| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 735,978 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 735,978 | 0 | A | T | 100.0% | 295.3 / NA | 125 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (68/57); total (68/57) | |||||||||||
| * | CP042583 | 735,979 | 0 | G | C | 100.0% | 292.3 / NA | 125 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (68/57); total (68/57) | |||||||||||
| * | CP042583 | 735,980 | 0 | C | G | 98.4% | 287.1 / NA | 125 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (67/56); minor base A (1/1); total (68/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 125 total aligned reads displayed.
TTTGAATATTGCTTGAAAGGGTAATCACCTCACAGGAAATTATTGCCCTAAGCAAGTGTTGTAACTTTCTGCTGATTTTGTAGAATCGGGTAATTTGGTTAAAAAGCCGCAGCAAGGGACAATTTTTGCAGCGGCACAGCGTTCAGATAGTTATTTTGTTAAATGTATTAACATGCTGAGTTTATACGAAAAGATAAAGATAAGGCTGATAATTTTATTTTTATTGGCAGCACTGAGTTTTATTGGTCTTTTTTTCATCATTAACTATCAACTGGTAAGCGAGCGCGCGGTAAAACGTGCCGATAGCCGCTTTGAACTTATTCAGAAAAACGTTGGCTATTTCTTTAAAGATATTGAACGTAGCGCCCTGACATTAAAGGACAGTCTGTATTTATTAAAAAATACAGAGGAGATTCAACGCGCCGTGATTCTTAAAATGGAAATGATGCCATTTTTAGACAGCGTGGGACTGGTACTTGATGATAATAAATATTATCTTTTTAGCCGGAGGGCGAATGATAAAATCGTTGTTTATCATCAGGAACAAGTAAATGGAC > CP042583/735701‑736257 ||| tttGAATATTGCTTGAAAGGGTAATCACCTCACAGGAAATTATTGCCCTAAGCAAGTGTTGTAACTTTCTGCTGATTTTGTAGAATCGGGTAATTTGGTTAAAAAGCCGCAGCAAGGGACAATTTTTGCAGCGGCACAGCGTTCAGATAGTTATTTTGTTAAATGTATTAACATGCTGAGTTTATACGAAAAGATAAAGATAAGGCTGATAATTTTATTTTTATTGGCAGCACTGTCATTTTTTGGTCTTTTTTTCATCATTAACTATCAACTGGTATCGGAGcgcgcg > 1:1699058/1‑289 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |