| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 461,958 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 461,958 | 0 | A | T | 99.6% | 664.9 / NA | 278 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 461,959 | 0 | G | C | 99.6% | 660.2 / NA | 278 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (130/147); minor base A (0/1); total (130/148) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 461,960 | 0 | T | A | 100.0% | 664.3 / NA | 278 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (130/148); total (130/148) | |||||||||||
Only 100 of 278 total aligned reads displayed.
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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |