| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 463,616 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 463,616 | 0 | A | T | 99.3% | 661.3 / NA | 283 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/2); new base T (122/157); total (124/159) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.07e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 463,617 | 0 | G | C | 98.9% | 644.2 / ‑6.0 | 283 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/1); new base C (122/156); total (124/159) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.85e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 463,618 | 0 | C | G | 99.3% | 647.3 / ‑6.5 | 283 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base G (121/157); total (124/159) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
Only 100 of 283 total aligned reads displayed.
GTACGCCTTACGATCCGTTGGTTACACCTGTTTATACCATTAGTTTTGGTGGCCGGGTTGAAGTACCGCAAAACTGCGAATTAAATGCCGGGCAGATTGTTGAATTTGATTTTGGTGATATCGGCGCAAGCTTATTTAGTGCGGCAGGGCCGGGTAATCGACCTGCTGGTGTCATGCCGCAAACCAAGAGCATTGCGGTCAAATGTACGAATGTTGCTGCGCAGGCTTATTTAACAATGCGTCTGGAAGCCAGTGCCGTTTCTGGTCAGGCGATGGTGAGCGACAATCAGGATTTAGGTTTTATTGTCGCCGATCAGAACGATACGCCGATCACGCCTAACGATCTCAATAGCGTTATTCCTTTCCGTCTGGATGCAGCTGCGGCAGCCAATGTCACACTTCGCGCCTGGCCTATCAGTATTACCGGTCAAAAACCGACCGAAGGGCCGTTTAGCGCGCTGGGGTATTTACGCGTCGATTATCAATGAGGTACGGAGAATGAGAAGAGTACTCTTTAGCTGTTTCTGCGGGCTACTGTGGAGTTCCAGTGGATGGGCA > CP042583/463338‑463895 ||| caaCGCCTTACGATCCGTTGGTTACACCTGTTTATACCATTAGTTTTGGTGGCCGGGTTGAAGTACCGCAAAACTGCGAATTAAATGCCGGGCAGATTGTTGAATTTGATTTTGGTGATATCGGCGCATCGTTATTTAGTGCGGCAGGGCCGGGTAATCGACCTGCTGGTGTCATGCCGCAAACCAAGAGCATTGCGGTCAAATGTACGAATGTTGCTGCGCAGGCTTATTTAACAATGCGTCTGGAAGCCAGTGCCGTTTCTGGTCAGGCGATGGTGTCGGACAATCa > 1:1858413/3‑289 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gCCGTTTCTGGTCAGGCGATGGTGTCGGACAATCAGGATTTAGGTTTTATTGTCGCCGATCAGAACGATACGCCGATCACGCCTAACGATCTCAATAGCGTTATTCCTTTCCGTCTGGATGCAGCTGCGGCAGCCAATGTCACACTTCGCGCCTGGCCTATCAGTATTACCGGTCAAAAACCGACCGAAGGGCCGTTTAGCGCGCTGGGGTATTTACGCGTCGATTATCAATGAGGTACGGAGAATGAGAAGAGTACTCTTTAGCTGTTTCTGCGGGCTACTGTGGAg < 2:1036808/288‑1 (MQ=255) gCCGTTTCTGGTCAGGCGATGGTGTCGGACAATCAGGATTTAGGTTTTATTGTCGCCGATCAGAACGATACGCCGATCACGCCTAACGATCTCAATAGCGTTATTCCTTTCCGTCTGGATGCAGCTGCGGCAGCCAATGTCACACTTCGCGCCTGGCCTATCAGTATTACCGGTCAAAAACCGACCGAAGGGCCGTTTAGCGCGCTGGGGTATTTACGCGTCGATTATCAATGAGGTACGGAGAATGAGAAGAGTACTCTTTAGCTGTTTCTGCGGGCTACTGTGGAGt < 1:1747688/289‑1 (MQ=255) gTTTCTGGTCAGGCGATGGAGTCGGACAATCAGGAGTTAGGTTTTATTGTCGCCGATCAGAACGATACGCCGATCACGCCTAACGATCTCAATAGCGTTATTCCTTTCCGTCTGGATGCAGCGGCGGCAGCCAATGTCACACTTCGCGCCTGGCCTATCAGTATTACCGGTCAAAAGCCGACCGAAGGGCCGTTTAGCGCGCTGGGGTATTTACGCGTCGATTATCAATGAGGTACGGAGAATGAGAAGAGTACTCTTTAGCTGTTTCTGCGGGCTACTGTGGAGTTcc < 2:1366935/289‑1 (MQ=255) tCTGGTCAGGCGATGGTGTCGGACAATCAGGATTTAGGTTTTATTGTCGCCGATCAGAACGATACGCCGATCCCGCCTAACGATCTCAATCGCGTTATTCCTTTCCGTCTGGCTGCCGCTGCGGCAGCCAATGTCACACTTCGCGCCTGGCCTATCAGTATTACCGGTCAAAAAACGACCGAAGGGCCGTTTAGCGCGCTGGGGTATTTACGCGTCGATTATCCATGAGGTACGGAGAATGAGAAGAGTACTCTTTAGCTTTTTCTGCGGGCTACTGTGGAGTTCCAGt > 1:652641/1‑289 (MQ=255) ggTCAGGCGATGGTGTCGGACAATCAGGATTTAGGTTTTATTGTCGCCGATCAGAACGATACGCCGATCACGCCTAACGATCTCAATAGCGTTATTCCTTTCCGTCTGGATGCAGCTGCGGCAGCCAATGTCACACTTCGCGCCTGGCCTATCAGTATTACCGGTCAAAAACCGACCGAAGGGCCGTTTAGCGCGCTGGGGTATTTACGCGTCGATTATCAATGAGGTACGGAGAATGagaa > 2:1626024/1‑242 (MQ=255) gCGATGGTGTCGGACAATCAGGATTTAGGTTTTATTGTCGCCGATCAGAACGATACGCCGATCACGCCTAACGATCTCAATAGCGTTATTCCTTTCCGTCTGGATGCAGCTGCGGCAGCCAATGTCACACTTCGCGCCTGGCCTATCAGTATTACCGGTCAAAAACCGACCGAAGGGCCGTTTAGCGCGCTGGGGTATTTACGCGTCGATTATCAATGAGGTACGGAGAATGAGAAGAGTa < 1:408226/241‑1 (MQ=255) ||| GTACGCCTTACGATCCGTTGGTTACACCTGTTTATACCATTAGTTTTGGTGGCCGGGTTGAAGTACCGCAAAACTGCGAATTAAATGCCGGGCAGATTGTTGAATTTGATTTTGGTGATATCGGCGCAAGCTTATTTAGTGCGGCAGGGCCGGGTAATCGACCTGCTGGTGTCATGCCGCAAACCAAGAGCATTGCGGTCAAATGTACGAATGTTGCTGCGCAGGCTTATTTAACAATGCGTCTGGAAGCCAGTGCCGTTTCTGGTCAGGCGATGGTGAGCGACAATCAGGATTTAGGTTTTATTGTCGCCGATCAGAACGATACGCCGATCACGCCTAACGATCTCAATAGCGTTATTCCTTTCCGTCTGGATGCAGCTGCGGCAGCCAATGTCACACTTCGCGCCTGGCCTATCAGTATTACCGGTCAAAAACCGACCGAAGGGCCGTTTAGCGCGCTGGGGTATTTACGCGTCGATTATCAATGAGGTACGGAGAATGAGAAGAGTACTCTTTAGCTGTTTCTGCGGGCTACTGTGGAGTTCCAGTGGATGGGCA > CP042583/463338‑463895 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |