Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 739,459 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 739,459 | 0 | A | T | 99.0% | 461.1 / NA | 195 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 739,460 | 0 | G | C | 100.0% | 461.7 / NA | 195 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (95/100); total (95/100) | |||||||||||
* | CP042583 | 739,461 | 0 | T | A | 99.5% | 466.0 / ‑6.5 | 195 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (95/99); minor base C (0/1); total (95/100) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 195 total aligned reads displayed.
GGAAAAAGGCGGTTATTTGTGCCTGTTTGACGTCGATAAATTCAAAAACATTAACGACACCTTCGGTCATTTGCTGGGCGATGAAGTGTTGATGAAAGTGGTGAAAATCCTTAAAAGTCAGATCCCGGTAGATAAAGGTAAAGTCTACCGCTTCGGCGGTGACGAATTTGCGGTGATTTATACGGGTGGAACGCTGGAAGAGTTGCTAAGCATTCTAAAAGAAATCGTTCATTTCCAGGTGGGAAGCATTAATTTAAGTACCAGTATCGGTGTAGCACATAGTAATGAATGTCCTACCGTCGAACGCTTGAAAATGCTGGCGGATGAGCGGCTGTATAAGAGTAAGAAAAACGGCAGGGCACAGATTAGCTGGCAGTAATCATTATTCGCAGGCCGGACAAATGATTTTGCCCGGCCTGAATTAATTAAACCCGGCTACCCCACAAATCGTACTCATCGGCGTGCTCGACTTTCACACGCAGGATATCACCCGGCTTAACGTTGGTTTCACCATTGAGATAAACCGCGCCGTCGATTTCCGGTGCATCTGCCATGCTGCG > CP042583/739179‑739738 ||| ggAAAAAGGCGGTTATTTGTGCCTGTTTGACGTCGATAAATTCAAAAACATTAACGACACCTTCGGTCATTTGCTGGGCGATGAAGTGTTGATGAAAGTGGTGAAAATCCTTAAATCACAGATCCCGGTAGATAAAGGTAAAGTCTACCGCTTCGGCGGTGACGAATTTGCGGTGATTTATACGGGTGGAACGCTGGAAGAGTTGCTATCGATTCTAAAAGAAATCGTTCATTTCCAGGTGGGAAGCATTAATTTAAGTACCAGTATCGGTGTAGCACATTCAaatgaa < 2:777701/289‑1 (MQ=255) 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tAGCACATTCAAATGAATGTCCTACCGTCGAACGCTTGAAAATGCTGGCGGATGAGCGGCTGTATAAGAGTAAGAAAAACGGCAGGGCACAGATTAGCTGGCAGTAATCATTATTCGCAGGCCGGACAAATGATTTTGCCCGGCCTGAATTAATTAAACCCGGCTACCCCACAAATCGTACTCATCGGCGTGCTCGACTTTCACACGCAGGATATCACCCGGCTTAACGTTGGTTTCACCATTGAGATAAACCGCGCCGTCGATTTCCGGTGCATCTGCCATGCTGCg > 2:110650/1‑288 (MQ=255) tAGCACATTCAAATGAATGTCCTACCGTCGAACGCTTGAAAATGCTGGCGGATGAGCGGCTGTATAAGAGTAAGAAAAACGGCAGGGCACAGATTAGCTGGCAGTAATCATTATTCGCAGGCCGGACAAATGATTTTGCACGGCCTGAATTAATTAAACCCGGCTACCCCACAAATCGTACTCATCGGCGTGCTCGACTTTCACACGCAGGATATCACCCGGCTTAACGTTGGTTTCACCATTGAGATAAACCGCGCCGTCGATTTCCGGTGCATCTGCCATGCTGCg > 1:989766/1‑288 (MQ=255) ||| GGAAAAAGGCGGTTATTTGTGCCTGTTTGACGTCGATAAATTCAAAAACATTAACGACACCTTCGGTCATTTGCTGGGCGATGAAGTGTTGATGAAAGTGGTGAAAATCCTTAAAAGTCAGATCCCGGTAGATAAAGGTAAAGTCTACCGCTTCGGCGGTGACGAATTTGCGGTGATTTATACGGGTGGAACGCTGGAAGAGTTGCTAAGCATTCTAAAAGAAATCGTTCATTTCCAGGTGGGAAGCATTAATTTAAGTACCAGTATCGGTGTAGCACATAGTAATGAATGTCCTACCGTCGAACGCTTGAAAATGCTGGCGGATGAGCGGCTGTATAAGAGTAAGAAAAACGGCAGGGCACAGATTAGCTGGCAGTAATCATTATTCGCAGGCCGGACAAATGATTTTGCCCGGCCTGAATTAATTAAACCCGGCTACCCCACAAATCGTACTCATCGGCGTGCTCGACTTTCACACGCAGGATATCACCCGGCTTAACGTTGGTTTCACCATTGAGATAAACCGCGCCGTCGATTTCCGGTGCATCTGCCATGCTGCG > CP042583/739179‑739738 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |