Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 744,068 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 744,068 | 0 | A | T | 99.6% | 608.4 / NA | 256 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 744,069 | 0 | G | C | 99.6% | 606.8 / NA | 256 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (111/143); total (112/144) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.39e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 744,070 | 0 | T | A | 99.6% | 606.5 / NA | 256 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base A (112/143); total (112/144) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 256 total aligned reads displayed.
TGCGGATGAGAAACTGGATCCCGCGAGCCTGACTAAAATCATGACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTG‑GTAGTAGCG‑TAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTAGCGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGCTGATTACGTTGCCGGGAGCCAGGAGAGTTTTATTGGTCTGATGAATGGTTATGCCAAAAAACTGGGTCTGACCAACACTACCTTCCAGACGGTGCACGGCCTGGATGCGCCGGGGCAGTTCAGCACCGCGCGC‑GATATGGCATTGCTGGGTAAAGCATTGATCCACGATGTGCCGGAAGAGTACGCCATTCATAAAGAGAAAGAGTTCACCTTCAACAAAATTCGTCAGCCTAACCGTAACCGTCTGCTGTGGAGCAGCAATCTGAATGTTGATGGCATGAAGACAGGAACCACGGCAGGCGCG > CP042583/743791‑744346 ||| tGCGGATGAGAAACTGGATCCCGCGAGCCTGACTAAAATCATGACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTG‑GTTCATCGG‑TAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGCTGATTACGTTGCCGGGAGCCAGGAGTCATTTATTGGt < 1:1887746/289‑1 (MQ=255) agaAACTGGATCCCGCGAGCCTGACTAAAATCATGACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTG‑GTTCATCGG‑TAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGCTGATTACGTTGCCGGGAGCCAGGAGTCATTTATTGGTCtgatga < 2:1615454/288‑1 (MQ=255) tCCCGCGAGCCTGACTAAAATCATGACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTG‑GTTCATCGG‑TAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGCTGATTACGTTGCCGGGAGCCAGGAGTCATTTATTGGTCTGATGAATGGTTATGcc > 1:1159879/1‑289 (MQ=255) cgcgAGCCTGACTAAAATCATGACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGAGAAGATTAAACTCACCGAGATGGTGACGGTCGGTAAAGCTGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTG‑GTTCATCGG‑TAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCGGACTTGAACAAAGGCGTGATTATCCAGTCCGGTAATTACGCCTGTATTGCTGTGGCTGATTACGTTGCCGGGAGCCAGGAGTCATTTAGTGGTCGGATGAATGGTTATCGCaaa > 2:1153529/1‑289 (MQ=255) 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TGCGGATGAGAAACTGGATCCCGCGAGCCTGACTAAAATCATGACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTG‑GTAGTAGCG‑TAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTAGCGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGCTGATTACGTTGCCGGGAGCCAGGAGAGTTTTATTGGTCTGATGAATGGTTATGCCAAAAAACTGGGTCTGACCAACACTACCTTCCAGACGGTGCACGGCCTGGATGCGCCGGGGCAGTTCAGCACCGCGCGC‑GATATGGCATTGCTGGGTAAAGCATTGATCCACGATGTGCCGGAAGAGTACGCCATTCATAAAGAGAAAGAGTTCACCTTCAACAAAATTCGTCAGCCTAACCGTAACCGTCTGCTGTGGAGCAGCAATCTGAATGTTGATGGCATGAAGACAGGAACCACGGCAGGCGCG > CP042583/743791‑744346 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |