Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 734,272 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 734,272 | 0 | A | T | 99.2% | 588.2 / NA | 251 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 734,273 | 0 | G | C | 99.2% | 583.1 / NA | 251 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base C (140/109); total (141/110) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 734,274 | 0 | C | G | 100.0% | 588.2 / NA | 251 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (141/110); total (141/110) |
Only 100 of 251 total aligned reads displayed.
TATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGTTGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGAGCATGGTGAGCCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGA‑CCATTGCGGTGAGCGGGATCAGCTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACATTTTACCCTCCCTGACGCTCGGCGCGGCAGTGGCCGCCGTGATGGCGCGCTTTACCCGCGCGAGCTTTGTCGATGTTTTAAGCGAAGATTATATGCGTACCGCGAGGGCGAAAGGGGTGAGCGAAACCTGGGTTGTCCTCAAACACGGGCTACGTAACGCGATGATCCCGGTA > CP042583/734001‑734553 ||| tGGTGCGTCAGCAGCTGGGGTTGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTCTATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGAGTGGTTGAGTATTA‑CCATTTCGGTGTCGGGGATCTCGTTTTCGGCCttt > 2:622556/1‑287 (MQ=255) 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tGCGGTGTCGGGGATCTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACATTTTACCCTCCCTGACGCTCGGCGCGGCAGTGGCCGCCGTGATGGCGCGCTTTACCCGCGCGTCGTTTGTCGATGTTTTAAGCGAAGATTATATGCGTACCGCGAGGGCGAAAGGGGTGAGCGAAACCTGGGTTGTCCTCAAACACGGGCTACGTAACGCGATGATCCCGGTa > 1:1263878/1‑289 (MQ=255) ||| TATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGTTGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGAGCATGGTGAGCCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGA‑CCATTGCGGTGAGCGGGATCAGCTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACATTTTACCCTCCCTGACGCTCGGCGCGGCAGTGGCCGCCGTGATGGCGCGCTTTACCCGCGCGAGCTTTGTCGATGTTTTAAGCGAAGATTATATGCGTACCGCGAGGGCGAAAGGGGTGAGCGAAACCTGGGTTGTCCTCAAACACGGGCTACGTAACGCGATGATCCCGGTA > CP042583/734001‑734553 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |