| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 731,284 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 731,284 | 0 | A | T | 99.5% | 461.9 / NA | 197 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 731,285 | 0 | G | C | 100.0% | 461.8 / NA | 197 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (129/68); total (129/68) | |||||||||||
| * | CP042583 | 731,286 | 0 | C | G | 99.5% | 454.7 / NA | 197 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (127/68); total (129/68) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 197 total aligned reads displayed.
GGATGTCACTATTCAGGCGCAGATCCTGCAATTAATCAAAGTATTGCAAAAAGAGATGAGCATGGGCGTTATCTTTATCACTCACGATATGGGCGTGGTGGCAGAGATTGCCGATCGGGTACTGGTGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATAAGCCTTGAACATCCAGCGAAACAGG‑CCCCCCCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGTTTTACGAGTGCGTAATCTTGTCACCCGTTTCCCTTTGCGCAGCGGTTTGTTGAATCGCGTAACGCGGGAAGTGCATGCCGTTGAGAAAGTCAGTTTTGATCTCTGGCCTGGCGAAACGCTAAGCCTGGTGGGCGAGTCTGGCAGCGGTAAATCCACTACCGGGCGGGCGTTGCTGCGCCTGGTCGAAAGCCAGGGCGGCGAAATTATCTTTAAC > CP042583/731010‑731565 ||| aTGTCAAGATTCAGGCGCAGATCCTGCAATTAATCAAAGTATTGCAAAAAGAGATGTCGATGGGCGTTATCTTTATCACTCACGATATGGGCGTGGTGGCAGAGATTGCCGATCGGGTACTGGTGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAg < 2:548351/288‑1 (MQ=255) aCTATTACGGCGCAGTTCCTGCAATTAATAAAAGTATTGCAAAAAGGGATGTCGATGGGCGTTATCTTTATCACTCACGATATGGGCGTGGTGGCAGAGATTGCCGATCGGGTACTGATGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAAc < 2:218449/289‑1 (MQ=255) tATTCAGGCGCAGATCCTGCAATTAATCAAAGTATTGCAAAAAGAGATGTCGATGGGCGTTATCTTTATCACTCACGATATGGGCGTGGTGGCAGAGATTGCCGATCGGGTACTGGTGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAg < 1:264131/289‑1 (MQ=255) ttCAGGCGCAGATCCTGCAATTAATCAAAGTATTGCAAAAAGAGATGTCGATGGGCGTTATCTTTATCACTCACGATATGGGCGTGGTGGCAGAGATTGCCGATCGGTTACTGGTGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAACATCCTTACATCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAACGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCAAGCGAAACAgg > 2:289684/1‑288 (MQ=255) 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aTCAAAGTATTGCAAAAAGAGATGTCGATGGGCGTTATCTTTATCACTCACGATATGGGCGTGGTGGCAGAGATTGCCGATCGGGTACTGGTGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGG‑CCCCCCCCATCGAGCAGAAAACgg > 1:193488/1‑289 (MQ=255) aTTGCAAAAAGGGATGTCGATGGGCGTTTTCTTTATCCCTCACGATATGGGCGTGGTGGCAGAGATGGCCGATCGGGTACTGGTGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGG‑CCCCCCCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGa < 2:1416709/288‑1 (MQ=255) aaagGAGATGTCGATGGGGGTTATCTTGATCACTCACGATATGGGCGTGGTGGCAGGGATTGCCGATCGGGTACTGGTGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGG‑CCCCCCCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGaa < 2:1292253/289‑1 (MQ=255) 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agagATGTCGATGGGCGTTATCTTTATCACTCACGATATGGGCGTGGTGGCAGAGATTGCCGATCGGGTACTGGTGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGG‑CCCCCCCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGaa > 1:205056/1‑286 (MQ=255) aTGGGCGTTATCTTTATCACTCACGATATGGGCGTGGTGGCAGAGATTGCCGATCGGGTACTGGTGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGG‑CCCCCCCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGTTTTACGAg > 1:225591/1‑289 (MQ=255) ttATCTTTATCACTCACGATATGGGCGTGGTGGCAGAGATTGCCGATCGGGTACTGGTGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGG‑CCCCCCCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGAt > 1:1011902/1‑263 (MQ=255) 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aCGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGG‑CCCCCCCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGTTTTACGAGTGCGTAATCTTGTCACCCGTTTCCCTTTGCGCAGCGGTTTGTTGAATCGCGTAACGCGGGAAGTGCATGCCGTTGAGAAAGTCAGTTTTGATCTCTGGCCTGGCGAAACGCTATCGCTGGTGGGCGAGTCTGGCAGCGGTAAATCCACTACCGGGCGGGCGTTGCTGCGCCTGGTCGAATCGCAGGGCGGCGAAAtt > 2:380283/1‑289 (MQ=255) ttCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGG‑CCCCCCCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGTTTTACGAGTGCGTAATCTTGTCACCCGTTTCCCTTTGCGCAGCGGTTTGTTGAATCGCGTAACGCGGGAAGTGCATGCCGTTGAGAAAGTCAGTTTTGATCTCTGGCCTGGCGAAACGCTATCGCTGGTGGGCGAGTCTGGCAGCGGTAAATCCACTACCGGGCGGGCGTTGCTGCGCCTGGTCGAATCGCAGGGCGGCGAAATTATCt > 1:1667089/1‑289 (MQ=255) ||| GGATGTCACTATTCAGGCGCAGATCCTGCAATTAATCAAAGTATTGCAAAAAGAGATGAGCATGGGCGTTATCTTTATCACTCACGATATGGGCGTGGTGGCAGAGATTGCCGATCGGGTACTGGTGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATAAGCCTTGAACATCCAGCGAAACAGG‑CCCCCCCCATCGAGCAGAAAACGGTGGTGGATGGCGAACCTGTTTTACGAGTGCGTAATCTTGTCACCCGTTTCCCTTTGCGCAGCGGTTTGTTGAATCGCGTAACGCGGGAAGTGCATGCCGTTGAGAAAGTCAGTTTTGATCTCTGGCCTGGCGAAACGCTAAGCCTGGTGGGCGAGTCTGGCAGCGGTAAATCCACTACCGGGCGGGCGTTGCTGCGCCTGGTCGAAAGCCAGGGCGGCGAAATTATCTTTAAC > CP042583/731010‑731565 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |