Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 738,955 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 738,955 | 0 | A | T | 99.5% | 447.6 / NA | 190 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.84e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 738,956 | 0 | G | C | 99.5% | 443.1 / NA | 190 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (91/98); minor base T (1/0); total (92/98) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.84e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 738,957 | 0 | C | G | 98.9% | 439.4 / NA | 190 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base G (89/98); total (92/98) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.30e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 190 total aligned reads displayed.
AATCGTAGTCTGATATTTTTGCTTGGTCTGGAGCGTTTTTCTTTACTGAGTAAAAGC‑CTGGCGATGGACAGCGAGAACCTGATGTTCTCTCTATTTAAGAACGGTAAACCGGTGACCGGTGATGAATATAATGCTAAAAACGCCATCTTCACCGTTAGCGAAGCGATGGAGCACTTCGCCTATTTGCCGACCGGATTGTATGTATTTGCGTATAAAAAAGATGTTTATTTGCGGGTTTGTACATTGATTATTTTCTTTGCCGCATTGGTGGCAGTGATAAGCGGTG‑CCAGTTGCCTCTATCTGGTACGCAGAGTGATTAATCGTGGTATTGTGGAGAAAGAAGCCATCATTAATAACCATTTTGAACGCGTACTGGATGGCGGGCTTTTCTTTAGCGCTGCCGATGTCAAAAAACTCTACAGTATGTATAACAGCGCGTTCCTGGACGACCTGACCAAAGCAATGGGCAGAAAATCCTTTGACGAAGATTTAAAAGCGCTGCCGGAAAAAGGCGGTTATTTGTGCCTGTTTGACGTCGATAAATTCAAAAACATTAACG > CP042583/738676‑739234 ||| aaTCGTAGTCTGATATTTTTGCTTGGTCTGGAGCGTTTTTCTTTACTGTCAAAATCG‑CTGGCGATGGACAGCGAGAACCTGATGTTCTCTCTATTTAAGAACGGTAAACCGGTGACCGGTGATGAATATAATGCTAAAAACGCCATCTTCACCGTTTCGGAAGCGATGGAGCACTTCGCCTATTTGCCGACCGGATTGTATGTATTTGCGTATAACAAAGATGTTTATTTGCGGGTTTGTACATTGATTATTTTCTTTGCCGCATTGGTGGCAGTGATATCGGGTG‑CCa > 1:86954/1‑289 (MQ=255) 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ttttCTTTACTGTCAAAATCG‑CTGGCGATGGACAGCGAGAACCTGATGTTCTCTCTATTTAAGAACGGTAAACCGGTGACCGGTGATGAATATAATGCTAAAACCGCCATCTTCACCGTTTCGGAAGCGATGGAGCACTTCGCCTATTTGCCGACCGGATTGTATGTATTTGCGTATAAAAAAGATGTTTATTTGCGGGTTTGTACATTGATTATTTTCTTTGCCGCATTGGTGGCAGTGATATCGGGTG‑CCAGTTGCCTCTATCTTGTACGCAGAGTGATTAATCGTg > 2:1902587/1‑289 (MQ=255) ttttCTTTACTGTCAAAATCG‑CTGGCGATGGACAGCGAGAACCTGATGTTCTCTCTATTTAAGAACGGTAAACCGGTGACCGGTGATGAATATAATGCTAAAAACGCCATCTTCACCGTTTCGGAAGCGATGGAGCACTTCGCCTATTTGCCGACCGGATTGTATGTATTTGCGTATAAAAAAGATGTTTATTTGCGGGTTTGTACATTGATTATTTTCTTTGCCGCATTGGTGGCAGTGATATCGGGTG‑CCAGTTGCCTCTATCTGGTACGCAGAGTGATTAATCGTg > 1:418107/1‑289 (MQ=255) tcaaaatcgcTGGCGATGGACAGCGAGAACCTGATGTTCTCTCTATTTAAGAACGGTAAACCGGTGACCGGTGATGAATATAATGCTAAAAACGCCATCTTCACCGTTTCGGAAGCGATGGAGCACTTCGCCTATTTGCCGACCGGATTGTATGTATTTGCGTATAAAAAAGATGTTTATTTGCGGGTTTGTACATTGATTATTTTCTTTGCCGCATTGGTGGCAGTGATATCGGGTG‑CCAGTTGCCTCTATCTGGTACGCAGAGTGATTAATCGTGGTATTGTGgaga > 1:334585/10‑289 (MQ=255) 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AATCGTAGTCTGATATTTTTGCTTGGTCTGGAGCGTTTTTCTTTACTGAGTAAAAGC‑CTGGCGATGGACAGCGAGAACCTGATGTTCTCTCTATTTAAGAACGGTAAACCGGTGACCGGTGATGAATATAATGCTAAAAACGCCATCTTCACCGTTAGCGAAGCGATGGAGCACTTCGCCTATTTGCCGACCGGATTGTATGTATTTGCGTATAAAAAAGATGTTTATTTGCGGGTTTGTACATTGATTATTTTCTTTGCCGCATTGGTGGCAGTGATAAGCGGTG‑CCAGTTGCCTCTATCTGGTACGCAGAGTGATTAATCGTGGTATTGTGGAGAAAGAAGCCATCATTAATAACCATTTTGAACGCGTACTGGATGGCGGGCTTTTCTTTAGCGCTGCCGATGTCAAAAAACTCTACAGTATGTATAACAGCGCGTTCCTGGACGACCTGACCAAAGCAATGGGCAGAAAATCCTTTGACGAAGATTTAAAAGCGCTGCCGGAAAAAGGCGGTTATTTGTGCCTGTTTGACGTCGATAAATTCAAAAACATTAACG > CP042583/738676‑739234 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |