| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 470,603 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 470,603 | 0 | A | T | 98.8% | 583.6 / NA | 249 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 470,604 | 0 | C | G | 99.6% | 584.6 / NA | 249 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (113/135); total (113/136) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 470,605 | 0 | T | A | 100.0% | 595.5 / NA | 249 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (113/136); total (113/136) | |||||||||||
Only 100 of 249 total aligned reads displayed.
GTCTGCGAGTGCGCTGGTACTCAATAAAGACGTCAGCAGTAAACCAGACCATCCGATGACGCGATTAAGGTTATTCTCCTTCATTTTCGGACTCCAGTTGCGCAACCTGTTCTGTGTTTAAACCTGCTTTGAGTAATAGACTTTGCATGCTAACTTGTAATTCGCGTTGAATTGTCAGGACGCGATCCAACGTTTCCTGGCTGATAACGCCTTCGGTGACCAAAAACTTGCCGAGCGGCAGAGAACTGCGTTCATGGCGCAATAACAACACGTTAATTGCACTACGATTAATATGACCGAGCGTGGTCAGTATTTCGGCGAACAGGAACTGATGCGGCACATATTGCCGCCAGATTTCACCGGCCTGCTGTTCCGTGAGCCACTGATGCTGAACCGCATTGTACAACATTGCCCGCGGATCGTGACCGCGTCGGCGTGCATACCAGTGACGTAACCCTGTGACAATTTGTCCCCGCAGAACAATGACGTAACGCACTTTGCGTCCGACTTTACGCGTCAGGGCCGCCAGGCTAACCGGGTCAATACCATCTTCACTGCCG > CP042583/470323‑470882 ||| cGAGTGCGCTGGTACTCAATAAAGACGTCAGCAGTAAACCAGACCATCCGATGACGCGATTAAGGTTATTCTCCTTCATTTTCGGACTCCAGTTGCGCAACCTGTTCTGTGTTTAAACCTGCTTTGAGTAATAGTGATTGCATCGAAACTTGTAATTCGCGTTGAATTGTCAGGACGCGATCCAACGTTTCCTGGCTGATAACGCCTTCGGTGACCAAAAACTTGCCGAGCGGCAGAGAACTGCGTTCATGGCGCAATAACAACACGTTAATTGCTGAACGATTAatat > 1:1204163/1‑289 (MQ=255) 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agcagTAAACCAGACCATCCGATGACGCGATTAAGGTTATTCTCCTTCATTTTCGGACTCCAGTTGCGCAACCTGTTCTGTGTTTAAACCTGCTTTGAGTAATAGTGATTGCATCGAAACTTGTAATTCGCGTTGAATTGTCAGGACGCGATCCAACGTTTCCTGGCTGATAACGCCTTCGGTGACCAAAAACTTGCCGAGCGGCAGAGAACTGCGTTCATGGCGCAATAACAACACGTTAATTGCTGAACGATTAATATGAc < 1:1393239/263‑1 (MQ=255) cAGACCATCCGATGACGCGATTAAGGTTATTCTCCTTCAGTTTCGGACTCCAGTTGCGCAACCTGTTCTGTGTGTAAACCTGCTTTGAGTAATAGTGATGGCATCGAAACTTGTAATTCGCGTTGAATTGTCAGGACGCGATCCAACGTTTCCTGGCTGATAACGCCTTCGGTGACAAAAAACTTGCCGAGCGGCAGAGAACTGCGTTCATGGCGCAATAACAACACGTTAATTGCTGAACGATTAATATGACCGAGCGTGGTCAGTATTTCGGCGAACAGGAACTGAt < 1:1144031/289‑1 (MQ=255) gACCATCCGATGACGCGATTAAGGTTATTCTCCTTCATTTTCGGACTCCAGTTGCGCAACCTGTTCTGTGTTTAAACCTGCTTTGAGTAATAGTGATTGCATCGAAACTTGTAATTCGCGTTGAATTGTCAGGACGCGATCCAACGTTTCCTGGCTGATAACGCCTTCGGTGACCAAAAACTTGCCGAGCGGCAGAGAACTGCGTTCATGGCGCAATAACAACACGTTAATTGCTGAACGATTAATATGACCGAGCGTGGTCAGTATTTCGGCGAACAGGAACTGa > 2:883051/1‑286 (MQ=255) 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GTCTGCGAGTGCGCTGGTACTCAATAAAGACGTCAGCAGTAAACCAGACCATCCGATGACGCGATTAAGGTTATTCTCCTTCATTTTCGGACTCCAGTTGCGCAACCTGTTCTGTGTTTAAACCTGCTTTGAGTAATAGACTTTGCATGCTAACTTGTAATTCGCGTTGAATTGTCAGGACGCGATCCAACGTTTCCTGGCTGATAACGCCTTCGGTGACCAAAAACTTGCCGAGCGGCAGAGAACTGCGTTCATGGCGCAATAACAACACGTTAATTGCACTACGATTAATATGACCGAGCGTGGTCAGTATTTCGGCGAACAGGAACTGATGCGGCACATATTGCCGCCAGATTTCACCGGCCTGCTGTTCCGTGAGCCACTGATGCTGAACCGCATTGTACAACATTGCCCGCGGATCGTGACCGCGTCGGCGTGCATACCAGTGACGTAACCCTGTGACAATTTGTCCCCGCAGAACAATGACGTAACGCACTTTGCGTCCGACTTTACGCGTCAGGGCCGCCAGGCTAACCGGGTCAATACCATCTTCACTGCCG > CP042583/470323‑470882 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |