Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 787,682 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 787,682 | 0 | A | T | 99.3% | 669.9 / NA | 283 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/0); new base T (131/149); total (133/150) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.22e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 787,683 | 0 | G | C | 98.9% | 648.2 / NA | 283 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/2); new base C (132/148); total (133/150) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 787,684 | 0 | C | G | 99.7% | 661.6 / NA | 283 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (132/149); minor base T (0/1); total (133/150) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 283 total aligned reads displayed.
CAAACGCAAGAAAACCGTTAATGTGGCGGATATTGAGTCCGTGGTGGCCCGTATTGCACGCATTCCAGAGAAGAGTGTTTCTCAGAGTGATCGTGATACCCTGAAAAACCTCGGCGATCGCTTGAAAATGCTGGTCTTCGGTCAGGATAAAGCCATTGAGGCGCTGACTGAAGCCATTAAGATGGCGCGTGCAGGTTTAGGTCACGAACATAAACCGGTTGGTAGCTTCCTGTTTGCCGGCCCTACCGGGGTCGGGAAAACAGAGGTGACGGTACAGCTTAGCAAAGCTTTGGGCATTGAGCTTCTGCGCTTTGATATGTCCGAGTATATGGAACGCCATACCGTCAGCCGTCTTATTGGTGCGCCTCCGGGATACGTTGGTTTTGATCAGGGCGGTTTGCTGACTGATGCGGTCATCAAGCATCCACATGCGGTGCTGCTGCTGGACGAAATCGAGAAAGCGCACCCGGACGTGTTCAATATTCTGTTGCAGGTGATGGATAACGGTACGCTGACCGATAACAACGGACGCAAAGCAGACTTCCGTAACGTGGTGCTG > CP042583/787402‑787960 ||| cAAACGCAAGAAAACCGTTAATGTGGCGGATATTGAGTCCGTGGTGGCCCGTATTGCACGCATTCCAGAGAAGAGTGTTTCTCAGAGTGATCGTGATACCCTGAAAAACCTCGGCGATCGCTTGAAAATGCTGGTCTTCGGTCAGGATAAAGCCATTGAGGCGCTGACTGAAGCCATTAAGATGGCGCGTGCAGGTTTAGGTCACGAACATAAACCGGTTGGTTCGTTCCTGTTTGCCGGCCCTACCGGGGTCGGGAAAACAGAGGTGACGGTACAGCTTTCGAAAGCt > 1:1235264/1‑289 (MQ=255) tAATGTGGTGGATATTGAGTCCGTGGTTGCACGTATTGCACGCATTCCAGAGAAGAGTGTTTCTCAGAGTGATCGTGATACCCTGAAAAACCTCGGCGATCGCTTGAAAAGGCTGGTCTTCGGTCAGGATAAAGCCATTGAGGCGCTGACTGAAGCCATTAAGATGGCGCGTGCAGGTTTAGGTCACGAACATAAACCGGTTGGTTCGTTCCTGTTTGCCGGCCCTACCGGGGTCGGGAAAACAGAGGTGACGGTACAGCTTTCGAAAGCTTTGGGCATTGAGCTTCTg < 2:360794/289‑1 (MQ=255) tgtgGCGGATATTGAGTCCGTGGTGGCCCGTATTGCACGCATTCCAGAGAAGAGTGTTTCTCAGAGTGATCGTGATACCCTGAAAAACCTCGGCGATCGCTTGAAAATGCTGGTCTTCGGTCAGGATAAAGCCATTGAGGCGCTGACTGAAGCCATTAAGATGGCGCGTGCAGGTTTAGGTCACGAACATAAACCGGTTGGTTCGTTCCTGTTTGCCGGCCCTACCGGGGTCGGGAAAACAGAGGTGACGGTACAGCTTTCGAAAGCTTTGGGCATTGAGCTTCTgcgc < 1:682991/289‑1 (MQ=255) gtgGCGGATATTGAGTCCGTGGTGGCCCGTATTGCACGCATTCCAGAGAAGAGTGTTTCTCAGAGTGATCGTGATACCCTGAAAAACCTCGGCGATCGCTTGAAAATGCTGGTCTTCGGTCAGGATAAAGCCATTGGGGCGCTGACTGAAGCCATTAAGATGGCGCGTGCAGGTTTAGGTCACGAACATAAACCGGTTGGTTCGTTCCTGTTTGCCGGGCCTACCGGGGTCGGGAAAACAGAGGTGACGGTACAGCTTTCGAAAGCTTTGGGCATTGAGCTTCTgcgc < 2:108834/288‑1 (MQ=255) ggCGGATATTGAGTCCGTGGTGGCCCGTATTGCACGCATTCCAGAGAAGAGTGTTTCTCAGAGTGATCGTGATACCCTGAAAAACCTCGGCGATCGCTTGAAAATGCTGGTCTTCGGTCAGGATAAAGCCATTGAGGCGCTGACTGAAGCCATTAAGATGGCGCGTGCAGGTTTAGGTCACGAACATAAACCGGTTGGTTCGTTCCTGTTTGCCGGCCCTACCGGGGTCGGGAAAACAGAGGTGACGGTACAGCTTTCGAAAGCTTTGGGCATTGAGCTTCTGCGCtt < 1:537820/288‑1 (MQ=255) ggATATTGAGTCCGTGGTGGCCCGTATTGCACGCATTCCAGAGAAGAGTGTTTCTCAGAGTGATCGTGATACCCTGAAAAACCTCGGCGATCGCTTGAAAATGCTGGTCTTCGGTCAGGATAAAGCCATTGAGGCGCTGACTGAAGCCATTAAGATGGCGCGTGCAGGTTTAGGTCACGAACATAAACCGGTTGGTTCGTTCCTGTTTGCCGGCCCTACCGGGGTCGGGAAAACAGAGGTGACGGTACAGCTTTCGAAAGCTTTGGGCATTGAGCTTCTGCGCTTTGat < 1:212032/289‑1 (MQ=255) atatTGAGTCCGTGGTGGCCCGTATTGCACGCATTCCAGAGAAGAGTGTTTCTCAGAGTGATCGTGATACCCTGAAAAACCTCGGCGATCGCTTGAAAATGCTGGTCTTCGGTCAGGATAAAGCCATTGAGGCGCTGACTGAAGCCATTAAGATGGCGCGTGCAGGTTTAGGTCACGAACATAAACCGGTTGGTTCGTTCCTGTTTGCCGGCCCTACCGGGGTCGGGAAAACAGAGGTGACGGTACAGCTTTCGAAAGCTTTGGGCATTGAGCTTCTGCGCTTTGata < 2:270291/288‑1 (MQ=255) 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cGTGGTGGCCCGTATTTCACGCATTCCAGAGAAGAGTGTTTCTCAGACTGATCGTGATACCCTCAAAAACCTCGGCGATCGCTTGAAAATGATGGTCTTCGGTCAGGATAAGGCCATTGAGGCGCTGACTGAAGCCATTAAGATGGCGCGTGCAGGTTTAGGTCACGAACATAAACCGGTTGGTTCGTTCCTGTTTGCCGGCCCTACGGGGGTCGGGAGAACAGAGGTGACGGTACAGCTTTCGCAACCGTTGGGCATTGCGCACCTGCGATTTGATATGTCCGTGtat > 2:686324/1‑289 (MQ=255) cGTGGTGGCCCGTATTGCACGCATTCCAGAGAAGAGTGTTTCTCAGAGTGATCGTGATACCCTGAAAAACCTCGGCGATCGCTTGAAAATGCTGGTCTTCGGTCAGGATAAAGCCATTGAGGCGCTGACTGAAGCCATTAAGATGGCGCGTGCAGGTTTAGGTCACGAACATAAACCGGTTGGTTCGTTCCTGTTTGCCGGCCCTACCGGGGTCGGGAAAACAGAGGTGACGGTACAGCTTTCGAAAGCt > 2:750043/1‑250 (MQ=255) cGTGGTGGCCCGTATTGCACGCATTCCAGAGAAGAGTGTTTCTCAGAGTGATCGTGATACCCTGAAAAACCTCGGCGATCGCTTGAAAATGCTGGTCTTCGGTCAGGATAAAGCCATTGAGGCGCTGACTGAAGCCATTAAGATGGCGCGTGCAGGTTTAGGTCACGAACATAAACCGGTTGGTTCGTTCCTGTTTGCCGGCCCTACCGGGGTCGGGAAAACAGAGGTGACGGTACAGCTTTCGAAAGCTTTGGGCATTGAGCTTCTgcgc > 1:682184/1‑271 (MQ=255) 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cccGTATTGCACGCATTCCAGAGAAGAGTGTTTCTCAGAGTGATCGTGATACCCTGAAAAACCTCGGCGATCGCTTGAAAATGCTGGTCTTCGGTCAGGATAAAGCCATTGAGGCGCTGACTGAAGCCATTAAGATGGCGCGTGCAGGTTTAGGTCACGAACATAAACCGGTTGGTTCGTTCCTGTTTGCCGGCCCTACCGGGGTCGGGAAAACAGAGGTGACGGTACAGCTTTCGAAAGCTTTGGGCATTGAGCTTCTGCGCTTTGATATGTCCGa > 1:512294/1‑277 (MQ=255) cGTATTGCACGCATTCCAGAGAAGAGTGTTTCTCAGAGTGATCGTGATACCCTGAAAAACCTCGGCGATCGCTTGAAAATGCTGGTCTTCGGTCAGGATAAAGCCATTGAGGCGCTGACTGAAGCCATTAAGATGGCGCGTGCAGGTTTAGGTCACGAACATAAACCGGTTGGTTCGTTCCTGTTTGCCGGCCCTACCGGGGTCGGGAAAACAGAGGTGACGGTACAGCTTTCGAAAGCTTTGGGCATTGAGCTTCTGCGCTTTGATATGTCCGAGTATATGGCACGcc > 2:1897782/1‑289 (MQ=255) tATTGCACGCATTCCAGAGAAGAGTGTTTCTCAGAGTGATCGTGATACCCTGAAAAACCTCGGCGATCGCTTGAAAATGCTGGTCTTCGGTCAGGATAAAGCCATTGAGGCGCTGACTGAAGCCATTAAGATGGCGCGTGCAGGTTTAGGTCACGAACATAAACCGGTTGGTTCGTTCCTGTTTGCCGGCCCTACCGGGGTCGGGAAAACAGAGGTGACGGTACAGCTTTCGAAAGCTTTGGGCATTGAGCTTCTGCGCTTTGATATGTCCGAGTATATGGAACGCCAt > 1:751904/1‑289 (MQ=255) 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aCGGTATAGCTTTGGAGAGCTTTGGGCATTGAGCGTCTGCGCTTTGATATGTCCGAGTATATGGAACGCCATACCGTCAGCCGTCTTATTGGTGCGCCTCCGGGATACGTTGGTTTTGATCAGGGCGGTTTGCTGACTGATGCGGTCATCAAGCATCCACATGCGGTGCTGCTGCTGGACGAAATCGAGAAAGCGCACCCGGACGTGTTCAATATTCTGTTGCAGGTGATGGATAACGGTACGCTGACCGATAACAACGGACGCAAAGCAGACTTCCGTAACgtggtg < 2:1628249/288‑1 (MQ=255) aCAGCTTTCGAAAGCTTTGGGCATTGAGCTTCTGCGCTTTGATATGTCCGAGTATATGGAACGCCATACCGTCAGCCGTCTTATTGGTGCGCCTCCGGGATACGTTGGTTTTGATCAGGGCGGTTTGCTGACTGATGCGGTCATCAAGCATCCACATGCGGTGCTGCTGCTGGACGAAATCGAGAAAGCGCACCCGGACGTGTTCAATATTCTGTTGCAGGTGATGGa > 1:147341/1‑228 (MQ=255) ||| CAAACGCAAGAAAACCGTTAATGTGGCGGATATTGAGTCCGTGGTGGCCCGTATTGCACGCATTCCAGAGAAGAGTGTTTCTCAGAGTGATCGTGATACCCTGAAAAACCTCGGCGATCGCTTGAAAATGCTGGTCTTCGGTCAGGATAAAGCCATTGAGGCGCTGACTGAAGCCATTAAGATGGCGCGTGCAGGTTTAGGTCACGAACATAAACCGGTTGGTAGCTTCCTGTTTGCCGGCCCTACCGGGGTCGGGAAAACAGAGGTGACGGTACAGCTTAGCAAAGCTTTGGGCATTGAGCTTCTGCGCTTTGATATGTCCGAGTATATGGAACGCCATACCGTCAGCCGTCTTATTGGTGCGCCTCCGGGATACGTTGGTTTTGATCAGGGCGGTTTGCTGACTGATGCGGTCATCAAGCATCCACATGCGGTGCTGCTGCTGGACGAAATCGAGAAAGCGCACCCGGACGTGTTCAATATTCTGTTGCAGGTGATGGATAACGGTACGCTGACCGATAACAACGGACGCAAAGCAGACTTCCGTAACGTGGTGCTG > CP042583/787402‑787960 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |