Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 461,901 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 461,901 | 0 | A | T | 98.5% | 629.5 / ‑1.3 | 270 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
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* | CP042583 | 461,902 | 0 | G | C | 98.1% | 616.7 / NA | 270 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (3/2); new base C (137/127); total (141/129) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 461,903 | 0 | C | G | 98.5% | 621.1 / 1.6 | 271 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); major base G (138/126); minor base . (2/2); total (141/130) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 271 total aligned reads displayed.
TACCCTTGATGATGTTGCGTATCGTCGAATGGAGGGGTACGAATATGATTACGACGGTGAGCATCGCGATGAACCGATAATCGTGAATTACCACAATTTACGCTTTAGCCGTAAAGACCGTTTGCAGTTAAATGTTAGTCAAAGTCTTAATGACTTTGGCAGCCTTTATATTTCTGGTACCCATCAAAAATACTGGAATACTAGCGATAGTGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGCATCAGTTA‑TAG‑C‑CTCAGTTTTAGCTGGAATGAATCTGTAGGGATCCCCGATAACGAACGTATTGTCGGACTTAATGTTAGTGTGCCTTTCAATGTTTTGACCAAACGTCGCTACACCCGGGAAAATGCGCTCGACCGCGCTTATGCCTCCTTTAACGCCAACCGTAACAGCAACGGGCAAAATAGCTGGCTGGCAGGTGTAGGTGGGACCTTACTGGAAGGCCACAACCTGAGTTATCACGTAAGCCAGGGTGATAC‑CAGCAATAATGGGTACACGGGCAGCGCCACGGCAAACTGGC > CP042583/461627‑462177 ||| tgatgaTGTTGCGTATCGTCGAATGGAGGGGTACGAATATGATTACGACGGTGAGCATCGCGATGAACCGATAATCGTGAATTACCACAATTTACGCTTTAGCCGTAAAGACCGTTTGCAGTTAAATGTTTCACAATCACTTAATGACTTTGGCTCGCTTTATATTTCTGGTACCCATCAAAAATACTGGAATACTTCGGATTCAGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGCATCAGTTA‑TTC‑G‑CTCTCATTTTCGTGGAATGAATCTGTAggg > 1:1040111/1‑289 (MQ=255) 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TACCCTTGATGATGTTGCGTATCGTCGAATGGAGGGGTACGAATATGATTACGACGGTGAGCATCGCGATGAACCGATAATCGTGAATTACCACAATTTACGCTTTAGCCGTAAAGACCGTTTGCAGTTAAATGTTAGTCAAAGTCTTAATGACTTTGGCAGCCTTTATATTTCTGGTACCCATCAAAAATACTGGAATACTAGCGATAGTGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGCATCAGTTA‑TAG‑C‑CTCAGTTTTAGCTGGAATGAATCTGTAGGGATCCCCGATAACGAACGTATTGTCGGACTTAATGTTAGTGTGCCTTTCAATGTTTTGACCAAACGTCGCTACACCCGGGAAAATGCGCTCGACCGCGCTTATGCCTCCTTTAACGCCAACCGTAACAGCAACGGGCAAAATAGCTGGCTGGCAGGTGTAGGTGGGACCTTACTGGAAGGCCACAACCTGAGTTATCACGTAAGCCAGGGTGATAC‑CAGCAATAATGGGTACACGGGCAGCGCCACGGCAAACTGGC > CP042583/461627‑462177 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |