| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 690,205 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 690,206 | 0 | C | G | 100.0% | 520.7 / NA | 222 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (107/115); total (107/115) | |||||||||||
| * | CP042583 | 690,207 | 0 | T | A | 99.6% | 523.1 / NA | 222 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (107/114); minor base G (0/1); total (107/115) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 222 total aligned reads displayed.
TACGCTGTTCCAGTAAAATCCCGACCCGCAGCTTGCTGGAGTCGAGGTTAATGCCGTAACCAAAAATAAACAGCAGTAGCA‑GCGGGATCACTACCGCAATCAGCCAGCTACTCGGATCGCGAACGATCTGCCGCGTCTCTTTAACGCACAGCGCCCGTACGCGACGCCAGGACAGGATCGGGTTACTCATTGCTATGCTCCTTATCCCAGTCGTGGATCAACTGAATAAAGGCTTGCTCCATGGTGGGATCGGGTTGCTCATCGTTAGCGCTCTGTGCTTTCAAATCGTCCGGCGTGCCGCTGGCGATTAATTTCCCGCGGTACACCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTCGGTTCGTCGAGAAACAGAATGTCCGGTTCATGCATCAGGCTACAGGCCAGCGCCAGCCGCTGTTTAAAACCTAATGGCAGTTCATCGGTGGC > CP042583/689936‑690486 ||| taggttgtgCCAGTGAAATCCCGCGCCGCAGCCTGCTGGAGTCGGGGTTAAAGCCGTAAACAAGAATAAACGGCAGTAGCA‑GCGAGATCACTACCGCAATCAGCCAGCTACTCGGATCGCGAACGAGCTGCCGCGTCTCTTTAACGCACAGCGCCCGTACGCGACGCCAGGACAGGATCGGGTTACTCATTGCTATGCTCCTTATCCCAGTCGTGGATCAACTGAATAAAGGCTTGCTCCATGGTGGGATCGGGTTGCTCATCGTTAGCCGACTGTGCTTTCAAATCg < 2:189086/283‑1 (MQ=255) 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tGCTCATCGTTAGCCGACTGTGCTTTCAAATCGTCCGGCGTGCCGCTGGCGATTAATTTCCCGCGGTACACCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTCGGTTCGTCGAGAAACAGAATGTCCGGTTCATGCATCAGCGAACAGGCCAGCGCCAGCCGCTGTTTAAAACCTAATGGCAGTTCAt < 2:364574/289‑1 (MQ=255) gCTCATCGTTAGCCGACTGTGCTTTCAAATCGTCCGGCGTGCCGCTGGCGATTAATTTCCCGCGGTACACCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTCGGTTCGTCGAGAAACAGAATGTCCGGTTCATGCCACACCGAACAGGCCCGCCCCAACCCCCTGTTAAAACCTAATGGCCGtgcctc > 2:1787547/1‑284 (MQ=255) gCTCATCGTTAGCCGACTGTGCTTTCAAATCGTCCGGCGTGCCGCTGGCGATTAATTTCCCGCGGTACACCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTCGGTTCGTCGAGAAACAGAATGTCCGGTTCATGCATCAGCGAACAGGCCAGCGCCAGCCGCTGTTTAAAACCTAATGGCAGTTCacc > 2:352357/1‑287 (MQ=255) ||| TACGCTGTTCCAGTAAAATCCCGACCCGCAGCTTGCTGGAGTCGAGGTTAATGCCGTAACCAAAAATAAACAGCAGTAGCA‑GCGGGATCACTACCGCAATCAGCCAGCTACTCGGATCGCGAACGATCTGCCGCGTCTCTTTAACGCACAGCGCCCGTACGCGACGCCAGGACAGGATCGGGTTACTCATTGCTATGCTCCTTATCCCAGTCGTGGATCAACTGAATAAAGGCTTGCTCCATGGTGGGATCGGGTTGCTCATCGTTAGCGCTCTGTGCTTTCAAATCGTCCGGCGTGCCGCTGGCGATTAATTTCCCGCGGTACACCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTCGGTTCGTCGAGAAACAGAATGTCCGGTTCATGCATCAGGCTACAGGCCAGCGCCAGCCGCTGTTTAAAACCTAATGGCAGTTCATCGGTGGC > CP042583/689936‑690486 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |