Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 470,462 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 470,462 | 0 | A | T | 98.5% | 625.6 / NA | 267 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (139/124); minor base G (0/4); total (139/128) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.15e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 470,463 | 0 | C | G | 99.2% | 626.7 / NA | 267 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (139/126); minor base A (0/2); total (139/128) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.29e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 470,464 | 0 | T | A | 99.2% | 616.8 / NA | 267 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/2); new base A (139/124); total (139/128) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.25e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 267 total aligned reads displayed.
TGGTGTATATATTCAAATTCGCGGATGGCGGTTGCTTCGTCGTTATTTTTCTGTGCCTTCAGCGCTTTATCGAGACGGGGATAAATAACAAAATGGCGATAATCGCTCAGCCCCAGCTCTTCTGCGCTGGTGCCGATATTGTCTGCGAGTGCGCTGGTACTCAATAAAGACGTCAGCAGTAAACCAGACCATCCGATGACGCGATTAAGGTTATTCTCCTTCATTTTCGGACTCCAGTTGCGCAACCTGTTCTGTGTTTAAACCTGCTTTGAGTAATAGACTTTGCATGCTAACTTGTAATTCGCGTTGAATTGTCAGGACGCGATCCAACGTTTCCTGGCTGATAACGCCTTCGGTGACCAAAAACTTGCCGAGCGGCAGAGAACTGCGTTCATGGCGCAATAACAACACGTTAATTGCACTACGATTAATATGACCGAGCGTGGTCAGTATTTCGGCGAACAGGAACTGATGCGGCACATATTGCCGCCAGATTTCACCGGCCTGCTGTTCCGTGAGCCACTGATGCTGAACCGCATTGTACAACATTGCCCG > CP042583/470183‑470737 ||| tgtATATATTCAAATTCGCGGATGGCGGTTGCTTCGTCGTTATTTTTCTGTGCCTTCAGCGCTTTATCGAGACGGGGATAAATAACAAAATGGCGATAATCGCTCAGCCCCAGCTCTTCTGCGCTGGTGCCGATATTGTCTGCGAGTGCGCTGGTACTCAATAAAGACGTCAGCAGTAAACCAGACCATCCGATGACGCGATTAAGGTTATTCTCCTTCATTTTCGGACTCCAGTTGCGCAACCTGTTCTGTGTTTAAACCTGCTTTGAGTAATAGTGATTGCAtcga < 1:418313/288‑4 (MQ=255) tatatTCAAATTCGCGGATGGCGGTTGCTTCGTCGTTATTTTTCTGTGCCTTCAGCGCTTTATCGAGACGGGGATAAATAACAAAATGGCGATAATCGCTCAGCCCCAGCTCTTCTGCGCTGGTGCCGATATTGTCTGCGAGTGCGCTGGTACTCAATAAAGACGTCAGCAGTAAACCAGACCATCCGATGACGCGATTAAGGTTATTCTCCTTCATTTTCGGACTCCAGTTGCGCAACCTGTTCTGTGTTTAAACCTGCTTTGAGTAATAGTGATTGCAtcgaaactt > 1:1631538/1‑281 (MQ=255) atTCAAATTCGCGGATGGCGGTTGCTTCGTCGTTATTTTTCTGTGCCTTCAGCGCTTTATCGAGACGGGGATAAATAACAAAATGGCGATAATCGCTCAGCCCCAGCTCTTCTGCGCTGGTGCCGATATTGTCTGCGAGTGCGCTGGTACTCAATAAAGACGTCAGCAGTAAACCAGACCATCCGATGACGCGATTAAGGTTATTCTCCTTCATTTTCGGACTCCAGTTGCGCAACCTGTTCTGTGTTTAAACCTGCTTTGAGTAATAGTGATTGCATCGAAACTTGTa > 2:156613/1‑289 (MQ=255) tCAAATTCGCGGATGGCGGTTGCTTCGTCGTTATTTTTCTGTGCCTTCAGCGCTTTATCGAGACGGGGATAAATAACAAAATGGCGATAATCGCTCAGCCCCAGCTCTTCTGCGCTGGTGCCGATATTGTCTGCGAGTGCGCTGGTACTCAATAAAGACGTCAGCAGTAAACCAGACCATCCGATGACGCGATTAAGGTTATTCTCCTTCATTTTCGGACTCCAGTTGCGCAACCTGTTCTGTGTTTAAACCTGCTTTGAGTAATAGTGATTGCATCGAAACTTGTAAt < 2:526211/289‑1 (MQ=255) tCAAATTCGCGGATGGCGGTTGCTTCGTCGTTATTTTTCTGTGCCTTCAGCGCTTTATCGAGACGGGGATAAATAACAAAATGGCGATAATCGCTCAGCCCCAGCTCTTCTGCGCTGGTGCCGATATTGTCTGCGAGTGCGCTGGTACTCAATAAAGACGTCAGCAGTAAACCAGACCATCCGATGACGCGATTAAGGTTATTCTCCTTCATTTTCGGACTCCAGTTGCGCAACCTGTTCTGTGTTTAAACCTGCTTTGAGTAATAGTGATTGCATCGAAACTTGTAAt > 1:60602/1‑289 (MQ=255) aTTCGCGGATGGCGGTTGCTTCGTCGTTATTTTTCTGTGCCTTCAGCGCTTTATCGAGACGGGGATAAATAACAAAATGGCGATAATCGCTCAGCCCCAGCTCTTCTGCGCTGGTGCCGATATTGTCTGCGAGTGCGCTGGTACTCAATAAAGACGTCAGCAGTAAACCAGACCATCCGATGACGCGATTAAGGTTATTCTCCTTCATTTTCGGACTCCAGTTGCGCAACCTGTTCTGTGTTTAAACCTGCTTTGAGTAATAGTGATTGCATCGAAACTTGTAATTcgc > 1:655755/1‑289 (MQ=255) cGGTTGCTTCGTCGTTATTTTTCTGTGCCTTCAGCGCTTTATCGAGACGGGGATAAATAACAAAATGGCGATAATCGCTCAGCCCCAGCTCTTCTGCGCTGGTGCCGATATTGTCTGCGAGTGCGCTGGTACTCAATAAAGACGTCAGCAGTAAACCAGACCATCCGATGACGCGATTAAGGTTATTCTCCTTCATTTTCGGACTCCAGTTGCGCAACCTGTTCTGTGTTTAAACCTGCTTTGAGTAATAGTGATTGCATCGAAACTTGTAATTCGCGTTGATTTTTCa > 2:1611070/1‑289 (MQ=255) cGGTTGCTTCGTCGTTATTTTTCTGTGCCTTCAGCGCTTTATCGAGACGGGGATAAATAACAAAATGGCGATAATCGCTCAGCCCCAGCTCTTCTGCGCTGGTGCCGATATTGTCTGCGAGTGCGCTGGTACTCAATAAAGACGTCAGCAGTAAACCAGACCATCCGATGACGCGATTAAGGTTATTCTCCTTCATTTTCGGACTCCAGTTGCGCAACCTGTTCTGTGTTTAAACCTGCTTTGAGTAATAGTGATTGCATCGAAACTTGTAATTCGCGTTGAATTGTc < 2:377876/288‑1 (MQ=255) gTTGCTTCGTCGTTATTTTTCTGTGCCTTCAGCGCTTTATCGAGACGGGGATAAATAACAAAATGGCGATAATCGCTCAGCCCCAGCTCTTCTGCGCTGGTGCCGATATTGTCTGCGAGTGCGCTGGTACTCAATAAAGACGTCAGCAGTAAACCAGACCATCCGATGACGCGATTAAGGTTATTCTCCTTCATTTTCGGACTCCAGTTGCGCAACCTGTTCTGTGTTTAAACCTGCTTTGAGTAATAGTGATTGCATCGAAACTTGTAATTCGCGTTGAATTGTCAgg > 1:1229388/1‑289 (MQ=255) gattCGTCGTTATTTTTCTGTGCCTTCAGCGCTTTATCGAGACGGGGATAAATAACAAAATGGCGATAATCGCTCAGCCCCAGCTCTTCTGCGCTGGTGCCGATATTGTCTGCGAGTGCGCTGGTAATCAATAAAGACGTCAGCAGTAAACCAGACCATCCGATGACGCGATTAAGGTTATTCTCCTTCATTTTCGGACTCCAGTTGCGCAACCTGTTCTGTGTTTAAACCTGCTTTGAGTAATAGTGATTGCATCGAAACTTGTAATTCGCGTTGAATTGTCAGGAcg < 2:1202545/287‑1 (MQ=255) 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cTTCAGCGCTTTATCGAGACGGGGATAAATAACAAAATGGCGATAATCGCTCAGCCCCAGCTCTTCTGCGCTGGTGCCGATATTGTCTGCGAGTGCGCTGGTACTCAATAAAGACGTCAGCAGTAAACCAGACCATCCGATGACGCGATTAAGGTTATTCTCCTTCATTTTCGGACTCCAGTTGCGCAACCTGTTCTGTGTTTAAACCTGCTTTGAGTAATAGTGATTGCATCGAAACTTGTAATTCGCGTTGAATTGTCAGGACGCGATCCAACGTTTCCTGGCTGAt < 1:71779/289‑1 (MQ=255) tCAGCGCTTTATCGAGACGGGGATAAATAACAAAATGGCGATAATCGCTCAGCCCCAGCTCTTCTGCGCTGGTGCCGATATTGTCTGCGAGTGCGCTGGTACTCAATAAAGACGTCAGCAGTAAACCAGACCATCCGATGACGCGATTAAGGTTATTCTCCTTCATTTTCGGACTCCAGTTGCGCAACCTGTTCTGTGTTTAAACCTGCTTTGAGTAATAGTGATTGCATCGAAACTTGTAATTCGCGTTGAATTGTCAGGACGCGATCCAACGTTTCCTGGCTGATa > 1:841430/1‑288 (MQ=255) gcTTTATCGAGACGGGGATAAATAACAAAATGGCGATAATCGCTCAGCCCCAGCTCTTCTGCGCTGGTGCCGATATTGTCTGCGAGTGCGCTGGTACTCAATAAAGACGTCAGCAGTAAACCAGACCATCCGATGACGCGATTAAGGTTATTCTCCTTCATTTTCGGACTCCAGTTGCGCAACCTGTTCTGTGTTTAAACCTGCTTTGAGTAATAGTGATTGCATCGAAACTTGTAATTCGCGTTGAATTGTCAGGACGCGATCCAACGTTTCCTGGCTGATAACGCCt > 1:816897/1‑289 (MQ=255) 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ataaCAAAATGGCGATAATCGCTCAGCCCCAGCTCTTCTGCGCTGGTGCCGATATTGTCTGCGAGTGCGCTGGTACTCAATAAAGACGTCAGCAGTAAACCAGACCATCCGATGACGCGATTAAGGTTATTCTCCTTCATTTTCGGACTCCAGTTGCGCAACCTGTTCTGTGTTTAAACCTGCTTTGAGTAATAGTGATTGCATCGAAACTTGTAATTCGCGTTGAATTGTCAGGACGCGATCCAACGTTTCCTGGCTGATAACGCCTTCGGTGACCAAAAACTTGCCg < 1:163518/289‑1 (MQ=255) ataaCAAAATGGCGATAATCGCTCAGCCCCAGCTCTTCTGCGCTGGTGCCGATATTGTCTGCGAGTGCGCTGGTACTCAATAAAGACGTCAGCAGTAAACCAGACCATCCGATGACGCGATTAAGGTTATTCTCCTTCATTTTCGGACTCCAGTTGCGCAACCTGTTCTGTGTTTAAACCTGCTTTGAGTAATAGTGATTGCATCGAAACTTGTAATTCGCGTTGAATTGTCAGGACGCGATCCAACGTTTCCTGGCTGATAACGCCTTCGGTGACCAAAAACTTGCCg > 1:468523/1‑289 (MQ=255) taaCAAAATGGCGATAATCGCTCAGCCCCAGCTCTTCTGCGCTGGTGCCGATATTGTCTGCGAGTGCGCTGGTACTCAATAAAGACGTCAGCAGTAAACCAGACCATCCGATGACGCGATTAAGGTTATTCTCCTTCATTTTCGGACTCCAGTTGCGCAACCTGTTCTGTGTTTAAACCTGCTTTGAGTAATAGTGATTGCATCGAAACTTGTAATTCGCGTTGAATTGTCAGGACGCGATCCAACGTTTCCTGGCTGATAACGCCTTCGGTGACC‑AAAACTTGCCGAg < 1:87887/289‑1 (MQ=255) tGGCGATAATCGCTCAGCCCCAGCTCTTCTGCGCTGGTGCCGATATTGTCTGCGAGTGCGCTGGTACTCAATAAAGACGTCAGCAGTAAACCAGACCATCCGATGACGCGTTTAAGGTTATTCTCCTCCATTTTCGGACTCCAGTTGCGCAACCTGTTCTGTGTTTAAACCTGCTTTGAGTAATAGTGATTGCATCGACACTTGTAATTCGCGTTGAATTTTCAGGACGCGATCCCACGTTCCCTGGCTGATACTGCCTTCGGTGCCCAAAAACTTTCCGAGCGGCagc > 2:1016730/1‑288 (MQ=255) tGGCGATAATCGCTCAGCCCCAGCTCTTCTGCGCTGGTGCCGATATTGTCTGCGAGTGCGCTGGTACTCAATAAAGACGTCAGCAGTAAACCAGACCATCCGATGACGCGATTAAGGTTATTCTCCTTCATTTTCGGACTCCAGTTGCGCAACCTGTTCTGTGTTTAAACCTGCTTTGAGTAATAGTGATTGCATCGAAACTTGTAATTCGCGTTGAATTGTCAGGACGCGATCCAACGTTTCCTGGCTGATAACGCCTTCGGTGACCAAAAACTTGCCGAGCGGCaga > 1:155673/1‑289 (MQ=255) tGGCGATAATCGCTCAGCCCCAGCTCTTCTGCGCTGGTGCCGATATTGTCTGCGAGTGCGCTGGTACTCAATAAAGACGTCAGCAGTAAACCAGACCATCCGATGACGCGATTAAGGTTATTCTCCTTCATTTTCGGACTCCAGTTGCGCAACCTGTTCTGTGTTTAAACCTGCTTTGAGTAATAGTGATTGCATCGAAACTTGTAATTCGCGTTGAATTGTCAGGACGCGATCCAACGTTTCCTGGCTGATAACGCCTTCGGTGACCAAAAACTTGCCGAGCGGCaga > 2:1147223/1‑289 (MQ=255) ggCGATAATCGCTCAGCCCCAGCTCTTCTGCGCTGGTGCCGATATTGTCTGCGAGTGCGCTGGTACTCAATAAAGACGTCAGCAGTAAACCAGACCATCCGATGACGCGATTAAGGTTATTCTCCTTCATTTTCGGACTCCAGTTGCGCAACCTGTTCTGTGTTTAAACCTGCTTTGAGTAATAGTGATTGCATCGAAACTTGTAATTCGCGTTGAATTGTCAGGACGCGATCCAACGTTTCCTGGCTGATAACGCCTTCGGTGACCAAAAACTTGCCGAGCGGCagag < 1:1050145/289‑1 (MQ=255) tCAGCCCCAGCTCTTCTGCGCTGGTGCCGATATTGTCTGCGAGTGCGCTGGTACTCAATAAAGACGTCAGCAGTAAACCAGACCATCCGATGACGCGATTAAGGTTATTCTCCTTCATTTTCGGACTCCAGTTGCGCAACCTGTTCTGTGTTTAAACCTGCTTTGAGTAATAGTGATTGCATCGAAACTTGTAATTCGCGTTGAATTGTCAGGACGCGATCCAACGTTTCCTGGCTGATAACGCCTTCGGTGACCAAAAACTTGCCGAGCGGCAGAGAACTGCGTTCAt < 2:841430/289‑1 (MQ=255) cccAGCTCTTCTGCGCTGGTGCCGATATTGTCTGCGAGTGCGCTGGTACTCAATAAAGACGTCAGCAGTAAACCAGACCATCCGATGACGCGATTAAGGTTATTCTCCTTCATTTTCGGACTCCAGTTGCGCAACCTGTTCTGTGTTTAAACCTGCTTTGAGTAATAGTGATTGCATCGAAACTTGTAATTCGCGTTGAATTGTCAGGACGCGATCCAACGTTTCCTGGCTGATAACGCCTTCGGTGACCAAAAACTTGCCGAGCGGCAGAGAACTGCGTTCATGgcg < 1:364659/288‑1 (MQ=255) 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TGGTGTATATATTCAAATTCGCGGATGGCGGTTGCTTCGTCGTTATTTTTCTGTGCCTTCAGCGCTTTATCGAGACGGGGATAAATAACAAAATGGCGATAATCGCTCAGCCCCAGCTCTTCTGCGCTGGTGCCGATATTGTCTGCGAGTGCGCTGGTACTCAATAAAGACGTCAGCAGTAAACCAGACCATCCGATGACGCGATTAAGGTTATTCTCCTTCATTTTCGGACTCCAGTTGCGCAACCTGTTCTGTGTTTAAACCTGCTTTGAGTAATAGACTTTGCATGCTAACTTGTAATTCGCGTTGAATTGTCAGGACGCGATCCAACGTTTCCTGGCTGATAACGCCTTCGGTGACCAAAAACTTGCCGAGCGGCAGAGAACTGCGTTCATGGCGCAATAACAACACGTTAATTGCACTACGATTAATATGACCGAGCGTGGTCAGTATTTCGGCGAACAGGAACTGATGCGGCACATATTGCCGCCAGATTTCACCGGCCTGCTGTTCCGTGAGCCACTGATGCTGAACCGCATTGTACAACATTGCCCG > CP042583/470183‑470737 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |