| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 439,420 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 439,420 | 0 | A | T | 99.6% | 631.8 / NA | 264 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.51e-01 | |||||||||||
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| * | CP042583 | 439,421 | 0 | G | C | 99.6% | 630.6 / ‑6.1 | 264 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (118/145); minor base T (1/0); total (119/145) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.51e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 439,422 | 0 | T | A | 99.6% | 632.4 / NA | 264 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (119/144); minor base C (0/1); total (119/145) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 264 total aligned reads displayed.
TCAGATTGCCGCCATTGCACCGACAAAACTGACCTATAAAAACGGCGTACTGATTGCCAGTATTATCAGCTTGCTGATCTG‑CCCGTGGAAATTAATGGAAAATCAGGACAGCATTTATCTTTTCCTCGATATTATCGGCGGAATGCTTGGTCCGGTAATTGGTGTCATGATGGCGCATTATTTTGTGGTGATGCGCGGACAAATTAATCTTGATGAACTGTATACCGCACCTGGCGATTATAAATATTACGATAACGGTTTTAACCTCACTGCGTTTAGTGTAACTCTGGTGGCCGTTATTTTATCTCTTGGCGGTAAGTTTATTCACTTTATGGAACCGTTA‑AGCCGT‑GTTAGTTGGTTTGTCGGCGTCATCGTCGCCTTTGCGGCCTACGCCTTATTAAAGAAACGTACAACAGCAGAAAAAACAGGAGAGCAAAAAACCATAGGTTAATTAATCCCGATATTGAACATTGAGTTAAAAACCAATCTGTATTTTACAAGGAGTTTGTTATGTCTTTTGATTTAATCATTAAAAACGGCACCGTTATTTTAGAAAACG > CP042583/439143‑439701 ||| ttGCCGCCATTGCACCGACAAAACTGACCTATAAAAACGGCGTACTGATTGCCAGTATTATCAGCTTGCTGATCTG‑CCCGTGGAAATTAATGGAAAATCAGGACAGCATTTATCTTTTCCTCGATATTATCGGCGGAATGCTTGGTCCGGTAATTGGTGTCATGATGGCGCATTATTTTGTGGTGATGCGCGGACAAATTAATCTTGATGAACTGTATACCGCACCTGGCGATTATAAATATTACGATAACGGTTTTAACCTCACTGCGTTTTCAGTAACTCTGGTGGc < 2:696699/289‑1 (MQ=255) 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cGGTTTTAACCTCACTGCGTTTTCAGTAACTCTGGTGGCCGTTATTTTATCTCTTGGCGGTAAGTTTATTCACTTTATGGAACCGTTA‑TCGCGT‑GTTTCATGGTTTGTCGGCGTCATCGTCGCCTTTGCGGCCTACGCCTTATTAAAGAAACGTACAACAGCAGAAAAAACAGGAGAGCAAAAAACCATAGGTTAATTAATCCCGATATTGAACATTGAGTTAAAAACCAATCTGTATTTTACAAGGAGTTTGTTATGTCtt < 1:844498/262‑1 (MQ=255) tttAACCTCACTGCGTTTTCAGTAACTCTGGTGGCCGTTATTTTATCTCTTGGCGGTAAGTTTATTCACTTTATGGAACCGTTA‑TCGCGT‑GTTTCATGGTTTGTCGGCGTCATCGTCGCCTTTGCGGCCTACGCCTTATTAAAGAAACGTACAACAGCAGAAAAAACAGGAGAGCAAAAAACCATAGGTTAATTAATCCCGATATTGAACATTGAGTTAAAAACCAATCTGTATTTTACAAGGAGTTTGTTATGTCTTTTGATTTAATCATTAAAAACGGCACCGTTAt < 2:1855551/289‑1 (MQ=255) ttAACCTCACTGCGTTTTCAGTAACTCTGGTGGCCGTTATTTTATCTCTTGGCGGTAAGTTTATTCACTTTATGGAACCGTTA‑TCGCGT‑GTTTCATGGTTTGTCGGCGTCATCGTCGCCTTTGCGGCCTACGCCTTATTAAAGAAACGTACAACAGCAGAAAAAACAGGAGAGCAAAAAACCa < 1:930273/183‑1 (MQ=255) 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TCAGATTGCCGCCATTGCACCGACAAAACTGACCTATAAAAACGGCGTACTGATTGCCAGTATTATCAGCTTGCTGATCTG‑CCCGTGGAAATTAATGGAAAATCAGGACAGCATTTATCTTTTCCTCGATATTATCGGCGGAATGCTTGGTCCGGTAATTGGTGTCATGATGGCGCATTATTTTGTGGTGATGCGCGGACAAATTAATCTTGATGAACTGTATACCGCACCTGGCGATTATAAATATTACGATAACGGTTTTAACCTCACTGCGTTTAGTGTAACTCTGGTGGCCGTTATTTTATCTCTTGGCGGTAAGTTTATTCACTTTATGGAACCGTTA‑AGCCGT‑GTTAGTTGGTTTGTCGGCGTCATCGTCGCCTTTGCGGCCTACGCCTTATTAAAGAAACGTACAACAGCAGAAAAAACAGGAGAGCAAAAAACCATAGGTTAATTAATCCCGATATTGAACATTGAGTTAAAAACCAATCTGTATTTTACAAGGAGTTTGTTATGTCTTTTGATTTAATCATTAAAAACGGCACCGTTATTTTAGAAAACG > CP042583/439143‑439701 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |