| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 761,688 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 761,688 | 0 | A | T | 98.1% | 601.9 / NA | 265 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); major base T (131/126); minor base C (5/0); total (137/128) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.10e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 761,689 | 0 | G | C | 100.0% | 619.5 / NA | 265 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (137/128); total (137/128) | |||||||||||
| * | CP042583 | 761,690 | 0 | T | A | 99.2% | 612.3 / ‑5.7 | 265 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); major base A (134/127); minor base C (1/1); total (137/128) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 265 total aligned reads displayed.
TGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGAGTGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTGCCCGCTTTATCCTGCCAGTTTTGCGCCCGTTTTTGCG‑‑GCGCTAAAACCGTTTATCGCCCGAGCGGGGTTAACGCCCTACAA‑CGTGGCGCGTAAGCGTGGCGAACTGAAATACATTCTGCTGACTGAAAGCCAGAGTGATGGAGGCATGATGCTGCGCTTTGTACTGCGTTCTGATACCAAGCTGGCGCAACTGCGTAAGGCGCTGCCGTGGTTACACGAACAACTACCGCAGCTGAAAGTTATTACCGTCAATATTCAGCCGGTACATATGGCGATTATGGAAGGGGAGACGGAGAT > CP042583/761409‑761968 ||| tGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTGCCCGCTTTATCCTGCCTCATTTgcg > 1:1517289/1‑288 (MQ=255) 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tCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTGCCCGCTTTATCCTGCCTCATTTGCGCCCGTTTTTGCG‑‑GCGCTAAAACCGTTTATCGCCCGAGCgg < 1:1890548/289‑1 (MQ=255) ggTCAGTGGAGAATGCGCCCGATTCCTGACAAACTCTCCGCTGAAGCCGCCGATCTTTAAAATCAGCGCGACGACTTTCCGGTTGAGGAAGGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTGCCCGCTTTATCCTGCCGCATTTGCGCCCGTTTTTGCG‑‑GCGCTAAAACCGTTTATCGCCCGTGCGGGGt < 2:1005229/288‑1 (MQ=255) gTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTGCCCGCTTTATCCTGCCTCATTTGCGCCCGTTTTTGCG‑‑GCGCTAAAACCGTTTATCGCCCGAg > 1:1731772/1‑282 (MQ=255) 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tGCCCGCTTTATCCTGCCTCATTTGCGCCCGTTTTTGCG‑‑GCGCTAAAACCGTTTATCGCCCGAGCGGGGTTAACGCCCTACAA‑CGTGGCGCGTAAGCGTGGCGAACTGAAATACATT‑TGCTGACTGAAAGCCAGAGTGATGGAGGCATGATGCTGCGCTTTGTACTGCGTTCTGATACCAAGCTGGCGCAACTGCGTAAGGCGCTGCCGTGGTTACACGAACAACTACCGCAGCTGAAAGTTATTACCGTCAATATTCAGCCGGTACATATGGCGATTATGGAAGGGga > 2:1394105/1‑289 (MQ=255) gCCCGCTTTATCCTGCCTCATTTGCGCCCGTTTTTGCG‑‑GCGCTAAAACCGTTTATCGCCCGAGCGGGGTTAACGCCCTACAA‑CGTGGCGCGTAAGCGTGGCGAACTGAAATACATTCTGCTGACTGAAAGCCAGAGTGATGGAGGCATGATGCTGCGCTTTGTACTGCGTTCTGATACCAAGCTGGCGCAACTGCGTAAGGCGCTGCCGTGGTTACACGAACAACTACCGCAGCTGAAAGTTATTACCGTCAATATTCAGCCGGTACATATGGCGATTATGGAAGGGga > 2:353190/1‑289 (MQ=255) cGCTTTATCCTGCCTCATTTGCGCCCGTTTTTGCG‑‑GCGCTAAAACCGTTTATCGCCCGAGCGGGGTTAACGCCCTACAA‑CGTGGCGCGTAAGCGTGGCGAACTGAAATACATTCTGCTGACTGAAAGCCAGAGTGATGGAGGCATGATGCTGCGCTTTGTACTGCGTTCTGATACCAAGCTGGCGCAACTGCGTAAGGCGCTGCCGTGGTTACACGAACAACTACCGCAGCTGAAAGTTATTACCGTCAATATTCAGCCGGTACATATGGCGATTATGGAAGGGGAGAc < 1:1081471/289‑1 (MQ=255) ttgtCCTGTCACATTTGGGGCCGGTTTTGGG‑‑GAGGTAAAACCGTTTATCGCCCGTGGCGAGTTCACGCACTACAA‑CGTGGCGCGTAAGCGTGGCGAACTGAAATACATTGTGCTGACTGAAAGCCAGAGTGATGGAGGCATGATGCTGCGCTTTGTACTGCGTTCTGATACCAAGCTGGCGCAACTGCGTAAGGCGCTGCCGTGGTTACACGAACAACTACCGCAGCTGAAAGTTATTACCGTCAATATTCAGCCGGTACATATGGCGATTATGGAAGGGGAGACGgag < 2:1833093/286‑1 (MQ=255) aTCCTGCCTCATTTGCGCCCGTTTTTGCG‑‑GCGCTAAAACCGTTTATCGCCCGAGCGGGGTTAACGCCCTACAA‑CGTGGCGCGTAAGCGTGGCGAACTGAAATACATTCTGCTGACTGAAAGCCAGAGTGATGGAGGCATGATGCTGCGCTTTGTACTGCGTTCTGATACCAAGCTGGCGCAACTGCGTAAGGCGCTGCCGTGGTTACACGAACAACTACCGCAGCTGAAAGTTATTACCGTCAATATTCAGCCGGTACATATGGCGATTATGGAAGGGGAGACGgaga > 2:1055530/1‑288 (MQ=255) ||| TGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGAGTGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTGCCCGCTTTATCCTGCCAGTTTTGCGCCCGTTTTTGCG‑‑GCGCTAAAACCGTTTATCGCCCGAGCGGGGTTAACGCCCTACAA‑CGTGGCGCGTAAGCGTGGCGAACTGAAATACATTCTGCTGACTGAAAGCCAGAGTGATGGAGGCATGATGCTGCGCTTTGTACTGCGTTCTGATACCAAGCTGGCGCAACTGCGTAAGGCGCTGCCGTGGTTACACGAACAACTACCGCAGCTGAAAGTTATTACCGTCAATATTCAGCCGGTACATATGGCGATTATGGAAGGGGAGACGGAGAT > CP042583/761409‑761968 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |