| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 730,963 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 730,963 | 0 | A | T | 98.4% | 579.8 / NA | 250 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.47e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 730,964 | 0 | G | C | 99.6% | 589.6 / NA | 250 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (102/146); total (103/147) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 730,965 | 0 | T | A | 98.8% | 588.2 / NA | 250 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); major base A (100/146); minor base C (3/0); total (103/147) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.96e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 250 total aligned reads displayed.
AGCGAGCAGAACGCTGCACAAATGCGCCATGTTCGCGGTGCGGATATGGCGATGATATTTCAGGAGCCGATGACAAGCCTGAACCCGGTATTTACTGTGGGTGAACAGATTGCCGAAAGTATTCGTCTGCATCAGAACGCCAGTCGTGAAGAAGCGATGGTCGAGGCGAAGCGGATGCTGGATCAGGTACGCATTCCTGAGGCACAAACCATTCTTAGTCGTTATCCGCATCAACTCTCTGGCGGGATGCGCCAGCGAGTGATGATTGCGATGGCGCTGAGTTGCCGCCCGGCGGTGCTGATTGCCGATGAGCCAACCACCGCGCTGGATGTCACTATTCAGGCGCAGATCCTGCAATTAATCAAAGTATTGCAAAAAGAGATGAGCATGGGCGTTATCTTTATCACTCACGATATGGGCGTGGTGGCAGAGATTGCCGATCGGGTACTGGTGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGC > CP042583/730684‑731243 ||| cagacagCTGGACAAATGGGCCAGGTTCGCGGGGCGGATATGGCGATGATATTTCAGGAGCCGATGACATCGATGAGCCCGGTATTTACTGTGGGTGAACAGATTGCCGAATCAATTCGTCTGCATCAGAACGCCAGTCGTGAAGAAGCGATGGTCGAGGCGAAGCGGATGCTGGATCAGGTACGCATTCCTGAGGCACAAACCATTCTTTCACGTTATCCGCATCAACTCTCTGGCGGGATGCGCCAGCGAGTGATGATTGCGATGGCGCTGTCATGCCGCCcggcg < 2:1859495/282‑1 (MQ=255) caAATGTGGCATGTGCGCGGTGCGGATATGGGGAGGATATTTCAGGAGCCGATGACATCGCTGAACCCGGTATTTACTGGGGGTGAACAGATTGCAGAATCAATTCGTCTGCATCAGAACGCCAGTCGTGAAGAAGCGATGGTCGAGGCGAAGCGGATGCTGGATCAGGTACGCATTCCTGAGGCACAAACCATTCTTTCACGTTATCCGCATCAACTCTCTGGCGGGATGCGCCAGCGAGTGATGATTGCGATGGCGCTGTCATGCCGCCCGGCGGTGCTGATTGCCg < 2:589260/289‑1 (MQ=255) aaaTGCGCCATGTTCGCGGTGCGGATATGGCGATGATATTTCAGGAGCCGATGACATCGCTGAACCCGGTATTTACTGTGGGTGAACAGATTGCCGAATCAATTCGTCTGCATCAGAACGCCAGTCGTGAAGACGCGATGGTCGAGGCGAAGCGGATGCTGGATCAGGTACGCATTCCTGAGGCACAAACCATTCTTTCACGTTATCCGCATCAACTCTCTGGCGGGATGCGCCAGCGAGTGATGATTTCGATGGCGCTGTCCTGCCGCCCGGCGGTGCTgttgtccgg > 2:1448865/1‑281 (MQ=255) aaaTGCGCCATGTTCGCGGTGCGGATATGGCGATGATATTTCAGGAGCCGATGACATCGCTGAACCCGGTATTTACTGTGGGTGAACAGATTGCCGAATCAATTCGTCTGCATCAGAACGCCAGTCGTGAAGAAGCGATGGTCGAGGCGAAGCGGATGCTGGATCAGGTACGCATTCCTGAGGCACAAACCATTCTTTCACGTTATCCGCATCAACTCTCTGGCGGGATGCGCCAGCGAGTGATGATTGCGATGGCGCTGTCATGCCGCCCGGCGGTGCTGATTGCCGa > 1:1113034/1‑289 (MQ=255) 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AGCGAGCAGAACGCTGCACAAATGCGCCATGTTCGCGGTGCGGATATGGCGATGATATTTCAGGAGCCGATGACAAGCCTGAACCCGGTATTTACTGTGGGTGAACAGATTGCCGAAAGTATTCGTCTGCATCAGAACGCCAGTCGTGAAGAAGCGATGGTCGAGGCGAAGCGGATGCTGGATCAGGTACGCATTCCTGAGGCACAAACCATTCTTAGTCGTTATCCGCATCAACTCTCTGGCGGGATGCGCCAGCGAGTGATGATTGCGATGGCGCTGAGTTGCCGCCCGGCGGTGCTGATTGCCGATGAGCCAACCACCGCGCTGGATGTCACTATTCAGGCGCAGATCCTGCAATTAATCAAAGTATTGCAAAAAGAGATGAGCATGGGCGTTATCTTTATCACTCACGATATGGGCGTGGTGGCAGAGATTGCCGATCGGGTACTGGTGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGC > CP042583/730684‑731243 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |