| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 714,085 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 714,085 | 0 | A | T | 99.2% | 564.7 / NA | 241 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 714,086 | 0 | C | G | 99.6% | 556.0 / NA | 241 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (104/136); minor base A (0/1); total (104/137) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 714,087 | 0 | T | A | 97.9% | 549.9 / NA | 241 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (104/131); minor base G (0/5); total (104/137) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.10e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 241 total aligned reads displayed.
TATTCGTAGCGTTGACGTAGGCACCTGGATTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCACTGCGGCGGGCTTTAATCACACGATGCGCTTTATCGTCGCTGGAAATGACCATAAAAGGCACCTGGAAATTTTGCTGATATTTATCATCATGGGCAAGGTATTGCACGTCTTTACCGCGCTCTTTAAAGGCCAGACCGTGGTCAGAAAAGTAAACCAGGCTGAAGCTGCTGCCGCTGTTGCGTAACTGATCGTACAGCTTGCGCAGTAAATCGTCCGTTTGCGTCATGGTATAGAGATAGCAGCTCGTTTCTTTGCTTTGCACAAAGGTTTCGTATTTT > CP042583/713805‑714364 ||| tATTCGTAGCGTTGACGTAGGCACCTGGATTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAgcggcg > 1:405984/1‑289 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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |