Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 702,899 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 702,899 | 0 | G | C | 99.1% | 495.4 / NA | 214 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/0); new base C (98/114); total (100/114) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.17e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 702,900 | 0 | C | G | 99.5% | 501.0 / NA | 214 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (99/114); total (100/114) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.67e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 702,901 | 0 | T | A | 99.5% | 500.2 / NA | 214 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (99/113); minor base C (0/1); total (100/114) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 214 total aligned reads displayed.
TCATCATTTTGCTCAACTTCATTTTCGATATCAGTGCGGAACAGCGCGGCGGTGAGCAACAGACGTTTATCCAGAACCTGCCATTTGGTGCCAATCTCGCTGGTGTTGGCTTTTTGCGGTTTAAAATCGGTGCGGTTGGCACTGTTACCGCTGCCAGACTGCGCAAGGGCGAAGTTGTTGCCGCCCGGAGGCTGCTGGGAAACGGCATAGTTAATATAGACATTGCCGTTTTCCGTCAGGTGATACAGCGCCCCGGCTTTCCAGTTCATCAGATTGCCGCTCTTGGCGGTGTCGACGGTGGTGACCGGAGAACCTTTTGCCACACCAGTTGGGCAGGTGATGGCACCGCGTCCGCTGCCGCCGCAGGCGGTGGCACTGTCATATTCAGTATGATAATTATCCAGACGGATCCCGCCGTTCAGCTCAAAATCACGGGTGATTTGCAGCGTATCAAAGGCGTAAATTGCGAAGGTATCCGTCTGACCATTGGCGTTTGCGCCGTTGCGCGTCAGGCCGCCGGGATGAATGCTGCTGTCAGGATGATAAATATTTACCGCG > CP042583/702621‑703178 ||| tcatcaTTTTGCTCAACTTCATTTTCGATATCAGTGCGGAACAGCGCGGCGGTGAGCAACAGACGTTTATCCAGAACCTGCCATTTGGTGCCAATCTCGCTGGTGTTGGCTTTTTGCGGTTTAAAATCGGTGCGGTTGGCACTGTTACCGCTGCCAGACTGCGCAAGGGCGAAGTTGTTGCCGCCCGGAGGCTGCTGGGAAACGGCATAGTTAATATAGACATTGCCGTTTTCCGTCAGGTGATACAGCGCCCCGGCTTTCCAGTTCATCAGATTGCCCGACTTGGCgg > 1:1255082/1‑289 (MQ=255) catcatTTTGCTCAACTTCATTTTCGATATCAGTGCGGAACAGCGCGGCGGTGAGCAACAGACGTTTATCCAGAACCTGCCATTTGGTGCCAATCTCGCTGGTGTTGGCTTTTTGCGGTTTAAAATCGGTGCGGTTGGCACTGTTACCGCTGCCAGACTGCGCAAGGGCGAAGTTGTTGCCGCCCGGAGGCTGCTGGGAAACGGCATAGTTAATATAGACATTGCCGTTTTCCGTCAGGTGATACAGCGCCCCGGCTTTCCAGTTCATCAGATTGCCCGACTTGGCGgt < 1:1458134/289‑1 (MQ=255) cTTCATTTTCGATATCAGTGCGGAACAGCGCGGCGGTGAGCAACAGACGTTTATCCAGAACCTGCCATTTGGTGCCAATCTCGCTGGTGTTGGCTTTTTGCGGTTTAAAATCGGTGCGGTTGGCACTGTTACCGCTGCCAGACTGCGCAAGGGCGAAGTTGTTGCCGCCCGGAGGCTGCTGGGAAACGGCATAGTTAATATAGACATTGCCGTTTTCCGTCAGGTGATACAGCGCCCCGGCTTTCCAGTTCATCAGATTGCCCGACTTGGCGGTGTCGACGGTGGTGa > 2:365068/1‑288 (MQ=255) cATTTTCGATATCAGTGCGGAACAGCGCGGCGGTGAGCAACAGACGTTTATCCAGAACCTGCCATTTGGTGCCAATCTCGCTGGTGTTGGCTTTTTGCGGTTTAAAATCGGTGCGGTTGGCACTGTTACCGCTGCCAGACTGCGCAAGGGCGAAGTTGTTGCCGCCCGGAGGCTGCTGGGAAACGGCATAGTTAATATAGACATTGCCGTTTTCCGTCAGGTGATACAGCGCCCCGGCTTTCCAGTTCATCAGATTGCCCGACTTGGCGGTGTCGACGGTGGTGACCgg > 1:1027765/1‑289 (MQ=255) ttttCGATATCAGTGCGGAACAGCGCGGCGGTGAGCAACAGACGTTTATCCAGACCCTGCCATTTGGTGCCACTCTCGCTGGTGTTGGCGTTTTCCGGTTTAAAATCGGTGCGGTTGGCACTGTTACCGCTGCCAGACTGCGCAAGGGCGAAGTTGTTGCCGCCCGGAGGCTGCTGGGAAACGGCATAGTTAATATAGGCATTGCCGTTTTCCGTCAGGTGATACAGCGCCCCGGCTTTCCCGTTCATCAAATTTCCCGACTTGGCGGTGTCGACGGTGGTGACCggcg > 2:1901855/1‑287 (MQ=255) gATATCAGTGCGGAACAGCGCGGCGGTGAGCAACAGACGTTTATCCAGAACCTGCCATTTGGTGCCAATCTCGCTGGTGTTGGCTTTTTGCGGTTTAAAATCGGTGCGGTTGGCACTGTTACCGCTGCCAGACTGCGCAAGGGCGAAGTTGTTGCCGCCCGGAGGCTGCTGGGAAACGGCATAGTTAATATAGACATTGCCGTTTTCCGTCAGGTGATACAGCGCCCCGGCTTTCCAGTTCATCAGATTGCCCGACTTGGCGGTGTCGACGGTGGTGACCGGAGAACCt < 2:744204/289‑1 (MQ=255) tcgtcaCAGCGGTGGGGTGAGCAACAGACGTTTATCGAGAACCTGCCATTTGGTGCCGATCGGGCTGGTGTGGGCTTTTAGGCGATGAAAATGGGTGCGGTTGGCACTGTAACCGCTGCCAGAGTGAGCAATGGCGAAGTTGTTGCCGCCCGGAGGCTGCTGGGAAACGGTGGAGTTAATAGCGACATTGCCGTTTTCTGTCAGGTGATAGCGCGCCCCGGCTTTCCAGTTCATCAGATTGCCCGACTTGGCGGTGTCGACGGTGGTGACCGGAGAACCTTTTGCca < 2:1793267/282‑1 (MQ=255) gctcaacgacgcgGCTGTGAGCAAAATACGTTTATCGATGACCGTTCATTTGGTGCCAATCTCGTCGGGGTTGGTTTGTTGCGGTTTAAAATCGGTGCGGTTGGCACTGTTACCGGAGCCAGACTGCGCAAGGGCGAAGGTGTTGCGGCCCGGAGGCTGCTGGGAAACGGCATAGTTAATATAGACATTGCCGTTGTCCGTCAGGTGATGCAGCGCCCCGGCTTTCCAGTTCATCAGATTGCCCGACTTGGCGGTGGCGACGGTGGTGACCGGAGAACCTTTTGCcac < 2:232177/279‑1 (MQ=255) aGCGCGGCGGTGAGCAACAGACGTTTATCCAGAACCTGCCATTTGGTGCCAATCTCGCTGGTGTTGGCTTTTTGCGGTTTAAAATCGGTGCGGTTGGCACTGTTACCGCTGCCAGACTGCGCAAGGGCGAAGTTGTTGCCGCCCGGAGGCTGCTGGGAAACGGCATAGTTAATATAGACATTGCCGTTTTCCGTCAGGTGATACAGCGCCCCGGCTTTCCAGTTCATCAGATTGCCCGACTTGGCGGTGTCGACGGTGGTGACCGGAGAACCTTTTGCCACACCAGTTg > 1:377991/1‑289 (MQ=255) cgcgGCGGTGAGCAACAGACGTTTATCCAGAACCTGCCATTTGGTGCCAATCTCGCTGGTGTTGGCTTTTTGCGGTTTAAAATCGGTGCGGTTGGCACTGTTACCGCTGCCAGACTGCGCAAGGGCGAAGTTGTTGCCGCCCGGAGGCTGCTGGGAAACGGCATAGTTAATATAGACATTGCCGTTTTCCGTCAGGTGATACAGCGCCCCGGCTTTCCAGTTCATCAGATTGCCCGACTTGGCGGTGTCGACGGTGGTGACCGGAGAACCTTTTGCCACACCAGTTggg > 2:1237983/1‑289 (MQ=255) cgcgGCGGTGAGCAACAGACGTTTATCCAGAACCTGCCATTTGGTGCCAATCTCGCTGGTGTTGGCTTTTTGCGGTTTAAAATCGGTGCGGTTGGCACTGTTACCGCTGCCAGACTGCGCAAGGGCGAAGTTGTTGCCGCCCGGAGGCTGCTGGGAAACGGCATAGTTAATATAGACATTGCCGTTTTCCGTCAGGTGATACAGCGCCCCGGCTTTCCAGTTCATCAGATTGCCCGACTTGGCGGTGTCGACGGTGGTGACCGGAGAACCTTTTGCCACACCAGTTgg > 1:705916/1‑288 (MQ=255) cgcgGCGGTGAGCAACAGACGTTTATCCAGAACCTGCCATTTGGTGCCAATCTCGCTGGTGTTGGCTTTTTGCGGTTTAAAATCGGTGCGGTTGGCACTGTTACCGCTGCCAGACTGCGCAAGGGCGAAGTTGTTGCCGCCCGGAGGCTGCTGGGAAACGGCATAGTTAATATAGACATTGCCGTTTTCCGTCAGGTGATACAGCGCCCCGGCTTTCCAGTTCATCAGATTGCCCGACTTGGCGGTGTCGACGGTGGTGACCGGAGAACCTTTTGCCACACCAGTTgg > 1:404752/1‑288 (MQ=255) cgcgGCGGTGAGCAACAGACGTTTATCCAGAACCTGCCATTTGGTGCCAATCTCGCTGGTGTTGGCTTTTTGCGGTTTAAAATCGGTGCGGTTGGCACTGTTACCGCTGCCAGACTGCGCAAGGGCGAAGTTGTTGCCGCCCGGAGGCTGCTGGGAAACGGCATAGTTAATATAGACATTGCCGTTTTCCGTCAGGTGATACAGCGCCCCGGCTTTCCAGTTCATCAGATTGCCCGACTTGGCGGTGTCGACGGTGGTGACCGGAGAACCTTTTGCCACACCAGTTgg > 1:370273/1‑288 (MQ=255) 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cATTTGGTGCCAATCTCGCCGGTGTTGGCTTTTTGCGGTTTAGAATCGGTGCGGTTGGCACTGTTACCGCTGCCAGCCTGCGCAAGGGCGAAGTTGTTGCCGCCCGGAGGCTGCTGGGAAACGGCATAGTTAATATAGACATTGCCGTTTTCCGTCAGGTGATACAGCGCCCCGGCTTTCCAGTTCATCAGATTGCCCGACTTGGCGGTGTCGACGGTGGTGACCGGAGAACCTTTTGCCACACCAGTTGGGCAGGTGATGGCACCGCGTCCGCTGCCGCCGCAGGCgg < 2:730885/289‑1 (MQ=255) ttGGTGCCAATCTCGCTGGTGTTGGCTTTTTGCGGTTTAAAATCGGTGCGGTTGGCACTGTTACCGCTGCCAGACTGCGCAAGGGCGAAGTTGTTGCCGCCCGGAGGCTGCTGGGAAACGGCATAGTTAATATAGACATTGCCGTTTTCCGTCAGGTGATACAGCGCCCCGGCTTTCCAGTTCATCAGATTGCCCGACTTGGCGGTGTCGACGGTGGTGACCGGAGAACCTTTTGCCACACCAGTTGGGCAGGTGATGGCACCGCGTCCGCTGCCGCCGCAGGCGGTgg < 2:1493886/289‑1 (MQ=255) ttGGGGCCAAGCTCGCTGGTGTTGGCGTTTTGCGGTTTGAAATCGGTGCGGTTGGTGCTGGTACCGCTGCCAGACTGCGCAAGGGCGAAGTTGTTGCCGCCGGGAGGCTGCTGGGAAACGGCATAGTTAATAGAGACATTGCCGTTTTCCGTCAGGTGATACAGCGCCCCGGCTTTCCAGTTCATCAGATTGCCCGACTTGGCGGTGTCGACGGTGGTGACCGGAGAACCTTTTGCCACACCAGTTGGGCAGGTGATGGCACCGCGTCCGCTGCCGCCGCAGGCGGTgg < 2:733796/289‑1 (MQ=255) tgggCCGATCTGGCGGGTGTTGGATTTTTGGGGTTTAAGATCGGTGCGGTTGGCACTGTTACCGCTGCCAGACTGCGCAAGGGCGAAGTTGTTGCCGCCCGGAGGCTGCTGGGAAACGGCATAGTTAATATAGACATTGCCGTTTTCCGTCAGGTGATACAGCGCCCCGGCTTTCCAGTTCATCAGATTGCCCGACTTGGCGGTGTCGACGGTGGTGACCGGAGAACCTTTTGCCACACCAGTTGGGCAGGTGATGGCACCGCGTCCGCTGCCGCCGCAGGCGGTGGCa < 2:1388900/286‑1 (MQ=255) ggTGCCAATCTCGCTGGTGTTGGCTTTTTGCGGTTTAAAATCGGTGCGGTTGGCACTGTTACCGCTGCCAGACTGCGCAAGGGCGAAGTTGTTGCCGCCCGGAGGCTGCTGGGAAACGGCATAGTTAATATAGACATTGCCGTTTTCCGTCAGGTGATACAGCGCCCCGGCTTTCCAGTTCATCAGATTGCCCGACTTGGCGGTGTCGACGGTGGTGACCGGAGAACCTTTTGCCACACCAGTTGGGCAGGTGATGGCACCGCGTCCGCTGCCGCCGCAGGCGGTGGCa < 1:1677435/289‑1 (MQ=255) ggTGCCAATCTCGCTGGTGTTGGCTTTTTGCGGTTTAAAATCGGTGCGGTTGGCACTGTTACCGCTGCCAGACTGCGCAAGGGCGAAGTTGTTGCCGCCCGGAGGCTGCTGGGAAACGGCATAGTTAATATAGACATTGCCGTTTTCCGTCAGGTGATACAGCGCCCCGGCTTTCCAGTTCATCAGATTGCCCGACTTGGCGGTGTCGACGGTGGTGACCGGAGAACCTTTTGCCACACCAGTTGGGCAGGTGATGGCACCGCGTCCGCTGCCGCCGCAGGCGGTGGCa < 1:158568/289‑1 (MQ=255) ggTGCCAATCTCGCTGGTGTTGGCTTTTTGCGGTTTAAAATCGGTGCGGTTGGCACTGTTACCGCTGCCAGACTGCGCAAGGGCGAAGTTGTTGCCGCCCGGAGGCTGCTGGGAAACGGCATAGTTAATATAGACATTGCCGTTTTCCGTCAGGTGATACAGCGCCCCGGCTTTCCAGTTCATCAGATTGCCCGACTTGGCGGTGTCGACGGTGGTGACCGGAGAACCTTTTGCCACACCAGTTGGGCAGGTGATGGCACCGCGTCCGCTGCCGCCGCAGGCGGTGGCa < 1:1087356/289‑1 (MQ=255) ggTGCCAATCTCGCTGGTGTTGGCTTTTTGCGGTTTAAAATCGGTGCGGTTGGCACTGTTACCGCTGCCAGACTGCGCAAGGGCGAAGTTGTTGCCGCCCGGAGGCTGCTGGGAAACGGCATAGTTAATATAGACATTGCCGTTTTCCGTCAGGTGATACAGCGCCCCGGCTTTCCAGTTCATCAGATTGCCCGACTTGGCGGTGTCGACGGTGGTGACCGGAGAACCTTTTGCCACACCAGTTGGGCAGGTGATGGCACCGCGTCCGCTGCCGCCGCAGGCGGTGGCa < 1:725504/289‑1 (MQ=255) ggTGCCAATCTCGCTGGTGTTGGCTTTTTGCGGTTTAAAATCGGTGCGGTTGGCACTGTTACCGCTGCCAGACTGCGCAAGGGCGAAGTTGTTGCCGCCCGGAGGCTGCTGGGAAACGGCATAGTTAATATAGACATTGCCGTTTTCCGTCAGGTGATACAGCGCCCCGGCTTTCCAGTTCATCAGATTGCCCGACTTGGCGGTGTCGACGGTGGTGACCGGAGAACCTTTTGCCACACCAGTTGGGCAGGTGATGGCACCGCGTCCGCTGCCGCCGCAGGCGGTGGCa < 1:930734/289‑1 (MQ=255) 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cGGCTTTCCAGTTCATCAGATTGCCCGACTTGGCGGTGTCGACGGTGGTGACCGGAGAACCTTTTGCCACACCAGTTGGGCAGGTGATGGCACCGCGTCCGCTGCCGCCGCAGGCGGTGGCACTGTCATATTCAGTATGATAATTATCCAGACGGATCCCGCCGTTCAGCTCAAAATCACGGGTGATTTGCAGCGTATCAAAGGCGTAAATTGCGAAGGTATCCGTCTGACCATTGGCGTTTGCGCCGTTGCGCGTCAGGCCGCCGGGATGAATGCTGCTGTCAGgatg > 1:344960/1‑289 (MQ=255) ccAGTTCATCAGATTGCCCGACTTGGCGGTGTCGACGGTGGTGACCGGAGAACCTTTTGCCACACCAGTTGGGCAGGTGATGGCACCGCGTCCGCTGCCGCCGCAGGCGGTGGCACTGTCATATTCAGTATGATAATTATCCAGACGGATCCCGCCGTTCAGCTCAAAATCACGGGTGATTTGCAGCGTATCAAAGGCGTAAATTGCGAAGGTATCCGTCTGACCATTGGCGTTTGCGCCGTTGCGCGTCAGGCCGCCGGGATGAATGCTGCTGTCAGGATGATAAata > 1:50640/1‑289 (MQ=255) catcaGATTGCCCGACTTGGCGGTGTCGACGGTGGTGACCGGAGAACCTTTTGCCACACCAGTTGGGCAGGTGATGGCACCGCGTCCGCTGCCGCCGCAGGCGGTGGCACTGTCATATTCAGTATGATAATTATCCAGACGGATCCCGCCGTTCAGCTCAAAATCACGGGTGATTTGCAGCGTATCAAAGGCGTAAATTGCGAAGGTATCCGTCTGACCATTGGCGTTTGCGCCGTTGCGCGTCAGGCCGCCGGGATGAATGCTGCTGTCAGGATGATAAATATTTAcc < 2:1914137/289‑1 (MQ=255) atcaGATTGCCCGACTTGGCGGTGTCGACGGTGGTGACCGGAGAACCTTTTGCCACACCAGTTGGGCAGGTGATGGCACCGCGTCCGCTGCCGCCGCAGGCGGTGGCACTGTCATATTCAGTATGATAATTATCCAGACGGATCCCGCCGTTCAGCTCAAAATCACGGGTGATTTGCAGCGTATCAAAGGCGTAAATTGCGAAGGTATCCGTCTGACCATTGGCGTTTGCGCCGTTGCGCGTCAGGCCGCCGGGATGAATGCTGCTGTCAGGATGATAAATATTTACcg < 2:804536/289‑1 (MQ=255) ||| TCATCATTTTGCTCAACTTCATTTTCGATATCAGTGCGGAACAGCGCGGCGGTGAGCAACAGACGTTTATCCAGAACCTGCCATTTGGTGCCAATCTCGCTGGTGTTGGCTTTTTGCGGTTTAAAATCGGTGCGGTTGGCACTGTTACCGCTGCCAGACTGCGCAAGGGCGAAGTTGTTGCCGCCCGGAGGCTGCTGGGAAACGGCATAGTTAATATAGACATTGCCGTTTTCCGTCAGGTGATACAGCGCCCCGGCTTTCCAGTTCATCAGATTGCCGCTCTTGGCGGTGTCGACGGTGGTGACCGGAGAACCTTTTGCCACACCAGTTGGGCAGGTGATGGCACCGCGTCCGCTGCCGCCGCAGGCGGTGGCACTGTCATATTCAGTATGATAATTATCCAGACGGATCCCGCCGTTCAGCTCAAAATCACGGGTGATTTGCAGCGTATCAAAGGCGTAAATTGCGAAGGTATCCGTCTGACCATTGGCGTTTGCGCCGTTGCGCGTCAGGCCGCCGGGATGAATGCTGCTGTCAGGATGATAAATATTTACCGCG > CP042583/702621‑703178 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |