATCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGAGGGGGGCGCCGGTGTAGGGCGAACGGGTCATGGGGTGGGTGaa > 1:1789207/1‑289 (MQ=255) ggTTCAAAAGTCTGCCCGTTGTCCTCCGCTCGCTGCATTTGCCAGATCTGCCAGATCCCTTCGACATACCCCTGTACAAAGTTAGCGGTATTCGGCTCACTGCCGTCGGTGATCACCTGAATCGGTGCGGTGGCGTTGGCGCGCTCCATCTGTTCCGCAAAATCCACCGGAATAACCACCAGACC‑GCGAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGAACAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATGGTGGCGTCGATGTAGGGCGAACCGGTCATGGTGTGGGTGAAATCCAg < 1:971421/287‑1 (MQ=255) ttCAAAAGTCTGCCCGTTGTCCTCCGCTCGCTGCATTTGCCAGATCTGCCAGATCCCTTCGACATACCCCTGTACAAAGTTAGCGGTATTCGGCTCACTGCCGTCGGTGATCACCTGAATCGGTGCGGTGGCGTTGGCGCGCTCCATCTGTTCCGCAAAATCCACCGGAATAACCACCAGACC‑GCGAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGATCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATGGTGGCGTCGATGTAGGGCGAACCGGTCATGGTGTGGGTGAAATCCAGcgcc > 1:190165/1‑289 (MQ=255) 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aTCGCTGATGGTGGCGTCGATGTAGGGCGAACCGGTCATGGTGTGGGTGAAATCCAGCGCCGCTTCGCTACGCTGTTCCAGTAAAATCCCGACCCGCAGCTTGCTGGAGTCGAGGTTAATGCCGTAACCAAAAATAAACAGCAGTAGCAGCGGGATCACTACCGCAATCAGCCAGCTACTCGGATCGCGAACGATCTGCCGCGTCTCTTTAACGCACAGCGCCCGTACGCGACGCCAGGACAGGATCGGGTTACTCATTGCTATGCTCCTTATCCCAGTCGTGGATCa > 1:1394027/1‑288 (MQ=255) aTGGTGGCGTCGATGTAGGGCGAACCGGTCATGGTGTGGGTGAAATCCAGCGCCGCTTCGCTACGCTGTTCCAGTAAAATCCCGACCCGCAGCTTGCTGGAGTCGAGGTTAATGCCGTAACCAAAAATAAACAGCAGTAGCAGCGGGATCACTACCGCAATCAGCCAGCTACTCGGATCGCGAACGATCTGCCGCGTCTCTTTAACGCACAGCGCCCGTACGCGACGCCAGGACAGGATCGGGGTACTTATTGCTATGCTCCTTATCCCAGTCGTGGATCAACTGAATa > 1:189086/1‑289 (MQ=255) tggtggCGTCGATGTAGGGCGAACCGGTCATGGTGTGGGTGAAATCCAGCGCCGCTTCGCTACGCTGTTCCAGTAAAATCCCGACCCGCAGCTTGCTGGAGTCGAGGTTAATGCCGTAACCAAAAATAAACAGCAGTAGCAGCGGGATCACTACCGCAATCAGCCAGCTACTCGGATCGCGAACGATCTGCCGCGTCTCTTTAACGCACAGCGCCCGTACGCGACGCCAGGACAGGATCGGGTTACTCATTGCTATGCTCCTTATCCCAGTCGTGGATCAACTGAATaa > 2:1028088/1‑289 (MQ=255) ggCGTCGATGTAGGGCGAACCGGTCATGGTGTGGGTGAAATCCAGCGCCGCTTCGCTACGCTGTTCCAGTAAAATCCCGACCCGCAGCTTGCTGGAGTCGAGGTTAATGCCGTAACCAAAAATAAACAGCAGTAGCAGCGGGATCACTACCGCAATCAGCCAGCTACTCTGATCGCGAACGATCTGCCGCGTCTCTTTAACGCACAGCGCCCGTACGCGACGCCAGGACAGGATCGGGTTACTCATTGCTATGCTCCTTATCCCAGTCGTGGATCAACTGAATAAAg > 1:1543383/1‑287 (MQ=255) cGTCGATGTAGGGCGAACCGGTCATGGTGTGGGTGAAATCCAGCGCCGCTTCGCTACGCTGTTCCAGTAAAATCCCGGCCCGCAGCTTGCTGGAGTCGAGGTTAATGCCGTAACCAAAAATAAACAGCAGTAGCAGCTGGATCACTACCGCAATCAGCCAGCTACTCGTATCGCGAACGATCTGCCGCGTCTCTTTAACGCACAGCGCCCGTACGCGACGCCAGGACAGGATCGGGTTACTCATTGCTATGCTCCTTATCCCAGTCGTGGATCAACTGAATAAAGGCt < 1:1698124/288‑1 (MQ=255) cGTCGATGTAGGGCGAACCGGTCATGGTGTGGGTGAAATCCAGCGCCGCTTCGCTACGCTGTTCCAGTAAAATCCCGACCCGCAGCTTGCTGGAGTCGAGGTTAATGCCGTAACCAAAAATAAACAGCAGTAGCAGCGGGATCACTACCGCAATCAGCCAGCTACTCGGATCGCGAACGATCTGCCGCGTCTCTTTAACGCACAGCGCCCGTACGCGACGCCAGGACAGGATCGGGTTACTCATTGCTATGCTCCTTATCCCAGTCGTGGATCAACTGAATAAAGGCtt > 1:1116687/1‑289 (MQ=255) ||| AGCGGGTTTGTACATCAATAAGCGGTTCAAAAGTCTGCCCGTTGTCCTCCGCTCGCTGCATTTGCCAGATCTGCCAGATCCCTTCGACATACCCCTGTACAAAGTTAGCGGTATTCGGCTCACTGCCGTCGGTGATCACCTGAATCGGTGCGGTGGCGTTGGCGCGCTCCATCTGTTCCGCAAAATCCACCGGAATAACCACCAGACC‑GCGAATTTTCCCCGCCTGCATTTTGGCGATCAGTTCCTGACGGTTATCGCTGATGGTGGCGTCGATGTAGGGGCTACCGGTCATGGTGTGGGTGAAATCCAGCGCCGCTTCGCTACGCTGTTCCAGTAAAATCCCGACCCGCAGCTTGCTGGAGTCGAGGTTAATGCCGTAACCAAAAATAAACAGCAGTAGCAGCGGGATCACTACCGCAATCAGCCAGCTACTCGGATCGCGAACGATCTGCCGCGTCTCTTTAACGCACAGCGCCCGTACGCGACGCCAGGACAGGATCGGGTTACTCATTGCTATGCTCCTTATCCCAGTCGTGGATCAACTGAATAAAGGCTTGCTCC > CP042583/689615‑690175 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |