| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 767,035 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 767,035 | 0 | G | C | 99.2% | 572.0 / NA | 250 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base C (133/115); total (133/117) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.18e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 767,036 | 0 | C | G | 99.6% | 582.8 / ‑5.9 | 250 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (133/116); minor base A (0/1); total (133/117) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.68e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.85e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 767,037 | 0 | T | A | 98.8% | 571.5 / ‑6.9 | 250 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/3); new base A (133/112); total (133/117) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.83e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 250 total aligned reads displayed.
CGGGGGCGGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGACAATTTACGGGGTTTATTGGTTGATCAAGGCGTTAGCGATTCTCGATGGACTGACGGAGCGTACCCGCCGTGGCATGAACGCTACCGCCTAAGTAACGCACATCGTCGATGACCCAACACTGGCCTTCCTGAATCATTAACACTTCATCCTGCCAACCCTGGTCACCCTGTTTGAGATCCACGCGCAATGGAATGTTACGGGCATCACGATTAGGGATAGTGCTTGCACTGGCAACGTGGGCGCTATCTGGCAAGGTGGTTCGACTGGAGAATGGATCGTTGGTCAGTAGTTCCCGATGGTTATTATCCCGGGAGGCATCGCTAAGCAGTGTCGCCAGTTTGTCGCTCAGATAAGGGCGCAAGGCGGTGATGTCGTTGCTGCGGTGCAAAATGCGGTAGTCATAAAATTGCTGGGCCACGTTATCCGGGCCTCCTTCAACGCAAGGACCACTGCGTGTGCCGTTATCTTTATAAGCTGGAGTGACTGTGGTGCAGGCACTGA > CP042583/766761‑767315 ||| cGGGGGCGGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGACAATTTACGGGGTTTATTGGTTGATCAAGGCGTTAGCGATTCTCGATGGACTGACGGAGCGTACCCGCCGTGGCATGAACGCTACCGCCTAAGTAACGCACATCGTCGATGACCCAACACTGGCCTTCCTGAATCATTAACACTTCATCCTGCCAACCCTGGTCACCCTGTTTGAGATCCACGCGCAATGGAATGTTACGGGCATCACGATTAGGGATAGTCGATGCACTGGCAAc < 1:10073/289‑1 (MQ=255) gggggCGTGGGGCGGGGGGCATAAAGGCGGGCATTCCTCACGAAATGACTGACATTTTCGGGGGTTAATTGGTTGATCAAGTCTGTAGGGCTTTCCGATGGACTGACGGAGCGTACCCGCCGTGGCATGAACGCTACCGCCTAAGTAACGCACATCGTCGATGACCCAACACTGGCCTTCCTGAATCATTAACACTTCATCCTGCCAACCCTGGTCACCCTGTTTGAGATCCACGCGCAATGGAATGTTACGGGCATCACGATTAGGGATAGTCGATGCACTGGCAAc < 2:1281916/288‑1 (MQ=255) gtggtCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGACAATTTACGGGGTTTATTGGTTGATCAAGGCGTTAGCGATTCTCGATGGACTGACGGAGCGTACCCGCCGTGGCATGAACGCTACCGCCTAAGTAACGCACATCGTCGATGACCCAACACTGGCCTTCCTGAATCATTAACACTTCATCCTGCCAACCCTGGTCACCCTGTTTGAGATCCACGCGCAATGGAATGTTACGGGCATCACGATTAGGGATAGTCGATGCACTGGCAACGTGGgcg < 1:1832232/288‑1 (MQ=255) tCGGCGAGAATAAAGGTCGGCATTCCCCACGAAATGCCGGACAATTTACGGGGTTTATTGGTTGCTCACGGCGTTAGCGATTCTCGATGGCCTGCGGGAGCGTACCCGCCGTGGCATGAACGCTACCGCCTAAGTAACGCACATCGTCGATGACCCAATACTGGCCTTCCTGAATCATTAACACTTCATCCTGCCAACCCTGGTCACCCTGTTTGAGATCCACGCGCAATGGAATGTTACGGGCATCACGATTAGGGATAGTCGATGCACTGGCAACGTGGGCGCTAt < 2:1486308/288‑1 (MQ=255) gCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGACAATTTACGGGGTTTATTGGTTGATCAAGGCGTTAGCGATTCTCGATGGACTGACGGAGCGTACCCGCCGTGGCATGAACGCTACCGCCTAAGTAACGCACATCGTCGATGACCCAACACTGGCCTTCCTGAATCATTAACACTTCATCCTGCCAACCCTGGTCACCCTGTTTGAGATCCACGCGCAATGGAATGTTACGGGCATCACGATTAGGGATAGTCGATGCACTGGCAACGTGGGCGCTATCTGGCaa < 2:564402/288‑1 (MQ=255) tAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGACAATTTACGGGGTTTATTGGTTGATCAAGGCGTTAGCGATTCTCGATGGACTGACGGAGCGTACCCGCCGTGGCATGAACGCTACCGCCTAAGTAACGCACATCGTCGATGACCCAACACTGGCCTTCATGAATCATTAACACTTCATCCTGCCAACCCTGGTCACCCTGCTTGGGATCCACGCGCAATGGAATGTTACGGGCATCACGCTTAGGGATAGTCGATGCCCTGGCAACGTGGGCGCTAACTGGCAAggtg > 2:42194/1‑289 (MQ=255) ggCATTCCTCACGAAATGCCGGACAATTTACGGGGTTTATTGGTTGATCAAGGCGTTAGCGATTCTCGATGGACTGACGGAGCGTACCCGCCGTGGCATGAACGCTACCGCCTAAGTAACGCACATCGTCGATGACCCAACACTGGCCTTCCTGAATCATTAACACTTCATCCTGCCAACCCTGGTCACCCTGTTTGAGATCCACGCGCAATGGAATGTTACGGGCATCACGATTAGGGATAGTCGATGCACTGGCAACGTGGGCGCTATCTGGCAAGGTGGTTCg > 1:150255/1‑286 (MQ=255) cGAAATGCCGTACAATTTACGGGTTTTTTTGGTTGATCAAGGCGTTAGCGATTCTCGATGGACTGACGGAGCGTACCCGCCGTGGCATGAACGCTACCGCCTAAGTAACGCACATCGTCGATGACCCAACACTGGCCTTCATGAATCATTAACACTTCATCCTGCCAACCCTGGTCACCCTGTTTGGGATCCACGCGCAATGGAATGTTACGGGCATCACGATTAGGGATAGTCGATGCACTGGCAACGTGGGCGCTATCTGGCAAGGTGGTTCGACTGGAGAATGGAt < 1:42194/289‑1 (MQ=255) aaaTGCCGGAAAATTTACGGGGTTTATTGGTTGATCAAGGCGTGAGCAATGCTCGATGGACTGACGGAGCGTACACGCCGTGGCATGAACGCTACCGCCTAAGTAACGCACATCGTCGATGACCCAACACTGGCCTTCCTGAATCATTAACACTTCATCCTGCCAACCCTGGTCACCCTGTTTGAGATCCACGCGCAATGGAATGTTACGGGCATCACGATTAGGGATAGTCGATGCACTGGCAACGTGGGCGCTATCTGGCAAGGTGGTTCGACTGGAGAATGGATCg < 2:127899/289‑1 (MQ=255) aaggCCGGACAATTTACGGGGTTTATTGGTTGATCAAGGCGTTAGCGATTCTCGATGGACTGACGGAGCGTACCCGCCGTGGCATGAACGCTACCGCCTAAGTAACGCACATCGTCGATGACCCAACACTGGCCTTCCTGAATCATTAACACTTCATCCTGCCAACCCTGGTCACCCTGTTTGAGATCCACGCGCAATGGAATGTTACGGGCATCACGATTAGGGATAGTCGATGCACTGGCAACGTGGGCGCTATCTGGCAAGGTGGTTCGACTGGAGAATGGATCg < 1:1296592/285‑1 (MQ=255) 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ttAGGGATAGTCGATGCACTGGCAACGTGGGCGCTATCTGGCAAGGTGGTTCGACTGGAGAATGGATCGTTGGTCAGTAGTTCCCGATGGTTATTATCCCGGGAGGCATCGCTAAGCAGTGTCGCCAGTTTGTCGCTCAGATAAGGGCGCAAGGCGGTGATGTCGTTGCTGCGGTGCAAAATGCGGTAGTCATAAAATTGCTGGGCCACGTTATCCGGGCCTCCTTCAACGCAAGGACCACTGCGTGTGCCGTTATCTTTATAAGCTGGAGTGACTGTGGTGCAGGCa < 1:1070389/288‑1 (MQ=255) ttAGGGATAGTCGATGCACTGGCAACGTGGGCGCTATCTGGCAAGGTGGTTCGACTGGAGAATGGATCGTTGGTCAGTAGTTCCCGATGGTTATTATCCCGGGAGGCATCGCTAAGCAGTGTCGCCAGTTTGTCGCTCAGATAAGGGCGCAAG‑‑GGTGATGTCGTTGCTGCGGTGCAAAATGCGGTAGTCATAAAATTGCTGGGCCACGTTATCCGGGCCTCCTTCAACGCAAGGACCACTGCGTGTGCCGTTATCTTTATAAGCTGGAGTGACTGTGGTGCAGGCACTg < 2:381766/289‑1 (MQ=255) tAGGGATAGTCGATGCACTGGCAACGTGGGCGCTATCTGGCAAGGTGGTTCGACTGGAGAATGGATCGTTGGTCAGTAGTTCCCGATGGTTATTATCCCGGGAGGCATCGCTAAGCAGTGTCGCCAGTTTGTCGCTCAGATAAGGGCGCAAGGCGGTGATGTCGTTGCTGCGGTGCAAAATGCGGTAGTCATAAAATTGCTGGGCCACGTTATCCGGGCCTCCTTCAACGCAAGGACCACTGCGTGTGCCGTTATCTTTATAAGCTGGAGTGACTGTGGTGCAGGc > 1:658052/1‑286 (MQ=255) ||| CGGGGGCGGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGACAATTTACGGGGTTTATTGGTTGATCAAGGCGTTAGCGATTCTCGATGGACTGACGGAGCGTACCCGCCGTGGCATGAACGCTACCGCCTAAGTAACGCACATCGTCGATGACCCAACACTGGCCTTCCTGAATCATTAACACTTCATCCTGCCAACCCTGGTCACCCTGTTTGAGATCCACGCGCAATGGAATGTTACGGGCATCACGATTAGGGATAGTGCTTGCACTGGCAACGTGGGCGCTATCTGGCAAGGTGGTTCGACTGGAGAATGGATCGTTGGTCAGTAGTTCCCGATGGTTATTATCCCGGGAGGCATCGCTAAGCAGTGTCGCCAGTTTGTCGCTCAGATAAGGGCGCAAGGCGGTGATGTCGTTGCTGCGGTGCAAAATGCGGTAGTCATAAAATTGCTGGGCCACGTTATCCGGGCCTCCTTCAACGCAAGGACCACTGCGTGTGCCGTTATCTTTATAAGCTGGAGTGACTGTGGTGCAGGCACTGA > CP042583/766761‑767315 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |