| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 462,138 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 462,138 | 0 | A | T | 97.9% | 534.6 / NA | 236 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 462,139 | 0 | G | C | 98.7% | 546.0 / NA | 236 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/2); new base C (105/126); total (107/129) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 462,140 | 0 | C | G | 99.2% | 543.4 / NA | 236 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (106/126); minor base T (0/2); total (107/129) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.02e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
Only 100 of 236 total aligned reads displayed.
TATACCAGCAGCTGGGTTGGCATCAGTTATAGCCTCAGTTTTAGCTGGAATGAATCTGTAGGGATCCCCGATAACGAACGTATTGTCGGACTTAATGTTAGTGTGCCTTTCAATGTTTTGACCAAACGTCGCTACACCCGGGAAAATGCGCTCGACCGCGCTTATGCCTCCTTTAACGCCAACCGTAACAGCAACGGGCAAAATAGCTGGCTGGCAGGTGT‑AGGTGGGACCTTACTGGAAGGCCACAACCTGAGTTATCACGTAAGCCAGGGTGATACCAGCAATAATGGGTACACGGGCAGCGCCACGGCAAACTGGCAGGCCGCTTACGGTACGCTGGGGGGCGGGTATAACTACGACCGCGATCAACATGACGTTAACTGGCAGCTGTCTGGCGGTGTGGTCGGGCATGAAAATGGCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTA > CP042583/461859‑462421 ||| tttaCCAGCAGCTGGGTTGGCATCAGTTATTCGCTCTCATTGTCGTGGAATGAATCTGTAGGGATCCCCGATAACGAACGTATTGTCGGACTTAATGTTTCAGTGCCTTTCAATGTTTTGACCAAACGTCGCTACACCCGGGAAAATGCGCTCGACCGCGCTTATGCCTCCTTTAACGCCAACCGTAACAGCAACGGGCAAAATAGCTGGCTGGCAGGTGT‑AGGTGGGACCTTACTGGAAGGCCACAACCTGAGTTATCACGTAAGCCAGGGTGATACCTCGAATAATg < 2:1763934/287‑1 (MQ=255) ataCCAGCAGCTGGGTTGGCATCAGTTATTCGCTCTCATTTTCGTGGAATGAATCTGTAGGGATCCCCGATAACGAACGTATTGTCGGACTTAATGTTTCAGTGCCTTTCAATGTGTTGACCCAACGTCGCTACACCCGGGAAAATGCGCTCGACCGCGCTTATGCCTCCTTTAACGCCAACCGTAACAGCAACGGGCAAAATAGCTGGCTGGCAGGTGT‑AGGTGGGACCTTACTGGAAGGCCACAACCTGAGTTATCACGTAAGCCAGGGTGATACCTCGAATAATg < 2:618380/288‑1 (MQ=255) cagcagCTGGGTTGGCATCAGTTATTCGCTCTCATTTTCGTGGAATGAATCTGTAGGGATCCCCGATAACGAACGTATTGTCGGACTTAATGTTTCAGTGCCTTTCAATGTTTTGACCAAACGTCGCTACACCCGGGAAAATGCGCTCGACCGCGCTTATGCCTCCTTTAACGCCAACCGTAACAGCAACGGGCAAAATAGCTGGCTGGCAGGTGT‑AGGTGGGACCTTACTGGAAGGCCACAACCTGAGTTATCACGTAAGCCAGGGTGATACCTCGAATAATGGGTac > 1:1339872/1‑289 (MQ=255) gcagcTGGGTTGGCATCAGTTATTCGCTCTCATTTTCGTGGAATGAATCTGTAGGGATCCCCGATAACGAACGTATTGTCGGACTTAATGTTTCAGTGCCTTTCAATGTTTTGACCAAACGTCGCTACACCCGGGAAAATGCGCTCGACCGCGCTTATGCCTCCTTTAACGCCAACCGTAACAGCAACGGGCAAAATAGCTGGCTGGCAGGTGT‑AGGTGGGACCTTACTGGAAGGCCACAACCTGAGTTATCACGTAAGCCAGGGTGATACCTCGAATAATGGGTacac > 1:569230/1‑289 (MQ=255) 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cGATAACGAACGTATTGTCGGACTTAATGTTTCAGTGCCTTTCAATGTTTTGACCAAACGTCGCTACACCCGGGAAAATGCGCTCGACCGCGCTTATGCCTCCTTTAACGCCAACCGTAACAGCAACGGGCAAAATAGCTGGCTGGCAGGTGT‑AGGTGGGACCTTACTGGAAGGCCACAACCTGAGTTATCACGTAAGCCAGGGTGATACCTCGAATAATGGGTACACGGGCAGCGCCACGGCAAACTGGCAGGCCGCTTACGGTACGCTGGGGGGCGGGTATAACTAc > 2:1422843/1‑289 (MQ=255) cgTATTGTCGGACTTAATGTTTCAGTGCCTTTCAATGTTTTGACCAAACGTCGCTACACCCGGGAAAATGCGCTCGACCGCGCTTATGCCTCCTTTAACGCCAACCGTAACAGCAACGGGCAAAATAGCTGGCTGGCAGGTGT‑AGGTGGGACCTTACTGGAAGGCCACAACCTGAGTTATCACGTAAGCCAGGGTGATACCTCGAATAATGGGTACACGGGCAGCGCCACGGCAAACTGGCAGGCCGCTTACGGTACGCTGGGGGGCGGGTATAACTACGACCGCGATc > 1:632670/1‑289 (MQ=255) aatgtttcagtgCCTTTCAATGTTTTGACCAAACGTCGCTACACCCGGGAAAATGCGCTCGACCGCGCTTATGCCTCCTTTAACGCCAACCGTAACAGCAACGGGCAAAATAGCTGGCTGGCAGGTGT‑AGGTGGGACCTTACTGGAAGGCCACAACCTGAGTTATCACGTAAGCCAGGGTGATACCTCGAATAATGGGTACACGGGCAGCGCCACGGCAAACTGGCAGGCCGCTTACGGTACGCTGGGGGGCGGGTATAACTACGACCGCGATCAACATGACGTTa > 1:1274116/10‑286 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |