Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 779,418 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 779,418 | 0 | A | T | 99.0% | 463.8 / NA | 196 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.07e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 779,419 | 0 | G | C | 100.0% | 463.3 / NA | 196 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (112/84); total (112/84) | |||||||||||
* | CP042583 | 779,420 | 0 | C | G | 100.0% | 460.3 / NA | 196 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (112/84); total (112/84) |
Only 100 of 196 total aligned reads displayed.
GCACGCAAAAGATTTAATCCTTTAGGCGTAATAAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTATCAGCAAGAGGGAGTATAACGCGATTATTCGCTCATTTTTCAGACATTTGCCATGCTTAAATGTGATGTCATCACGTATTAGCAAGGCCTTTCCCGTTATACTGCCAGCGTAAAGGATAAGTCACATATTTCTGGAGGGGATATGATTCTTGAGCGCGTTGAAATTGTGGGTTTTCGCGGT‑ATCAACCGTTTGAGCTTGATGCTGGAACAAAACAACGTCCTGATTGGGGAGAACGCGTGGGGTAAATCCAGCTTGCTGGACGCCTTAACTCTGCTGCTAAGCCCAGAAAGTGATCTCTACCATTTTGAGCGCGACGATTTCTGGTTCCCGCCGGGAGATATCAACGGGCGAGAACATCATCTGCATATTATTTTGACCTTCCGCGAAAGCCTGCCAGGCCGACATCGGGTTCGCCGTTATCGGCCGCTGGAAGCGTGCTGGACGCCATGCACCGATGGCTATCACCGTATTTT > CP042583/779141‑779698 ||| gCACGCAAAAGATTTAATCCTTTAGGCGTAATAAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTATCAGCAAGAGGGAGTATAACGCGATTATTCGCTCATTTTTCAGACATTTGCCATGCTTAAATGTGATGTCATCACGTATTAGCAAGGCCTTTCCCGTTATACTGCCAGCGTAAAGGATAAGTCACATATTTCTGGAGGGGATATGATTCTTGAGCGCGTTGAAATTGTGGGTTTTCGCGGT‑ATCAACCGTTTGTCGTTGATGc < 2:1180422/287‑1 (MQ=255) 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attattTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTATCAGCAAGAGGGAGTATAACGCGATTATTCGCTCATTTTTCAGACATTTGCCATGCTTAAATGTGATGTCATCACGTATTAGCAAGGCCTTTCCCGTTATACTGCCAGCGTAAAGGATAAGTCACATATTTCTGGAGGGGATATGATTCTTGAGCGCGTTGAAATTGTGGGTTTTCGCGGT‑ATCAACCGTTTGTCGTTGATGCTGGAACAAAACAACGTCCTGATTGGGGAGAACGCGTGGGGTAAATCCAGCtt > 2:1830213/1‑286 (MQ=255) attTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTATCAGCAAGAGGGAGTATAACGCGATTATTCGCTCATTTTTCAGACATTTGCCATGCTTAAATGTGATGTCATCACGTATTAGCAAGGCCTTTCCCGTTATACTGCCAGCGTAAAGGATAAGTCACATATTTCTGGAGGGGATATGATTCTTGAGCGCGTTGAAATTGTGGGTTTTCGCGGT‑ATCAACCGTTTGTCGTTGATGCTGGAACAAAACAACGTCCTGATTGGGGAGAACGCGTGGGGTAAATCCAGCTTGCTGGa < 1:672728/289‑1 (MQ=255) attTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTATCAGCAAGAGGGAGTATAACGCGATTATTCGCTCATTTTTCAGACATTTGCCATGCTTAAATGTGATGTCATCACGTATTAGCAAGGCCTTTCCCGTTATACTGCCAGCGTAAAGGATAAGTCACATATTTCTGGAGGGGATATGATTCTTGAGCGCGTTGAAATTGTGGGTTTTCGCGGT‑ATCAACCGTTTGTCGTTGATGCTGGAACAAAACAACGTCCTGATTGGGGAGAACGCGTGGGGTAAATCCAGCTTGCTGGa < 1:1755215/289‑1 (MQ=255) attTGATTTTGTTGTTTTTGCAGAATTATCAGCAAGAGGGAGTATAACGCGATTATTCGCTCATTTTTCAGACATTTGCCATGCTTAAATGGGATGTCATCACGTATTAGCAAGGCCTTTCCCGTTATACTGCCAGCGTAAAGGATAAGTCACATATTTCTGGAGGGGATATGATTCTTGAGCGCGTTGAAATTGTGGGTTTTCGCGGT‑ATCAACCGTTTGTCGTTGATGCTGGAACAAAACAACGTCCTGATTGGGGAGAACGCGTGGGGTAAATCCAGCTTGCTGGa < 2:1706587/289‑1 (MQ=255) tgttgtTTTTGCAGACTTATCAGCAAGAGGGAGTATAACGCGATTATTCGCTCATTTTTCAGACATTTGCCATGCTTAAATGTGATGTCATCACGTATTAGCAAGGCCTTTCCCGTTATACTGCCAGCGTAAAGGATAAGTCACATATTTCTGGAGGGGATATGATTCTTGAGCGCGTTGAAATTGTGGGTTTTCGCGGT‑ATCAACCGTTTGTCGTTGATGCTGGAACAAAACAACGTCCTGATTGGGGAGAACGCGTGGGGTAAATCCAGCTTGCTGGACGCCTTa > 1:930197/1‑287 (MQ=255) ttttGCAGACTTATCAGCAAGAGGGAGTATAACGCGATTATTCGCTCATTTTTCAGACATTTGCCATGCTTAAATGTGATGTCATCACGTATTAGCAAGGCCTTTCCCGTTATACTGCCAGCGTAAAGGATAAGTCACATATTTCTGGAGGGGATATGATTCTTGAGCGCGTTGAAATTGTGGGTTTTCGCGGT‑ATCAACCGTTTGTCGTTGATGCTGGAACAAAACAACGTCCTGATTGGGGAGAACGCGTGGGGTAAATCCAGCTTGCTGGACGCCTTAActct > 1:1728088/1‑286 (MQ=255) 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gagGGAGTATAACGCGATTATTCGCTCATTTTTCAGACATTTGCCATGCTTAAATGTGATGTCATCACGTATTAGCAAGGCCTTTCCCGTTATACTGCCAGCGTAAAGGATAAGTCACATATTTCTGGAGGGGATATGATTCTTGAGCGCGTTGAAATTGTGGGTTTTCGCGGT‑ATCAACCGTTTGTCGTTGATGCTGGAACAAAACAACGTCCTGATTGGGGAGAACGCGTGGGGTAAATCCAGCTTGCTGGACGCCTTAACTCTGCTGCTATCGCCAGaatcagat > 1:350388/1‑282 (MQ=255) gagGGAGTATAACGCGATTATTCGCTCATTTTTCAGACATTTGCCATGCTTAAATGTGATGTCATCACGTATTAGCAAGGCCTTTCCCGTTATACTGCCAGCGTAAAGGATAAGTCACATATTTCTGGAGGGGATATGATTCTTGAGCGCGTTGAAATTGTGGGTTTTCGCGGT‑ATCAACCGTTTGTCGTTGATGCTGGAACAAAACAACGTCCTGATTGGGGAGAACGCGTGGGGTAAATCCAGCTTGCTGGACGCCTTAACTCTGCTGCTATCGCCAGaatcagat > 2:1579872/1‑282 (MQ=255) tataACGCGATTATTCGCTCATTTTTCAGACATTTGCCATGCTTAAATGTGATGTCATCACGTATTAGCAAGGCCTTTCCCGTTATACTGCCAGCGTAAAGGATAAGTCACATATTTCTGGAGGGGATATGATTCTTGAGCGCGTTGAAATTGTGGGTTTTCGCGGT‑ATCAACCGTTTGTCGTTGATGCTGGAACAAAACAACGTCCTGATTGGGGAGAACGCGTGGGGTAAATCCAGCTTGCTg > 1:299833/1‑245 (MQ=255) 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gtgGGTTTTCGCGGT‑ATCAACCGTTTGTCGTTGATGCTGGAACAAAACAACGTCCTGATTGGGGAGAACGCGTGGGGTAAATCCAGCTTGCTGGACGCCTTAACTCTGCTGCTATCGCCAGAATCAGATCTCTACCATTTTGAGCGCGACGATTTCTGGTTCCCGCCGGGAGATATCAACGGGCGAGAACATCATCTGCATATTATTTTGACCTTCCGCGAATCGCTGCCAGGCCGACATCGGGTTCGCCGTTATCGGCCGCTGGAAGCGTGCTGGACGCCATGCACCg < 1:1579872/289‑1 (MQ=255) ttCGCGGT‑ATCAACCGTTTGTCGTTGATGCTGGAACAAAACAACGTCCTGTTTGGGGAGAACGCGTGGGGTAAATCCAGCTTGCTGGACGCCTTAACTCTGCTGCTATCGCCAGAATCAGATCTCTACCATTTTGAGCGCGACGATTTCTGGTTCCCGCCGGGAGATATCAACGGGCGAGAACATCATCTGCATATTATTTTGACCTTCCGCGAATCGCTGCCAGGCCGACATCGGGTTCGCCGTTATCGGCCGCGGGAAGCGTGCTGGACGCGATGccccacgggcta > 2:396091/1‑281 (MQ=255) cgGT‑ATCAACCGTTTGTCGTTGATGCTGGAACAAAACAACGTCCTGATTGGGGAGAACGCGTGGGGTAAATCCAGCTTGCTGGACGCCTTAACTCTGCTGCTATCGCCAGAATCAGATCTCTACCATTTTGAGCGCGACGATTTCTGGTTCCCGCCGGGAGATATCAACGGGCGAGAACATCATCTGCATATTATTTTGACCTTCCGCGAATCGCTGCCAGGCCGACa < 1:1514690/228‑1 (MQ=255) ||| GCACGCAAAAGATTTAATCCTTTAGGCGTAATAAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTATCAGCAAGAGGGAGTATAACGCGATTATTCGCTCATTTTTCAGACATTTGCCATGCTTAAATGTGATGTCATCACGTATTAGCAAGGCCTTTCCCGTTATACTGCCAGCGTAAAGGATAAGTCACATATTTCTGGAGGGGATATGATTCTTGAGCGCGTTGAAATTGTGGGTTTTCGCGGT‑ATCAACCGTTTGAGCTTGATGCTGGAACAAAACAACGTCCTGATTGGGGAGAACGCGTGGGGTAAATCCAGCTTGCTGGACGCCTTAACTCTGCTGCTAAGCCCAGAAAGTGATCTCTACCATTTTGAGCGCGACGATTTCTGGTTCCCGCCGGGAGATATCAACGGGCGAGAACATCATCTGCATATTATTTTGACCTTCCGCGAAAGCCTGCCAGGCCGACATCGGGTTCGCCGTTATCGGCCGCTGGAAGCGTGCTGGACGCCATGCACCGATGGCTATCACCGTATTTT > CP042583/779141‑779698 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |