Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 784,564 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 784,564 | 0 | A | T | 99.1% | 542.8 / NA | 233 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 784,565 | 0 | G | C | 99.1% | 526.9 / ‑4.7 | 233 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base C (117/112); minor base A (1/1); total (118/115) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 784,566 | 0 | C | G | 100.0% | 546.5 / NA | 233 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (118/115); total (118/115) |
Only 100 of 233 total aligned reads displayed.
CACACCTGCCGTCAGCCAAAACCTGCGCCTGCGTTATAACAATGTTGATGTTGCTGCCAGTGCCAATGGCGTGAGCGGCGATTATTTTAATGTCTATGGCATGACCTTCAGTGAAGGAAACACCTTTAATCAGGAGCAGCTGAACGGTCGTGCGCAGGTCGTGGTTCTCGACAGTAATACTCGCCGCCAGCTTTTCCCCCATAAAGCAGATGTGGTTGGCGAGGTGATTCTGGTCGGCAATATGCCCGCCAGAGTCATTGGTGTGGCGGAAGAAAAACAGAGCATGTTTGGTAGCAGTAAAGTGCTGCGTGTCTGGCTACCTTACAGCACGATGTCCGGGCGAGTTATGGGCCAGAGCTGGCTTAACTCCATTACTGTCAGGGTGAAAGAAGGATTTGACAGCGCCGAGGCGGAACAGCAACTCACGCGTTTACTTAGTCTGCGCCACGGAAAGAAGGATTTCTTTACCTGGAACATGGACGGCGTCTTGAAAACTGTTGAAAAGACCACACGTACTTTACAACTGTTTCTGACGCTGGTGGCGGTGATTAGCCTGGTGGTG > CP042583/784284‑784845 ||| cacaCCTGCCGTCTCGCAAAACCTGCGCCTGCGTTATAACAATGTTGATGTTGCTGCCAGTGCCAATGGCGTGAGCGGCGATTATTTTAATGTCTATGGCATGACCTTCAGTGAAGGAAACACCTTTAATCAGGAGCAGCTGAACGGTCGTGCGCAGGTCGTGGTTCTCGACAGTAATACTCGCCGCCAGCTTTTCCCCCATAAAGCAGATGTGGTTGGCGAGGTGATTCTGGTCGGCAATATGCCCGCCAGAGTCATTGGTGTGGCGGAAGAAAAACAGTCGATGttt < 1:1083358/289‑1 (MQ=255) 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CACACCTGCCGTCAGCCAAAACCTGCGCCTGCGTTATAACAATGTTGATGTTGCTGCCAGTGCCAATGGCGTGAGCGGCGATTATTTTAATGTCTATGGCATGACCTTCAGTGAAGGAAACACCTTTAATCAGGAGCAGCTGAACGGTCGTGCGCAGGTCGTGGTTCTCGACAGTAATACTCGCCGCCAGCTTTTCCCCCATAAAGCAGATGTGGTTGGCGAGGTGATTCTGGTCGGCAATATGCCCGCCAGAGTCATTGGTGTGGCGGAAGAAAAACAGAGCATGTTTGGTAGCAGTAAAGTGCTGCGTGTCTGGCTACCTTACAGCACGATGTCCGGGCGAGTTATGGGCCAGAGCTGGCTTAACTCCATTACTGTCAGGGTGAAAGAAGGATTTGACAGCGCCGAGGCGGAACAGCAACTCACGCGTTTACTTAGTCTGCGCCACGGAAAGAAGGATTTCTTTACCTGGAACATGGACGGCGTCTTGAAAACTGTTGAAAAGACCACACGTACTTTACAACTGTTTCTGACGCTGGTGGCGGTGATTAGCCTGGTGGTG > CP042583/784284‑784845 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |