| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 703,511 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 703,511 | 0 | G | C | 99.2% | 553.8 / NA | 240 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 703,512 | 0 | C | G | 99.6% | 559.6 / NA | 240 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (133/106); minor base A (0/1); total (133/107) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.46e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 703,513 | 0 | T | A | 97.9% | 547.2 / NA | 240 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (128/107); minor base C (5/0); total (133/107) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.72e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 240 total aligned reads displayed.
CGCCGGTACTGACATCATGACCGATAGAACCGGTATAGAACGTGCTGGTCAGGTTGGTCTGGTTGGTGAGAATTTTATTACTCACATCTTTGGTATTCGCCGTGCGACTCCAGGTCCAGCTATTCACATCGCTGGTGGGCTGAGTAATATTGCTCGCCCCGC‑CCATAATCGCCGTCATCAGGTAATCCTGCTTTACGCGGCTCCAACGGGTAGTATTGCGAATGGTGGTGTTATCGTTGATGTCGTGCTCAAAACGCATGGTGGCGGTGTCGGTGGTGCTATCGTCGTAATCGGAATCCGTGCCGTAAAAGTTATGAGTATCAACTTTTCCGGAATGATTCAGGGCCGCCGTTCCCGCAGATGGGGCAGAATAGCCCGGCAAACCGATGGTCGGAATGCCGCCGTCTGGCGTGTTGTGCTGGGTGACATGCAGATAATTAAGATACAAACGATTCGCTGTACCAAGGCCAAAAGCGACAGAAGGGGCGACGC‑CGTAACGCTCATTTTTGACTTTGTCGCGTCCGGCATCGTGCGTTTTTTCGCCCATTACATTCAGGCG > CP042583/703234‑703792 ||| cGATAGAACCGGTATAGAACGTCGAGGTCAGGTTGGTCTGGTTGGTGAGAATTTTATTACTCACATCTTTGGTATTCGCCGTGCGTGACCAGGTCCAGCTATTCACATCGCTGGTGGGCTGAGTAATATTCGACGCCCCGC‑CCATAATCGCCGTCATCAGGTAATCCTGCTTTACGCGCGACCAACGGGTAGTATTGCGAATGGTGGTGTTATCGTTGATGTCGTGCTCAAAACGCATGGTGGCGGTGTCGGTGGTCGAATCGTCGTAATCGGAATCCGTGCCGTaaaa > 2:495672/1‑289 (MQ=255) 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cGGTGGTCGAATCGTCGTAATCGGAATCCGTGCCGTAAAAGTTATGAGTATCAACTTTTCCGGAATGATTCAGGGCCGCCGTTCCCGCAGATGGGGCAGAATAGCCCGGCAAACCGATGGTCGGAATGCCGCCGTCTGGCGTGTTGTGCTGGGTGACATGCAGATAATTAAGATACAAACGATTCGCTGTACCAAGGCCAAAAGCGACAGAAGGGGCGACGC‑CGTAACGCTCATTTTTGACTTTGTCGCGTCCGGCATCGTGCGTTTTTTCGCCCATTACATTCAGgcg < 1:1662282/289‑1 (MQ=255) ||| CGCCGGTACTGACATCATGACCGATAGAACCGGTATAGAACGTGCTGGTCAGGTTGGTCTGGTTGGTGAGAATTTTATTACTCACATCTTTGGTATTCGCCGTGCGACTCCAGGTCCAGCTATTCACATCGCTGGTGGGCTGAGTAATATTGCTCGCCCCGC‑CCATAATCGCCGTCATCAGGTAATCCTGCTTTACGCGGCTCCAACGGGTAGTATTGCGAATGGTGGTGTTATCGTTGATGTCGTGCTCAAAACGCATGGTGGCGGTGTCGGTGGTGCTATCGTCGTAATCGGAATCCGTGCCGTAAAAGTTATGAGTATCAACTTTTCCGGAATGATTCAGGGCCGCCGTTCCCGCAGATGGGGCAGAATAGCCCGGCAAACCGATGGTCGGAATGCCGCCGTCTGGCGTGTTGTGCTGGGTGACATGCAGATAATTAAGATACAAACGATTCGCTGTACCAAGGCCAAAAGCGACAGAAGGGGCGACGC‑CGTAACGCTCATTTTTGACTTTGTCGCGTCCGGCATCGTGCGTTTTTTCGCCCATTACATTCAGGCG > CP042583/703234‑703792 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |