Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 756,705 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 756,705 | 0 | A | T | 99.6% | 647.2 / NA | 276 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (152/123); minor base G (0/1); total (152/124) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.49e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 756,706 | 0 | G | C | 99.3% | 647.8 / NA | 276 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base C (152/122); total (152/124) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.01e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 756,707 | 0 | C | G | 99.6% | 648.6 / NA | 276 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (151/123); total (152/124) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.51e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 |
Only 100 of 276 total aligned reads displayed.
TCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATAGCGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGT‑TCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTAAGCG‑GTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTG‑AACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTGATTATATCGCCCCGGACACGGTGGCCAATTTTGAAAAAGAAACCGGTATTAAAGTCGTCTACGATGTTTTCGACTCTAACGAAGTACTGGAAGGCAAATTAATGGCCGGGAGTACCGGCTTTGATCTGGTGGTTCCATCTGCCAGCTTTCTGGAGCGCCAGTTGACTGCGGGAGTTTTCCAGCCG > CP042583/756429‑756977 ||| tCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATAGCGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGT‑TCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGG‑GTCTGGtt > 2:1639893/1‑288 (MQ=255) ggCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATAGCGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGT‑TCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGG‑GTCTGGTTGCGGGTGc < 2:330696/289‑1 (MQ=255) aTAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATAGCGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGT‑TCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGG‑GTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCg > 1:1880945/1‑289 (MQ=255) agCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATAGCGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGT‑TCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGG‑GTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGtc > 2:1039115/1‑287 (MQ=255) atatGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATAGCGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGT‑TCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGG‑GTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCg > 1:1143672/1‑289 (MQ=255) cATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATAGCGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGT‑TCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGG‑GTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCAc > 1:1307144/1‑288 (MQ=255) cATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATAGCGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGT‑TCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGG‑GTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCAc > 2:770984/1‑288 (MQ=255) tAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATAGCGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGT‑TCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGG‑GTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCt < 1:80883/289‑1 (MQ=255) tGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATAGCGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGT‑TCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGATAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGTCTATCGG‑GTCTGGTTGCGGGTGCCATGATGGCCGACTCTGGCGGCACGCTCCCGGccg > 2:18338/1‑287 (MQ=255) tGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATAGCGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGT‑TCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCGTATATAAAAAATGGCTATCGG‑GTCTGGTTGGGGGTGCTATGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGGGGccg > 2:450929/1‑287 (MQ=255) ttttttAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATAGCGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGT‑TCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGG‑GTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGc > 1:1033125/1‑264 (MQ=255) ttttttAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATAGCGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGT‑TCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGG‑GTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTG‑AACAAAAAaca > 2:1668825/1‑288 (MQ=255) ttttttAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATAGCGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGT‑TCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGG‑GTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTG‑AACAAAAAaca > 2:1874599/1‑288 (MQ=255) ttttttAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATAGCGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGT‑TCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGG‑GTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTG‑AACAAAAAac > 1:151427/1‑287 (MQ=255) tttAATCCGTGCCATAGCATCAAACCTTGGCTAATCTTATTCTTGCGATTCTTTTATATGACTGGCATTGCTTGCCGGGAGAAAGTTCGATTTTCTTAAACTGCTCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCGTTCAGTGTTACAACTTTTGT‑TCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCGTAAATAAAAAATGGCTATGGG‑GTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTA‑AACAAAAAACACTcc < 2:1591122/289‑1 (MQ=255) aGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATAGCGAGCAGTGCTGGCCGGGTGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGT‑TCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGG‑GTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTG‑AACAAAAAACACTCCACATTtata > 2:218507/1‑289 (MQ=255) aGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATAGCGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGT‑TCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGG‑GTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCt < 2:1539290/264‑1 (MQ=255) tataGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATAGCGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGT‑TCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGG‑GTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTG‑AACAAAAAACACTCCACATTTATaa < 1:368224/287‑1 (MQ=255) taGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATAGCGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGT‑TCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGG‑GTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTG‑AACAAAAAACACTCCACATTTATAACTgg < 2:1373297/289‑1 (MQ=255) 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cTACAGTTCTTCTGGGGATGCTTTTATATAGCTGGCAGTGCTGGCCGGGATAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCGTATCAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGT‑TCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGG‑GTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTG‑AACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTGATTATATCGcc < 2:1015944/288‑1 (MQ=255) aTTCTTGCGATGCTTTTATATAGCGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGT‑TCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGG‑GTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTG‑AACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTGATTATATCGCCCCGGACACg < 1:1399699/289‑1 (MQ=255) taGCGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGT‑TCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGG‑GTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTG‑AACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTGATTATATCGCCCCGGACACGGTGGCCAATTTTGAAAAAGa < 1:461024/289‑1 (MQ=255) gCGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGT‑TCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGG‑GTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTG‑AACAAAAAACACTCCAAATTTATAACTGGTCTGATTATATCGCCCCGGACACGGTGGCCAATTTTGAAAAAGaa > 2:873730/1‑288 (MQ=255) cgcgCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGT‑TCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGG‑GTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTG‑AACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTGATTATATCGCCCCGGACACGGTGGCCAATTTTGAAAAAGaaa > 1:1561779/4‑288 (MQ=255) cGAGCAGTGCTGGCCGGGAGAAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGT‑TCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGG‑GTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGc > 1:150262/1‑200 (MQ=255) 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gagaAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGT‑TCGTTTGTTAAAGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGG‑GTCTGGTTGCGGGTGCTATGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTG‑AACAAAAAACACTCAACCTTTATAACTGGTCTGATTATAACGCCCGCGCCACGGTGGCTAAGTTTGAAAACGAAACCGGTATTAAAGTCGTCt > 2:1758457/1‑289 (MQ=255) agaAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGT‑TCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGG‑GTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTG‑AACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTGa > 2:1090428/1‑229 (MQ=255) agaAAGTTCTCTTTTCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGT‑TCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGG‑GTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTG‑AACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTGa < 1:1090428/229‑1 (MQ=255) tttCTTACACCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGT‑TCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGG‑GTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTG‑AACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTGATTATATCGCCCCGGACACGGTGGCCAATTTTGAAAAAGAAACCGGTATTAAAGTCGTCTACGATGTTTTCGa < 1:1802808/289‑1 (MQ=255) acacCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGT‑TCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGG‑GTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTG‑AACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTGATTATATCGCCCCGGACACGGTGGCCAATTTTGAAAAAGAAACCGGTATTAAAGTCGTCTACGATGTTTTCGACTCTaa < 1:672174/289‑1 (MQ=255) acCGCGCCGATAAAAAATATGCACGTTTATTGCATATCTTTCAGTGTGACAACTTTTGT‑TCGTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGG‑GTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTG‑AACAAAAAACACTCCACATTTCTAACTGGTCTGATTATATCGCCCCGGACACGGTGGCCAATTTTGAAAAAGAAACCGATATTAAAGTCGTCTACGATGTTTTCGACTCTAACg > 2:367354/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |