| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 717,411 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 717,411 | 0 | A | T | 100.0% | 483.5 / NA | 204 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (103/101); total (103/101) | |||||||||||
| * | CP042583 | 717,412 | 0 | G | C | 99.5% | 474.3 / NA | 204 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (101/101); minor base T (1/0); total (103/101) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 717,413 | 0 | C | G | 99.0% | 474.3 / NA | 204 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base G (101/101); total (103/101) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 204 total aligned reads displayed.
GTGGAAACCGCGGCTGGTGTGGAGTTGTCTGGGGCTGTATATCGTCTTTCTGACGGCGCTGGAGTTCAAACAAGAGCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGC‑TTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGA‑GTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTAAGCCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATATTGTTGCTGAACTATGTGCCGCCGTCTTTATTACTGGTATGGGCGGTAAACGTAGGTGGCTTTGGGTTATTACCCGGAAGCCTGGCAAATTTGATTGCGCTACGTATGGCGAACGATCGCCGCATCTGGTGGCGTTTCCATCTCTATAGTATACCGATGCTGTTGTGGGCGGCGTTGGTGGGATATGTTTTGTTAGTTATACTCCCGGCCAACTAAGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTATGAG > CP042583/717131‑717690 ||| aCCGCGGCTGGTGTGGAGTTGTCTGGGGCTGTATATCGTCTTTCTGACGGCGCTGGAGTTCAAACAAGAGCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGC‑TTTGCGCTGCTGGCCCGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGA‑GTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTTTCCCAGGTGGTCAGt > 2:649580/1‑289 (MQ=255) ccGCGGCTGGTGTGGAGTTGTCTGGGGCTGTATATCGTCTTTCTGACGGCGCTGGAGTGCAAACAAGAGCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGC‑TTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGA‑GTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTa < 1:991457/289‑1 (MQ=255) gcgGCTGGTGTGGAGTTGTCTGGGGCTGTATATCGTCTTTCTGACGGCGCTGGAGTTCAAACAAGAGCTGTGGGGACTGGTGATTGGGGCGGCAGGC‑TTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGCCTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGA‑GTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAAc < 1:261446/289‑1 (MQ=255) cgGCTGGTGTGGAGTTGTCTGGGGCTGTATATCGTCTTTCTGACGGCGCTGGAGTTCAAACAAGAGCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGC‑TTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGA‑GTCATCTATCTGAACCCGGGTTGTGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACg > 1:1569224/1‑289 (MQ=255) 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ttCTGACGGCGCTGGAGTTCAAACAAGAGCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGC‑TTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGA‑GTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACAATATTGTTGCTGAACTATGTgccgcc > 1:727126/1‑289 (MQ=255) atctagcggcggTGGAGTTCAAACGAGAGCTTTGGGTAATGGTGATTGGGTGGGTAGTC‑TTTGCGCGGCTGGCACGTCGGGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGCCGCTGCTGCTGGTGGTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGTGTTGTAAGGCTTGTTTGGTAACGTGA‑GTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATATTGTTGCTGAACTATGTgccgcc < 2:446745/283‑1 (MQ=255) aCGGCGCTGGAGTTCAAACAAGAGCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGC‑TTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGA‑GTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTATCGCAGGTGATCAGGAACGTGCCGAGGACCATATTGTTGCTTAACTATTTGCTGCCGTCtt > 2:1125941/1‑289 (MQ=255) 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tCGGTTTATCGCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATATTGTTGCTGAACTATGTGCCGCCGTCTTTATTACTGGTATGGGCGGTAAACGTAGGTGGCTTTGGGTTATTACCCGGATCGCTGGCAAATTTGATTGCGCTACGTATGGCGAACGATCGCCGCATCTGGTGGCGTTTCCATCTCTATTCAATACCGATGCTGTTGTGGGCGGCGGTGGTGGTAGATGTTTTGTTAGTTATACTCCCCGCCAACTAGGGTCTGGCAACTAAAAAAGGCGGATGATGAg > 2:1155055/1‑288 (MQ=255) ||| GTGGAAACCGCGGCTGGTGTGGAGTTGTCTGGGGCTGTATATCGTCTTTCTGACGGCGCTGGAGTTCAAACAAGAGCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGC‑TTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTTTATCGACGTCCATTTACTGACCCAGCTTCCAGCGTTGCAAGGCGTGTTGGGTAACGTGA‑GTCATCTATCTGAACCCGGGTTATGGTTAACGGCAATCGGTTTAAGCCAGGTGATCAGTAACGTGCCGAGTACCATATTGTTGCTGAACTATGTGCCGCCGTCTTTATTACTGGTATGGGCGGTAAACGTAGGTGGCTTTGGGTTATTACCCGGAAGCCTGGCAAATTTGATTGCGCTACGTATGGCGAACGATCGCCGCATCTGGTGGCGTTTCCATCTCTATAGTATACCGATGCTGTTGTGGGCGGCGTTGGTGGGATATGTTTTGTTAGTTATACTCCCGGCCAACTAAGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTATGAG > CP042583/717131‑717690 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |