Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 470,471 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 470,471 | 0 | G | C | 99.6% | 615.9 / NA | 263 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (137/124); minor base T (0/1); total (137/126) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.77e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 470,472 | 0 | C | G | 99.2% | 605.7 / NA | 263 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (136/125); minor base T (1/1); total (137/126) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 470,473 | 0 | T | A | 99.2% | 621.4 / NA | 263 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (136/124); minor base G (1/1); total (137/126) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 263 total aligned reads displayed.
TATTCAAATTCGCGGATGGCGGTTGCTTCGTCGTTATTTTTCTGTGCCTTCAGCGCTTTATCGAGACGGGGATAAATAACAAAATGGCGATAATCGCTCAGCCCCAGCTCTTCTGCGCTGGTGCCGATATTGTCTGCGAGTGCGCTGGTACTCAATAAAGACGTCAGCAGTAAACCAGACCATCCGATGACGCGATTAAGGTTATTCTCCTTCATTTTCGGACTCCAGTTGCGCAACCTGTTCTGTGTTTAAACCTGCTTTGAGTAATAGACTTTGCATGCTAACTTGTAATTCGCGTTGAATTGTCAGGACGCGATCCAACGTTTCCTGGCTGATAACGCCTTCGGTGACCAAAAACTTGCCGAGCGGCAGAGAACTGCGTTCATGGCGCAATAACAACACGTTAATTGCACTACGATTAATATGACCGAGCGTGGTCAGTATTTCGGCGAACAGGAACTGATGCGGCACATATTGCCGCCAGATTTCACCGGCCTGCTGTTCCGTGAGCCACTGATGCTGAACCGCATTGTACAACATTGCCCG > CP042583/470192‑470737 ||| tCAAATTCGCGGATGGCGGTTGCTTCGTCGTTATTTTTCTGTGCCTTCAGCGCTTTATCGAGACGGGGATAAATAACAAAATGGCGATAATCGCTCAGCCCCAGCTCTTCTGCGCTGGTGCCGATATTGTCTGCGAGTGCGCTGGTACTCAATAAAGACGTCAGCAGTAAACCAGACCATCCGATGACGCGATTAAGGTTATTCTCCTTCATTTTCGGACTCCAGTTGCGCAACCTGTTCTGTGTTTAAACCTGCTTTGAGTAATAGTGATTGCATCGAAACTTGTAAt < 1:239718/289‑1 (MQ=255) cAAATTCGCGGATGGCGGTTGCTTCGTCGTTATTTTTCTGTGCCTTCAGCGCTTTATCGAGACGGGGATAAATAACAAAATGGCGATAATCGCTCAGCCCCAGCTCTTCTGCGCTGGTGCCGATATTGTCTGCGAGTGCGCTGGTACTCAATAAAGACGTCAGCAGTAAACCAGACCATCCGATGACGCGATTAAGGTTATTCTCCTTCATTTTCGGACTCCAGTTGCGCAACCTGTTCTGTGTTTAAACCTGCTTTGAGTAATAGTGATTGCATCGAAACTTGTAAtt > 2:619182/1‑289 (MQ=255) aaTTCGCGGATGGCGGTTGCTTCGTCGTTATTTTTCTGTGCCTTCAGCGCTTTATCGAGACGGGGATAAATAACAAAATGGCGATAATCGCTCAGCCCCAGCTCTTCTGCGCTGGTGCCGATATTGTCTGCGAGTGCGCTGGTACTCAATAAAGACGTCAGCAGTAAACCAGACCATCCGATGACGCGATTAAGGTTATTCTCCTTCATTTTCGGACTCCAGTTGCGCAACCTGTTCTGTGTTTAAACCTGCTTTGAGTAATAGTGATTGCATCGAAACTTGTAATTc > 2:359499/1‑288 (MQ=255) aaTTCGCGGATGGCGGTTGCTTCGTCGTTATTTTTCTGTGCCTTCAGCGCTTTATCGAGACGGGGATAAATAACAAAATGGCGATAATCGCTCAGCCCCAGCTCTTCTGCGCTGGTGCCGATATTGTCTGCGAGTGCGCTGGTACTCAATAAAGACGTCAGCAGTAAACCAGACCATCCGATGACGCGATTAAGGTTATTCTCCTTCATTTTCGGACTCCAGTTGCGCAACCTGTTCTGTGTTTAAACCTGCTTTGAGTAATAGTGATTGCATCGAAACTTGTAATTc > 2:1610567/1‑288 (MQ=255) aTTCGCGGATGGCGGTTGCTTCGTCGTTATTTTTCTGTGCCTTCAGCGCTTTATCGAGACGGGGATAAATAACAAAATGGCGATAATCGCTCAGCCCCAGCTCTTCTGCGCTGGTGCCGATATTGTCTGCGAGTGCGCTGGTACTCAATAAAGACGTCAGCAGTAAACCAGACCATCCGATGACGCGATTAAGGTTATTCTCCTTCATTTTCGGACTCCAGTTGCGCAACCTGTTCTGTGTTTAAACCTGCTTTGAGTAATAGTGATTGCATCGAAACTTGTAATTcgc > 1:655755/1‑289 (MQ=255) gATGGCGGTTGCTTCGTCGTTATTTTGCTGTTCCTGCGATGCTGTATCGCGACGGGGATAAATAACACAAGGGCGATAAACGCGCAGCCCCAGGTGTACTGCGCTGGTGCCGATATTGTCTGCGAGTGCGCTGGTACTCAATAAAGACGTCGGCAGTAAACCAGACCATCCGATGACGCGAGTAAGGTTATTCTCCTTCATTTGCGGACTCCAGTTGCGCAACCTGTTCTGTGTTTAAACCTGCTTTGAGTAAGAGTGATTGCATCGAAACTTGTAATTCGCGTTGaa < 2:1044720/288‑1 (MQ=255) cGGTTGCTTCGTCGTTATTTTTCTGTGCCTTCAGCGCTTTATCGAGACGGGGATAAATAACAAAATGGCGATAATCGCTCAGCCCCAGCTCTTCTGCGCTGGTGCCGATATTGTCTGCGAGTGCGCTGGTACTCAATAAAGACGTCAGCAGTAAACCAGACCATCCGATGACGCGATTAAGGTTATTCTCCTTCATTTTCGGACTCCAGTTGCGCAACCTGTTCTGTGTTTAAACCTGCTTTGAGTAATAGTGATTGCATCGAAACTTGTAATTCGCGTTGAATTGTc < 2:377876/288‑1 (MQ=255) attttgtgCCTTGAGCACTTTAGCGAGCCGGGGCTTAATAACAAAATGGCGATAATCGCTCACACCCAGCGCTTCTGCGCTTGTGCGGATATTGACTGCGATTGCGTGAGTACTCAATAAAGACGTCAGCAGTAAACCAGACCATCCGATGACGCGATTAAGGTTATTCTCCTTCATTTTCGGATTCCAGTTGCGCAACCTGTTCTTTGTTTGAACCTGCTTTGAGTAATAGTGATTGCATCGAAACTTGGAATTCGCGTTGAATTGTCAGGACGCGATCCAACGTTTc < 2:1003494/285‑1 (MQ=255) cTGTGCCTTCAGCGCTTTATCGGGACGGGGATAAATAACAAAATGGCGATAATCGCTCAGCCCCAGCTCTTCTGCGCTGGTGCCGATATTGTCTGCGAGTGCGCTGGTACTCAATACAGACGTCAGCAGTAAACCAGACCATCCGATGACGCTATTAAGGTTATTCTCCTTCATTTTCGGACTCCAGTTGCGCAACCTGTTCTGTGTTTAAACCTGCTTTGAGTAATAGTGATTGCATCGAAACTTGTAATTCGCGTTGAATTGTCAGGACGCGATCCAACGTTTCCTg < 1:103432/289‑1 (MQ=255) tgcgCCTTAAGCGCTTTATCGAGACGGTGATAAATAACAAAATGGCGATAATCGCTCATCCCCATCTCTTCTGCGCTGGTGCCGATATTGTCTGCGAGTGCGCTGGTACTCAATAAAGACGTCAGCAGTAAACCAGACCATCCGATGACGCGATTAAGGTTATTCTCCTTCATTTTCGGACTCCAGTTGCGCAACCTGTTCTGTGTTTAAACCTGCTTTGAGTAATAGTGATTGCATCGAAACTTGTAATTCGCGTTGAATTGTCAGGACGCGATCCAACGTTTCCTgg < 2:1160102/286‑1 (MQ=255) tCAGCGCTTTATCGAGACGGGGATAAATAACAAAATGGCGATAATCGCTCAGCCCCAGCTCTTCTGCGCTGGTGCCGATATTGTCTGCGAGTGCGCTGGTACTCAATAAAGACGTCAGCAGTAAACCAGACCATCCGATGACGCGATTAAGGTTATTCTCCTTCATTTTCGGACTCCAGTTGCGCAACCTGTTCTGTGTTTAAACCTGCTTTGAGTAATAGTGATTGCATCGAAACTTGTAATTCGCGTTGAATTGTCAGGACGCGATCCAACGTTTCCTGGCTGATa > 1:831898/1‑288 (MQ=255) tttATCGAGACGGGGATAAATAACAAAATGGCGATAATCGCTCAGCCCCAGCTCTTCTGCGCTGGTGCCGATATTGTCTGCGAGTGCGCTGGTACTCAATAAAGACGTCAGCAGTAAACCAGACCATCCGATGACGCGATTAAGGTTATTCTCCTTCATTTTCGGACTCCAGTTGCGCAACCTGTTCTGTGTTTAAACCTGCTTTGAGTAATAGTGATTGCATCGAAACTTGTAATTCGCGTTGAATTGTCAGGACGCGATCCAACGTTTCCTGGCTGATAACGCCTTc > 1:193629/1‑289 (MQ=255) aCGGGGATAAATAACAAAATGGCGATAATCGCTCAGCCCCAGCTCTTCTGCGCTGGTGCCGATATTGTCTGCGAGTGCGCTGGTACTCAATAAAGACGTCAGCAGTAAACCAGACCATCCGATGACGCGATTAAGGTTATTCTCCTTCATTTTCGGACTCCAGTTGCGCAACCTGTTCTGTGTTTAAACCTGCTTTGAGTAATAGTGATTGCATCGAAACTTGTAATTCGCGTTGAATTGTCAGGACGCGATCCAACGTTTCCTGGCTGATAACGCCTTCGGTGACCaa > 1:1006401/1‑289 (MQ=255) aataaCAAAATGGCGATAATCGCTCAGCCCCAGCTCTTCTGCGCTGGTGCCGATATTGTCTGCGAGTGCGCTGGTACTCAATAAAGACGTCAGCAGTAAACCAGACCATCCGATGACGCGATTAAGGTTATTCTCCTTCATTTTCGGACTCCAGTTGCGCAACCTGTTCTGTGTTTAAACCTGCTTTGAGTAATAGTGATTGCATCGAAACTTGTAATTCGCGTTGAATTGTCAGGACGCGATCCAACGTTTCCTGGCTGATAACGCCTTCGGTGACCAAAAACTTGcc < 2:1538147/289‑1 (MQ=255) ataaCAAAATGGCGATAATCGCTCAGCCCCAGCTCTTCTGCGCTGGTGCCGATATTGTCTGCGAGTGCGCTGGTACTCAATAAAGACGTCAGCAGTAAACCAGACCATCCGATGACGCGATTAAGGTTATTCTCCTTCATTTTCGGACTCCAGTTGCGCAACCTGTTCTGTGTTTAAACCTGCTTTGAGTAATAGTGATTGCATCGAAACTTGTAATTCGCGTTGAATTGTCAGGACGCGATCCAACGTTTCCTGGCTGATAACGCCTTCGGTGACCAAAAACTTGCCg < 1:471649/289‑1 (MQ=255) ataaCAAAATGGCGATAATCGCTCAGCCCCAGCTCTTCTGCGCTGGTGCCGATATTGTCTGCGAGTGCGCTGGTACTCAATAAAGACGTCAGCAGTAAACCAGACCATCCGATGACGCGATTAAGGTTATTCTCCTTCATTTTCGGACTCCAGTTGCGCAACCTGTTCTGTGTTTAAACCTGCTTTGAGTAATAGTGATTGCATCGAAACTTGTAATTCGCGTTGAATTGTCAGGACGCGATCCAACGTTTCCTGGCTGATAACGCCTTCGGTGACCAAAAACTTGCCg < 1:163518/289‑1 (MQ=255) aaCAAAATGGCGATAATCGCTCAGCCCCAGCTCTTCTGCGCTGGTGCCGATATTGTCTGCGAGTGCGCTGGTACTCAATAAAGACGTCAGCAGTAAACCAGACCATCCGATGACGCGATTAAGGTTATTCTCCTTCATTTTCGGACTCCAGTTGCGCAACCTGTTCTGTGTTTAAACCTGCTTTGAGTAATAGTGATTGCATCGAAACTTGTAATTCGCGTTGAATTGTCAGGACGCGATCCAACGTTTCCTGGCTGATAACGCCTTCGGTGACCAAAAACTTGCCGAg < 2:1493927/289‑1 (MQ=255) cAAAATGGCGATAATCGCTCAGCCCCAGCTCTTCTGCGCTGGTGCCGATATTGTCTGCGAGTGCGCTGGTACTCAATAAAGACGTCAGCAGTAAACCAGACCATCCGATGACGCGATTAAGGTTATTCTCCTTCATTTTCGGACTCCAGTTGCGCAACCTGTTCTGTGTTTAAACCTGCTTTGAGTAATAGTGATTGCATCGAAACTTGTAATTCGCGTTGAATTGTCAGGACGCGATCCAACGTTTCCTGGCTGATAACGCCTTCGGTGACCAAAAACTTGCCGAGCg > 1:673406/1‑289 (MQ=255) cAAAATGGCGATAATCGCTCAGCCCCAGCTCTTCTGCGCTGGTGCCGATATTGTCTGCGAGTGCGCTGGTACTCAATAAAGACGTCAGCAGTAAACCAGACCATCCGATGACGCGATTAAGGTTATTCTCCTTCATTTTCGGACTCCAGTTGCGCAACCTGTTCTGTGTTTAAACCTGCTTTGAGTAATAGTGATTGCATCGAAACTTGTAATTCGCGTTGAATTGTCAGGACGCGATCCAACGTTTCCTGGCTGATAACGCCTTCGGTGACCAAAAACTTGCCGAGCg > 2:1201135/1‑289 (MQ=255) 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gcAGCCCCAGCTCTTCTGCGCTGGTGCCGATATTGTCTGCGAGTGCGCTGGTACTCAATAAAGACGTCAGCAGTAAACCAGACCATCCGATGACGCGATTAAGGTTATTCTCCTTCATTTTCGGACTCCAGTTGCGCAACCTGTTCTGTGTTTAAACCTGCTTTGAGTAATAGTGATTGCATCGAAACTTGTAATTCGCGTTGAATTGTCAGGACGCGATCCAACGTTTCCTGGCTGATAACGCCTTCGGTGACCAAAAACTTGCCGAGCGGCAGAGAACTGCGTTCAt < 2:439727/288‑1 (MQ=255) cgCCCCAGCTCTTCTGCGCTGGTGCCGATATTGTCTGCGAGTGCGCTGGTACTCAATAAAGACGTCAGCAGTAAACCAGACCATCCGATGACGCGATTAAGGTTATTCTCCTTCATTTTCGGACTCCAGTTGCGCAACCTGTTCTGTGTTTAAACCTGCTTTGAGTAATAGTGATTGCATCGAAACTTGTAATTCGCGTTGAATTGTCAGGACGCGATCCAACGTTTCCTGGCTGATAACGCCTTCGGTGACCAAAAACTTGCCGAGCGGCAGAGAACTGCGTTCATgg < 2:1218986/288‑1 (MQ=255) aGCTCTTCTGCGCTGGTGCCGATATTGTCTGCGAGTGCGCTGGTACTCAATAAAGACGTCAGCAGTAAACCAGACCATCCGATGACGCGATTAAGGTTATTCTCCTTCATTTTCGGACTCCAGTTGCGCAACCTGTTCTGTGTTTAAACCTGCTTTGAGTAATAGTGATTGCATCGAAACTTGTAATTCGCGTTGAATTGTCAGGACGCGATCCAACGTTTCCTGGCTGATAACGCCTTCGGTGACCAAAAACTTGCCGAGCGGCAGAGAACTGCGTTCATGGCGCAAt > 1:505962/1‑289 (MQ=255) 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TATTCAAATTCGCGGATGGCGGTTGCTTCGTCGTTATTTTTCTGTGCCTTCAGCGCTTTATCGAGACGGGGATAAATAACAAAATGGCGATAATCGCTCAGCCCCAGCTCTTCTGCGCTGGTGCCGATATTGTCTGCGAGTGCGCTGGTACTCAATAAAGACGTCAGCAGTAAACCAGACCATCCGATGACGCGATTAAGGTTATTCTCCTTCATTTTCGGACTCCAGTTGCGCAACCTGTTCTGTGTTTAAACCTGCTTTGAGTAATAGACTTTGCATGCTAACTTGTAATTCGCGTTGAATTGTCAGGACGCGATCCAACGTTTCCTGGCTGATAACGCCTTCGGTGACCAAAAACTTGCCGAGCGGCAGAGAACTGCGTTCATGGCGCAATAACAACACGTTAATTGCACTACGATTAATATGACCGAGCGTGGTCAGTATTTCGGCGAACAGGAACTGATGCGGCACATATTGCCGCCAGATTTCACCGGCCTGCTGTTCCGTGAGCCACTGATGCTGAACCGCATTGTACAACATTGCCCG > CP042583/470192‑470737 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |