Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 759,463 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 759,463 | 0 | A | T | 99.2% | 576.4 / NA | 247 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (120/124); minor base C (2/0); total (123/124) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.45e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 759,464 | 0 | G | C | 99.6% | 583.6 / NA | 247 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (123/122); minor base T (0/1); total (123/124) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 759,465 | 0 | C | G | 99.6% | 582.0 / NA | 247 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (123/123); minor base T (0/1); total (123/124) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 247 total aligned reads displayed.
AATAAGCCTGGCGGAGATGGCGCGCGCTATTCCACCTTATACCGAACTGATGGAGTGGGCTGACGGGCAACTGTCCATCACTCTTAATCTCGGTAATTTTCTGCAACTGACCGACGATCCGCTCTATTTCGATGCTTATCTCCAGAGCCTACAGGTGGCTGCGATTAGCACATTTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTGGCGTGGGCGGTGGCGCACAGTAAGCCTAGCACCCGTAATATTTTATTACTACTGGTGATCCTGCCGAGCTGGACCAGCTTTCTGATCCGCGTTTATGCCTGGATGGGAATATTAAAAAACAACGGTGTGCTGAATAATTTTCTGCTGTGGCTGGGGGTTATCGATCAACCGCTGACCATTCTGCATACCAATCTGGCCGTTTATATCGGCATTGTTTACGCTTACGTGCCGTTTATGGTACTGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGATTATAGCCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTG > CP042583/759186‑759735 ||| gCCTGGCGGAGATGGCGCGCGCTATTCCACCTTATACCGAACTGATGGAGTGGGCTGACGGGCAACTGTCCATCACTCTTAATCTCGGTAATTTTCTGCAACTGACCGACGATCCGCTCTATTTCGATGCTTATCTCCAGTCGCTACAGGTGGCTGCGATTTCGACATTTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTGGCGTGGGCGGTGGCGCACAGTAAGCCTTCGACCCGTAATATTTTATTACTACTGGTGATCCTGCCGTCGTGGACCTCGTTTCTGATCCGCGt > 1:1124168/1‑289 (MQ=255) gCCTGGCGGAGATGGCGCGCGCTATTCCACCTTATACCGAACTGATGGAGTGGGCTGACGGGCAACTGTCCATCACTCTTAATCTCGGTAATTTTCTGCAACTGACCGACGATCCGCTCTATTTCGATGCTTATCTCCAGTCGCTACAGGTGGCTGCGATTTCGACATTTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTGGCGTGGGCGGTGGCGCACAGTAAGCCTTCGACCCGTAATATTTTATTACTACTGGTGATCCTGCCGTCGTGGACCTCGTTTCTGATCCGCGt > 1:991495/1‑289 (MQ=255) cTGGCGGAGATGGCGCGCGCTATTCCACCTTATACCGAACTGATGGAGTGGGCTGACGGGCAACTGTCCATCACTCTTAATCTCGGTAATTTTCTGCAACTGACCGACGATCCGCTCTATTTCGATGCTTATCTCCAGTCGCTACAGGTGGCTGCGATTTCGACATTTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTGGCGTGGGCGGTGGCGCACAGTAAGCCTTCGACCCGTAATATTTTATTACTACTGGTGATCCTGCCGTCGTGGACCTCGTTTCTGATCCGCGtt < 1:1838888/288‑1 (MQ=255) ggAGATGGCGCGCGCTATTCCACCTTATACCGAACTGATGGAGTGGGCTGACGGGCAACTGTCCATCACTCTTAATCTCGGTAATTTTCTGCAACTGACCGACGATCCGCTCTATTTCGATGCTTATCTCCAGTCGCTACAGGTGGCTGCGATTTCGACATTTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTGGCGTGGGCGGTGGCGCACAGTAAGCCTTCGACCCGTAATATTTTATTACTACTGGTGATCCTGCCGTCGTGGACCTCGTTTCTGATCCGCGTTTATGcc < 1:563069/289‑1 (MQ=255) 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taCCGAACTGATGGAGTGGGCTGACGGGCAACTGTCCATCACTCTTAATCTCGGTAATTTTCTGCAACTGACCGACGATCCGCTCTATTTCGATGCTTATCTCCAGTCGCTACAGGTGGCTGCGATTTCGACATTTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTGGCGTGGGCGGTGGCGCACAGTAAGCCTTCGACCCGTAATATTTTATTACTACTGGTGATCCTGCCGTCGTGGACCTCGTTTCTGATCCGCGTTTATGCCTGGATGGGAATATTAAAAAACAACGgt > 2:562842/1‑289 (MQ=255) taCCGAACTGATGGAGTGGGCTGACGGGCAACTGTCCATCACTCTTAATCTCGGTAATTTTCTGCAACTGACCGACGATCCGCTCTATTTCGATGCTTATCTCCAGTCGCTACAGGTGGCTGCGATTTCGACATTTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTGGCGTGGGCGGTGGCGCACAGTAAGCCTTCGACCCGTAATATTTTATTACTACTGGTGATCCTGCCGTCGTGGACCTCGTTTCTGATCCGCGTTTATGCCTGGATGGGAATATTAAAAAACAACGgt > 1:736957/1‑289 (MQ=255) taCCGAACTGATGGAGTGGGCTGACGGGCAACTGTCCATCACTCTTAATCTCGGTAATTTTCTGCAACTGACCGACGATCCGCTCTATTTCGATGCTTATCTCCAGTCGCTACAGGTGGCTGCGATTTCGACATTTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTGGCGTGGGCGGTGGCGCACAGTAAGCCTTCGACCCGTAATATTTTATTACTACTGGTGATCCTGCCGTCGTGGACCTCGTTTCTGATCCGCGTTTATGCCTGGATGGGAATATTAAAAAACAACGgt > 1:1365981/1‑289 (MQ=255) aCCGAACTGATGGAGTGGGCTGACGGGCAACTGTCCATCACTCTTAATCTCGGTAATTTTCTGCAACTGACCGACGATCCGCTCTATTTCGATGCTTATCTCCAGTCGCTACAGGTGGCTGCGATTTCGACATTTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTGGCGTGGGCGGTGGCGCACAGTAAGCCTTCGACCCGTAATATTTTATTACTACTGGTGATCCTGCCGTCGTGGACCTCGTTTCTGATCCGCGTTTATGCCTGGATGGGAATATTAAAAAACAACGgtg > 1:1910646/1‑289 (MQ=255) cGAACTGATGGAGTGGGCTGACGGGCAACTGTCCATCACTCTTAATCTCGGTAATTTTCTGCAACTGACCGACGATCCGCTCTATTTCGATGCTTATCTCCAGTCGCTACAGGTGGCTGCGATTTCGACATTTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTGGCGTGGGCGGTGGCGCACAGTAAGCCTTCGACCCGTAATATTTTATTACTACTGGTGATCCTGCCGTCGTGGACCTCGTTTCTGATCCGCGTTTATGCCTGGATGGGAATATTa > 1:694433/1‑274 (MQ=255) aaCTGATGGAGTGGGCTGACGGGCAACTGTCCATCACTCTTAATCTCGGTAATTTTCTGCAACTGACCGACGATCCGCTCTATTTCGATGCTTATCTCCAGTCGCTACAGGTGGCTGCGATTTCGACATTTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTGGCGTGGGCGGTGGCGCACAGTAAGCCTTCGACCCGTAATATTTTATTACTACTGGTGATCCTGCCGTCGTGGACCTCGTTTCTGATCCGCGTTTATGCCTGGATGGGAATATTaaa < 1:468471/274‑1 (MQ=255) 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cTGACGGGCAACTGTCCATCACTCTTAATCCCGGTAATTTTCTGCAACTGACCGACGATCCGCTCTATTTCGATGCTTATCTCCAGTCGCTACAGGTGGCTGCGATTTCGACATTTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTGGCGTGGGCGGTGGCGCCCAGTAAGCCTTCGACCCGTAATATTTTATTACTACTGGTGATCCTGCCGTCGTGGACCTCGTTTATGATCCGCGTTTATGCCTTGCTGGTAATATTACAATACAACGGTGTGCTGAATAATTTTctgcg > 2:356829/1‑288 (MQ=255) gCAACTGTCCATCACTCTTAATCTCGGTAATTTTCTGCAACTGACCGACGATCCGCTCTATTTCGATGCTTATCTCCAGTCGCTACAGGTGGCTGCGATTTCGACATTTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTGGCGTGGGCGGTGGCGCACAGTAAGCCTTCGACCCGTAATATTTTATTACTACTGGTGATCCTGCCGTCGTGGACCTCGTTTCTGATCCGCGTTTATGCCTGGATGGGAATATTAAAAAACAACGGTGTGCTGAATAATTTTCTGCTGTGGCt < 1:889831/288‑1 (MQ=255) aaCTGTCCATCACTCTTAATCTCGGTAATTTTCTGCAACTGACCGACGATCCGCTCTATTTCGATGCTTATCTCCAGTCGCTACAGGTGGCTGCGATTTCGACATTTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTGGCGTGGGCGGTGGCGCACAGTAAGCCTTCGACCCGTAATATTTTATTACTACTGGTGATCCTGCCGTCGTGGACCTCGTTTCTGTTCCGCGTTTATGCCTGGATGGGAATATTAAAAAACAACGGTGTGCTGAATAATTTTCTGCTGTGGCTggg > 2:713622/1‑289 (MQ=255) 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gTGATCCTGCCGTCGTGGACCTCGTTTCTGATCCGCGTTTATGCCTGGATGGGAATATTAAAAAACAACGGTGTGCTGAATAATTTTCTGCTGTGGCTGGGGGTTATCGATCAACCGCTGACCATTCTGCATACCAATCTGGCCGTTTATATCGGCATTGTTTACGCTTACGTGCCGTTTATGGTACTGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGATTATTCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAAc > 1:638904/1‑269 (MQ=255) ccTGCCGTCGTGGACCTCGTTTCTGATCCGCGTTTATGCCTGGATGGGAATATTAAAAAACAACGGTGTGCTGAATAATTTTCTGCTGTGGCTGGGGGTTATCGATCAACCGCTGACCATTCTGCATACCAATCTGGCCGTTTATATCGGCATTGTTTACGCTTACGTGCCGTTTATGGTACTGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGATtattcgctggt > 2:1333096/1‑217 (MQ=255) ccTGCCGTCGTGGACCTCGTTTCTGATCCGCGTTTATGCCTGGATGGGAATATTAAAAAACAACGGTGTGCTGAATAATTTTCTGCTGTGGCTGGGGGTTATCGATCAACCGCTGACCATTCTGCATACCAATCTGGCCGTTTATATCGGCATTGTTTACGCTTACGTGCCGTTTATGGTACTGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGATTATTCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTg > 2:1423451/1‑289 (MQ=255) ||| AATAAGCCTGGCGGAGATGGCGCGCGCTATTCCACCTTATACCGAACTGATGGAGTGGGCTGACGGGCAACTGTCCATCACTCTTAATCTCGGTAATTTTCTGCAACTGACCGACGATCCGCTCTATTTCGATGCTTATCTCCAGAGCCTACAGGTGGCTGCGATTAGCACATTTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTGGCGTGGGCGGTGGCGCACAGTAAGCCTAGCACCCGTAATATTTTATTACTACTGGTGATCCTGCCGAGCTGGACCAGCTTTCTGATCCGCGTTTATGCCTGGATGGGAATATTAAAAAACAACGGTGTGCTGAATAATTTTCTGCTGTGGCTGGGGGTTATCGATCAACCGCTGACCATTCTGCATACCAATCTGGCCGTTTATATCGGCATTGTTTACGCTTACGTGCCGTTTATGGTACTGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGATTATAGCCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTG > CP042583/759186‑759735 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |