Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 461,478 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 461,478 | 0 | A | T | 99.5% | 495.9 / NA | 213 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base T (100/112); total (100/113) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 461,479 | 0 | G | C | 99.5% | 490.7 / NA | 213 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (100/112); total (100/113) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 461,480 | 0 | C | G | 99.1% | 485.0 / NA | 213 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base G (98/112); total (100/113) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.21e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 213 total aligned reads displayed.
GTCACCATCGACGAGCGCGATGGCAATCAGCAGAATTACACAATTCCGTATAGTACAGTGCCAATTTTACA‑ACGCGAAGGGCGTTTCAAATTTGACCTGACGGCGGGCGATTTTCGTAGCGGTAATAGTCAGCAAAGTAGC‑CCTTTCTTTTTTCAGGGTACGGCACTCGGCGGTTTACCACAGGAATTTACTGCCTACGGCGGGACGCAATTATCTGCCAATTACACCGCCTTTTTATTAGGGCTGGGGCGCAATCTCGGGAACTGGGGCGCAGTGAGCCTGGATGTAACGCATGCGCGCAGTCAGTTAGCCGACGCCAGTCGTCATGAGGGGGATTCTATTCGCTTCCTCTATGCGAAAAGCATGAACACCTTCGGCACCAATTTTCAGTTAATGGGTTACCGCTATAGCACACAAGGTTTTTATACCCTTGATGATGTTGCGTATCGTCGAATGGAGGGGTACGAATATGATTACGACGGTGAGCATCGCGATGAACCGATAATCGTGAATTACCACAATTTACGCTTTAGCCGTAAAGACCGTTTGCAGTTAA > CP042583/461202‑461757 ||| cACTATCGACGAGCGCGATGGCAATCAGCAGAATTACACAATTCCGTATTCAACAGTGCCAATTTTACA‑ACGCGAAGGGCGTTTCAAATTTGACCTGACGGCGGGCGATTTTCGTAGCGGTAATAGTCAGCAATCATCG‑CCTTTCTTTTTTCAGGGTACGGCACTCGGCGGTTTACCACAGGAATTTACTGCCTACGGCGGGACGCAATTATCTGCCAATTACACCGCCTTTTTATTAGGGCTGGGGCGCAATCTCGGGAACTGGGGCGCAGTGTCGCTGGATGTAAc > 1:529563/1‑288 (MQ=255) 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gggCGCAGTGTCGCTGGATGTAACGCATGCGCGCAGTCAGTTAGCCGACGCCAGTCGTCATGAGGGGGATTCTATTCGCTTCCTCTATGCGAAATCGATGAACACCTTCGGCACCAATTTTCAGTTAATGGGTTACCGCTATTCGACACAAGGTTTTTATACCCTTGATGATGTTGCGTATCGTCGAATGGAGGGGTACGAATATGATTACGACGGTGAGCATCGCGATGAACCGATAATCGTGAATTAACAAAATTTACGATTTAACCGTAAAGACCGTTTTCAGTTa > 2:1897235/1‑289 (MQ=255) gcggAGTGTGGCTGGATGTACAGCATGAGCGCAGTCAGTTAGCCGCAGCCAGTCTTCATGAGGGGGATTCTATTAGCTTCCTCTATGCGAAATCGATGAAAACCTTAGGCACCAATTTTTAGTTAATGGGTTACCGCTAGTCGACACAAGGTTTTTATACCCTGGATGATGTTGCGTATCGTCGAATGGAGGGGTACGAATATGATTACGACGGTGAGCATCGCGATGAACCGATAATCGTGAATTACCACAATTTACGCTTTAGCCGTAAAGACCGTTTGCAGTTaa < 2:1679249/288‑1 (MQ=255) ||| GTCACCATCGACGAGCGCGATGGCAATCAGCAGAATTACACAATTCCGTATAGTACAGTGCCAATTTTACA‑ACGCGAAGGGCGTTTCAAATTTGACCTGACGGCGGGCGATTTTCGTAGCGGTAATAGTCAGCAAAGTAGC‑CCTTTCTTTTTTCAGGGTACGGCACTCGGCGGTTTACCACAGGAATTTACTGCCTACGGCGGGACGCAATTATCTGCCAATTACACCGCCTTTTTATTAGGGCTGGGGCGCAATCTCGGGAACTGGGGCGCAGTGAGCCTGGATGTAACGCATGCGCGCAGTCAGTTAGCCGACGCCAGTCGTCATGAGGGGGATTCTATTCGCTTCCTCTATGCGAAAAGCATGAACACCTTCGGCACCAATTTTCAGTTAATGGGTTACCGCTATAGCACACAAGGTTTTTATACCCTTGATGATGTTGCGTATCGTCGAATGGAGGGGTACGAATATGATTACGACGGTGAGCATCGCGATGAACCGATAATCGTGAATTACCACAATTTACGCTTTAGCCGTAAAGACCGTTTGCAGTTAA > CP042583/461202‑461757 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |