Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 726,557 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 726,557 | 0 | A | T | 99.6% | 549.0 / NA | 232 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (124/106); minor base C (0/1); total (124/108) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.63e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 726,558 | 0 | G | C | 99.1% | 543.9 / NA | 232 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base C (122/107); minor base A (2/0); total (124/108) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.01e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 726,559 | 0 | T | A | 99.1% | 549.2 / NA | 232 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); major base A (124/105); minor base C (0/2); total (124/108) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.13e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 232 total aligned reads displayed.
ATCCTGCGTGCGGGCGCGGCTTTCCGGGTTCTGACACCAGCGGCAGCCCAGGCTACAGCCTTTAAGAAATACGACCGTGCGGATACCGGGGCCATCATGGGTGCTGTAGCGCTGAATATTGAAAATCATAGTTGCCTCTCTATTTCGTTCAAGCATTAAAATACTTTCGAATGAAAGTTAGATTGATGTGCGTCAACTGTTCAGAGAGTTTTCCCGTGATAGTCTACATTCAGACAAAAAGTACATTTTGAGGATGGTTATGGAACTGTATCTGGATAC‑TAGTGACGTTGTTGCGGTGAAGGCGCTGAGTCGTATTTTTCCGCTGGCGGGTGTGACCACTAACCCAAGCATTATCGCCGCGGGTAAAAAACCGCTGGATGTTGTGCTTCCGCAACTTCATGAAGCGATGGGCGGTCAGGGGCGTCTGTTTGCCCAGGTAATGGCTACCACTGCCGAAGGGATGGTTAATGACGCGCTTAAGCTGCGTTCTATTATTGCGGATATC‑GTGGTGAAAGTTCCGGTGACCGCCGAGGGGCTGGCAGCTATTAAGATGTTAAAAGCG > CP042583/726277‑726838 ||| aTCCTGCGTGCGGGCGCGGCTTTCCGGGTTCTGACACCAGCGGCAGCCCAGCGAACAGCCTTTAAGAAATACGACCGTGCGGATACCGGGGCCATCATGGGTCGAGTAGCGCTGAATATTGAAAATCATAGTTGCCTCTCTATTTCGTTCAAGCATTAAAATACTTTCGAATGAAAGTTAGATTGATGTGCGTCAACTGTTCAGAGAGTTTTCCCGTGATAGTCTACATTCAGACAAAAAGTACATTTTGAGGATGGTTATGGAACTGTATCTGGATAC‑TTCAGACgtt > 1:521316/1‑289 (MQ=255) 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tGGAACTGTATCTGGATAC‑TTCAGACGTTGTTGCGGTGAAGGCGCTGTCACGTATTTTTACGCTGGCGGGTGTGACCACTAACCCAAGCATTATCGCCGCGGGTAAAAAACCGCTGGATGTTGTGCTTCCGCAACTTCATGAAGCGATGGGCGGGCAGGGGCGTCTGTTTGCCCAGGTAATGGCTAACACTGCCGAAGGGATGGTTAATGACGCGCTTAAGCTGCGTTCTATTATTACGGATATC‑GAGGTGAAAGTTCCGGTGACCGCCGAGGGGCTGGCCGCCATTaa > 1:1333963/1‑289 (MQ=255) cTGTATCTGGATAC‑TTCAGACGTTGTTGCGGTGAAGGCGCTGTCACGTATTTTTCCGCTGGCGGGTGTGACCACTAACCCAAGCATTATCGCCGCGGGTAAAAAACCGCTGGATGTTGTGCTTCCGCAACTTCATGAAGCGATGGGCGGTCAGGGGCGTCTGTTTGCCCAGGTAATGGCTACCACTGCCGAAGGGATGGTTAATGACGCGCTTAAGCTGCGTTCTATTATTGCGGATATC‑GTGGTGAAAGTTCCGGTGAccg < 1:1545810/262‑1 (MQ=255) cTGTATCTGGATAC‑TTCAGACGTTGTTGCGGTGAAGGCGCTGTCACGTATTTTTCCGCTGGCGGGTGTGACCACTAACCCAAGCATTATCGCCGCGGGTAAAAAACCGCTGGATGTTGTGCTTCCGCAACTTCATGAAGCGATGGGCGGTCAGGGGCGTCTGTTTGCCCAGGTAATGGCTACCACTGCCGAAGGGATGGTTAATGACGCGCTTAAGCTGCGTTCTATTATTGCGGATATC‑GTGGTGAAAGTTCCGGTGACCGCCGAGGGGCTGGCAGCTATTAAGATGt > 1:1006957/1‑289 (MQ=255) cTGTATCTGGATAC‑TTCAGACGTTGTTGCGGTGAAGGCGCTGTCACGTATTTTTCCGCTGGCGGGTGTGACCACTAACCCAAGCATTATCGCCGCGGGTAAAAAACCGCTGGATGTTGTGCTTCCGCAACTTCATGAAGCGATGGGCGGTCAGGGGCGTCTGTTTGCCCAGGTAATGGCTACCACTGCCGAAGGGATGGTTAATGACGCGCTTAAGCTGCGTTCTATTATTGCGGATATC‑GTGGTGAAAGTTCCGGTGACCGCCGAGGGGCTGGCAGCTATTAAGATGt > 1:1152206/1‑289 (MQ=255) tATCTGGATAC‑TTCAGACGTTGTTGCGGTGAAGGCGCTGTCACGTATTTTTCCGCTGGCGGGTGTGACCACTAACCCAAGCATTATCGCCGCGGGTAAAAAACCGCTGGATGTTGTGCTTCAGCAACTTCACGAAGCGATGGGCGGTCAGGGGCGGCTGTTTGCCAAGGTAATGGCTACCACTGCCGAAGGGATGGTTAATGACGCGCTTAAGCTGCGTTCTATTATTGCGGATATCGGTGGT‑AAGCTTCCGGTTAACGCCGAGGGGCTAGCAGCTATTACGCAGTTaa > 2:5161/1‑289 (MQ=255) ggATAC‑TTCAGACGTTGTTGCGGTGAAGGCGCTGTCACGTATTTTTCCGCTGGCGGGTGTGACCACTAACCCAAGCATTATCGCCGCGGGTAAAAAACCGCTGGATGTTGTGCTTCCGCAACTTCATGAAGCGATGGGCGGTCAGGGGCGTCTGTTTGCCCAGGTAATGGCTACCACTGCCGAAGGGATGGTTAATGACGCGCTTAAGCTGCGTTCTATTATTGCGGATATC‑GTGGTGAAAGTTCCGGTGACCGCCGAGGGGCTGGCAGCCATTAAGATGGTAAAAggg > 2:328114/1‑287 (MQ=255) ||| ATCCTGCGTGCGGGCGCGGCTTTCCGGGTTCTGACACCAGCGGCAGCCCAGGCTACAGCCTTTAAGAAATACGACCGTGCGGATACCGGGGCCATCATGGGTGCTGTAGCGCTGAATATTGAAAATCATAGTTGCCTCTCTATTTCGTTCAAGCATTAAAATACTTTCGAATGAAAGTTAGATTGATGTGCGTCAACTGTTCAGAGAGTTTTCCCGTGATAGTCTACATTCAGACAAAAAGTACATTTTGAGGATGGTTATGGAACTGTATCTGGATAC‑TAGTGACGTTGTTGCGGTGAAGGCGCTGAGTCGTATTTTTCCGCTGGCGGGTGTGACCACTAACCCAAGCATTATCGCCGCGGGTAAAAAACCGCTGGATGTTGTGCTTCCGCAACTTCATGAAGCGATGGGCGGTCAGGGGCGTCTGTTTGCCCAGGTAATGGCTACCACTGCCGAAGGGATGGTTAATGACGCGCTTAAGCTGCGTTCTATTATTGCGGATATC‑GTGGTGAAAGTTCCGGTGACCGCCGAGGGGCTGGCAGCTATTAAGATGTTAAAAGCG > CP042583/726277‑726838 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |