Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 747,422 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 747,422 | 0 | A | T | 99.0% | 486.2 / NA | 208 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); major base T (97/108); minor base C (2/0); total (100/108) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.28e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 747,423 | 0 | G | C | 98.5% | 471.2 / NA | 208 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); major base C (96/107); minor base T (3/0); total (100/108) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.09e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 747,424 | 0 | C | G | 99.5% | 480.8 / NA | 208 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (98/108); minor base T (1/0); total (100/108) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.78e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 208 total aligned reads displayed.
CTGAAACCGCCACGCGTATAGGCGAGAAACTGAGTCTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGAGCCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCAGCCGCCGCACCGTA‑CGTAGCCTGATTATTATGGGCGGCTGG‑CCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATCAGTAGCCACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTAAGTATTTATGCTTTCGGTATTGGTCTGGCGAATGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGCCGCGATGGGAATGCTGCAAATGCTGATCTTTACCGTTGGTATTGAAATCAGCAAACATGCCTGGCTGAACGGGGGCAACGGA > CP042583/747144‑747700 ||| cTGAAACCGCCACGCGTATAGGCGAGAAACTGTCACTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTA‑CGTTCGCTGatta < 1:614937/288‑1 (MQ=255) gCCACGCGTATAGGCGAGAAACTGTCACTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCCAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGGAAATTGATGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTA‑CGTTCGCTGATTATTATGggcg > 1:695206/1‑289 (MQ=255) ccACGCGTATAGGCGAGAAACTGTCACTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTA‑CGTTCGCTGATTATTATGggcgg > 1:835071/1‑289 (MQ=255) ccACGCGTATAGGCGAGAAACTGTCACTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGGTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTC‑CGCTTGCTGATTATTATGggcgg > 1:1132518/1‑289 (MQ=255) gcgTATAGGCGAGAAACTGTCACTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTA‑CGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTgg < 1:1598931/289‑1 (MQ=255) taGGCGAGAAACTGTCACTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTA‑CGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGG‑CCGAt < 1:1371950/289‑1 (MQ=255) gagaAACTGTCACTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGGTCGCCCCGGCGCCGCTTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGGTAATTGCGGGTAACTTGTTGTTAGCGCGTCTGTCCTCGCGCCGCCCCGTACCGTCG‑CTGGTTTTTTTGGGGGGCTGG‑CCggtgttgg > 2:405083/1‑282 (MQ=255) agaAACTGTCACTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGGTGCTGGCGGGGATCGCCCCGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGGGCAGGTGAGCAGCTATTAATATGGCTTGCTGCAAGGGCCTATTTTCGGGGCCGTAATTTCGGGTAACTTGCTGTTAGCGGCTCTGACCTCGCGCCGCCCCGTT‑CGTCTGCCGGTTATTAGGGGCGgccgg‑ccggatgtgga > 2:302972/1‑281 (MQ=255) gAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGGTGGTGCTGAAGAACGGCAGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTA‑CGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGG‑CCGATTATGATTGGTCTATTGGt < 2:736990/288‑1 (MQ=255) aaGAACTCGGTCGTTGATATAGGCTGGTGCTGCAGAACGGCCGCTTTGTGGAGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTA‑CGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGG‑CCGATTATGATTGGTCTATTGGTCg < 1:285623/288‑1 (MQ=255) aGAATTCGGTGGTGACTATAAGCTGGGGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTA‑CGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGG‑CCGATTATGATTGGTCTATTGGTCgct < 2:1372410/289‑1 (MQ=255) aCTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTA‑CGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGG‑CCGATTATGATTGGTCTATTGGTCgctgct < 2:1723365/289‑1 (MQ=255) gTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTA‑CGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGG‑CCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATctcatcg > 1:998799/1‑282 (MQ=255) gTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGGTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCCAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCCCCCCGTA‑CGTTCGCCGATTATTATGGGCGGCTGGCCCGATT‑TGGTTGGGCTATGTGTCCCTGCTGCGGGCACGGGTATctcacac > 2:1681018/1‑282 (MQ=255) tGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTA‑CGTTCGCTGATTATTATGGGCGGGTGG‑CCGATTATGGTTGGTCGATTGGTCGCCGCTGCGGCAACGGGTATctcctccc > 1:1759322/1‑281 (MQ=255) tGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTA‑CGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGG‑CCGATTATGATTGGTCTATTTGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATctcatcgc > 1:1790574/1‑281 (MQ=255) tGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTA‑CGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGG‑CCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTTTctcatcgc > 1:721914/1‑281 (MQ=255) gCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTA‑CGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGG‑CCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATctcatcgca < 1:1477346/288‑9 (MQ=255) cTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTA‑CGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGG‑CCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATctcatcgcac < 1:956472/288‑10 (MQ=255) aagaaCGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTTGGACTTCTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCCCCCACTGGCCGATTTTCATCATTACCCGCGAACAGTGGGGCAGCCATGAATATGGCTTCCTTCAAATTCCTCTTTTCCGGGCGTTGATTTCGGGTGACTTGCTTTTAGCGCGTCTTACATCGCGCCGCACCGTA‑CGCTCTCGGCTTATTATTGGCGGATGG‑CCGGTTATGTTTCGACTCTTTGTTGCGGTTGCGGCCAGGGTTAtgtcaatgcacgcgt > 2:952088/1‑275 (MQ=255) cGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTA‑CGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGG‑CCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATCTCATCGCACGCGTATTTa > 1:1589231/1‑289 (MQ=255) cTTTGGGGCGGGGGGGCTGGCGCTGGGTTTCGTTGGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTA‑CGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGG‑CCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATCTCATCGCACGCGTATTTATGGAt < 2:19522/288‑1 (MQ=255) gCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTA‑CGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGG‑CCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATCTCATCGCACGCGTATTTATGGATGACTGcc < 1:1098646/288‑1 (MQ=255) ggggCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTA‑CGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGG‑CCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATCTCATCGCACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGt > 1:560275/1‑289 (MQ=255) gggCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTA‑CGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGG‑CCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATCTCATCGCACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGtt > 1:845499/1‑289 (MQ=255) ggcgctggtgctGGGGTTCGGTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTA‑CGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGG‑CCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATCTCATCGCACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGtt < 2:1411432/288‑1 (MQ=255) gcgctggcgctgGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTA‑CGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGG‑CCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATCTCATCGCACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTa < 1:1635692/288‑1 (MQ=255) gggATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTA‑CGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGG‑CCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATctcatcgca < 2:360977/249‑9 (MQ=255) 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aTTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTA‑CGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGG‑CCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATCTCATCGCACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTAAGTATTTATGCttt < 1:1303776/288‑1 (MQ=255) gttaggcgcccGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGGGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTA‑CGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGG‑CCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATCTCATCGCACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTAAGTATTTATGCTTTCGGTa < 2:721914/280‑1 (MQ=255) ttAGTCTGCCGTTGCTTGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTA‑CGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGG‑CCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATCTCATCGCACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTAAGTATTTATGCTTTCGGTa < 2:695776/288‑1 (MQ=255) 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cgccgcACCGTA‑CGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGG‑CCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATCTCATCGCACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTAAGTATTTATGCTTTCGGTATTGGTCTGGCGAATGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGCCGCGATGGGAAt < 1:803908/224‑1 (MQ=255) cgccgcACCGTA‑CGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGG‑CCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATCTCATCGCACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTAAGTATTTATGCTTTCGGTATTGGTCTGGCGAATGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGCCGCGATGGGAATGCTGCAAATGCTGATCTTTACCGTTGGTATTGAAATCAGCAAACATGCCTGGCTGAACGGGGGCa > 1:606670/1‑289 (MQ=255) gccgcACCGTA‑CGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGG‑CCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATCTCATCGCACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTAAGTATTTATGCTTTCGGTATTGGTCTGGCGAATGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGCCGCGATGGGAAGTCTGCAAATGCTGATCTTTACCGTTGGTATTGAAATCAGCAAACATGCCTGGCTGAACgggggaa > 1:1451460/1‑286 (MQ=255) aCCGTA‑CGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGG‑CCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATCTCATCGCACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTAAGTATTTATGCTTTCGGTATTGGTCTGGCGAATGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGCCGCGATGGGAATGCTGCAAATGCTGATCTTTACCGTTGGTATTGAAATCAGCAAACATGCCTGGCTGAACGGGGGCAACGGa < 2:1589231/288‑1 (MQ=255) aCCGTA‑CGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGG‑CCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATCTCATCGCACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTAAGCATTTATGCTTTCGGTATTGGTCTGGCGAATGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGCCGCGATGGGAATGCTGCAAATGCTGATCTTTACCGTTGGTATTGAAATCAGCAAACATGCCTGGCTGAACGGGGGCAACGGa < 1:212721/288‑1 (MQ=255) ||| CTGAAACCGCCACGCGTATAGGCGAGAAACTGAGTCTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGAGCCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCAGCCGCCGCACCGTA‑CGTAGCCTGATTATTATGGGCGGCTGG‑CCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATCAGTAGCCACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTAAGTATTTATGCTTTCGGTATTGGTCTGGCGAATGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGCCGCGATGGGAATGCTGCAAATGCTGATCTTTACCGTTGGTATTGAAATCAGCAAACATGCCTGGCTGAACGGGGGCAACGGA > CP042583/747144‑747700 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |