| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 735,480 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 735,480 | 0 | A | T | 99.2% | 599.1 / NA | 257 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); major base T (132/121); minor base C (1/1); total (134/123) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 735,481 | 0 | G | C | 99.6% | 605.6 / NA | 257 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (134/122); minor base A (0/1); total (134/123) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.79e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 735,482 | 0 | C | G | 100.0% | 601.8 / NA | 257 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (134/123); total (134/123) | |||||||||||
Only 100 of 257 total aligned reads displayed.
ATTTGCGATGTGCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGAGTGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCAGCATTATCTCTGCCGCCAGCCTCAGTTTTCTCGGCCTCGGTGCGCAGCCGCCGACACCAGAGTGGGGAGCAATGCTCAATGAGGCTCGAGCGGATATGGTTATCGCGCCGCATGTCGCTGTTTTTCCGGCCCTGGCTATTTTTCTGACCGTACTGGCGTTCAATTTGTTGGGCGATGGTTTACGCGATGCGCTGGATCCGAAAATTAAAGGATAATTACGTTTGAATATTGCTTGAAAGGGTAATCACCTCACAGGAAATTATTGCCCTAAGCAAG > CP042583/735201‑735756 ||| ttGCGATGTGCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGTCAGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCTCGATTAtc > 1:1644765/1‑286 (MQ=255) 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ATTTGCGATGTGCTGTTTGCCTTCCCGGGTATTTTACTGGCGATCGCTGTTGTTGCGGTGTTGGGAAGCGGCATTGCTAACGTGATTATTGCAGTCGCCATTTTTTCCATCCCCGCGTTTGCCCGCCTGGTGCGCGGCAACACGCTGGTGTTGAAACAGCAAACCTTTATTGAGAGTGCACGCAGTATTGGTGCCAGCGATATGACCGTTTTGTTGCGTCATATCCTGCCTGGGACCGTCTCTTCTATCGTGGTGTTTTTCACCATGCGCATTGGTACCAGCATTATCTCTGCCGCCAGCCTCAGTTTTCTCGGCCTCGGTGCGCAGCCGCCGACACCAGAGTGGGGAGCAATGCTCAATGAGGCTCGAGCGGATATGGTTATCGCGCCGCATGTCGCTGTTTTTCCGGCCCTGGCTATTTTTCTGACCGTACTGGCGTTCAATTTGTTGGGCGATGGTTTACGCGATGCGCTGGATCCGAAAATTAAAGGATAATTACGTTTGAATATTGCTTGAAAGGGTAATCACCTCACAGGAAATTATTGCCCTAAGCAAG > CP042583/735201‑735756 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |