Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 808,906 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 808,906 | 0 | A | T | 99.6% | 536.3 / NA | 230 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base T (107/120); total (110/120) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.74e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 808,907 | 0 | G | C | 99.1% | 539.2 / ‑1.9 | 230 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (109/119); minor base A (1/1); total (110/120) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.25e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 808,908 | 0 | T | A | 99.6% | 540.3 / NA | 230 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (109/120); minor base C (1/0); total (110/120) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.78e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 230 total aligned reads displayed.
TCTTCAGCATTAGCGTTATGAATGAGTAATATAAATCGATAATACCGCCGCTGGGATATCGCGTATTTTCACCCATTGACAATGTTTTTGGCGGTGGCATGATGCGCATGAAATTTGAACTTCCTCACGGTTTTAATTCATGTCCACGTATACCCAGCCTGTCATGCTTTTGCTGTCTGGCCTGCTTTTGTTGACTCTGGCGATTGCGGTGTTAAATACACTCGTGCCGCTTTGGCTCGCCCAGGAACACATGTCCACATGGCAGGTAGGCGTTGTCAGCAGTTCCTATTTTACCGGCAACCTTGTCGGTACATTGCTGACAGGGTATGTCATTAAGCGCATTGGCTTTAACCGCAGCTATTATCTGGCCTCCTTCATTTTTGCCGCTGGCTGTGCCGGCCTTGGCCTGATGATTGGATTCTGGAGCTGGTTGGCTTGGCGTTTTGTCGCGGGCGTCGGCTGTGCCATGATTTGGGTGGTTGTTGAGAGCGCGCTGATGTGCAGTGGGACGAGTCGTAACCGTGGGCGTTTGCTTGCTGCGTATATGATGGTTTATTACGT > CP042583/808626‑809186 ||| tctTCAGCATTAGCGTTATGAATGAGTAATATAAATCGATAATACCGCCGCTGGGATATCGCGTATTTTCACCCATTGACAATGTTTTTGGCGGTGGCATGATGCGCATGAAATTTGAACTTCCTCACGGTTTTAATTCATGTCCACGTATACCCAGCCTGTCATGCTTTTGCTGTCTGGCCTGCTTTTGTTGACTCTGGCGATTGCGGTGTTAAATACACTCGTGCCGCTTTGGCTCGCCCAGGAACACATGTCCACATGGCAGGTAGGCGTTGTCAGCTCATCCTAt > 2:6735/1‑289 (MQ=255) tctTCAGCATTAGCGTTATGAATGAGTAATATAAATCGATAATACCGCCGCTGGGATATCGCGTATTTTCACCCATTGACAATGTTTTTGGCGGTGGCATGATGCGCATGAAATTTGAACTTCCTCACGGTTTTAATTCATGTCCACGTATACCCAGCCTGTCATGCTTTTGCTGTCTGGCCTGCTTTTGTTGACTCTGGCGATTGCGGTGTTAAATACACTCGTGCCGCTTTGGCTCGCCCAGGAACACATGTCCACATGGCAGGTAGGCGTTGTCAGCTCATCCTAt > 2:273245/1‑289 (MQ=255) ttCAGCATTAGCGTTATGAATGAGTAATATAAATCGATAATACCGCCGCTGGGATATCGCGTATTTTCACCCATTGACAATGTTTTTGGCGGTGGCATGATGCGCATGAAATTTGAACTTCCTCACGGTTTTAATTCATGTCCACGTATACCCAGCCTGTCATGCTTTTGCTGTCTGGCCTGCTTTTGTTGACTCTGGCGATTGCGGTGTTAAATACACTCGTGCCGCTTTGGCTCGCCCAGGAACACATGTCCACATGGCAGGTAGGCGTTGTCAGCTCATCCTAttt > 1:1827647/1‑289 (MQ=255) cAGCATTAGCGTTATGAATGAGTAATATAAATCGATAATACCGCCGCTGGGATATCGCGTATTTTCACCCATTGACAATGTTTTTGGCGGTGGCATGATGCGCATGAAATTTGAACTTCCTCACGGTTTTAATTCATGTCCACGTATACCCAGCCTGTCATGCTTTTGCTGTCTGGCCTGCTTTTGTTGACTCTGGCGATTGCGGTGTTAAATACACTCGTGCCGCTTTGGCTCGCCCAGGAACACATGTCCACATGGCAGGTAGGCGTTGTCAGCTCATCCTAtttt > 1:879836/1‑288 (MQ=255) gCGTTATGAATGAGTAATATAAATCGATAATACCGCCGCTGGGATATCGCGTATTTTCACCCATTGACAATGTTTTTGGCGGTGGCATGATGCGCATGAAATTTGAACTTCCTCACGGTTTTAATTCATGTCCACGTATACCCAGCCTGTCATGCTTTTGCTGTCTGGCCTGCTTTTGTTGACTCTGGCGATTGCGGTGTTAAATACACTCGTGCCGCTTTGGCTCGCCCAGGAACACATGTCCACATGGCAGGTAGGCGTTGTCAGCTCATCCTATTTTACCGGCaa > 2:323050/1‑288 (MQ=255) gCGTTATGAATGAGTAATATAAATCGATAATACCGCCGCTGGGATATCGCGTATTTTCACCCATTGACAATGTTTTTGGCGGTGGCATGATGCGCATGAAATTTGAACTTCCTCACGGTTTTAATTCATGTCCACGTATACCCAGCCTGTCATGCTTTTGCTGTCTGGCCTGCTTTTGTTGACTCTGGCGATTGCGGTGTTAAATACACTCGTGCCGCTTTGGCTCGCCCAGGAACACATGTCCACATGGCAGGTAGGCGTTGTCAGCTCATCCTATTTTACCGGCaa > 1:268416/1‑288 (MQ=255) cGTTATGAATGAGTAATATAAATTGATAATACCGCCGCTGGGATATCTCGTATTTTCACCCATTGACAATGTTTTTGGCGTTGGCATGATGCGCATGAAATTTGAACTTCCTCACGGTTTTAATTCATGTCCACGTATACCCAGCCTGTCATGCTTTTGCTGTCTGGCCTGCTTTTGTTGACTCTGGCGATTGCGGTGTTAAATACACTCGTGCCGCTTTGGCTCGCCCAGGAACACATGTCCACATGGCAGGTAGGCGTTGTCAGCTCATCCTATTTTACCGGCAAc < 2:1382061/288‑1 (MQ=255) gTTATGAATGAGTAATATAAATCGATAATACCGCCGCTGGGATATCGCGTATTTTCACCCATTGACAATGTTTTTGGCGGTGGCATGATGCGCATGAAATTTGAACTTCCTCACGGTTTTAATTCATGTCCACGTATACCCAGCCTGTCATGCTTTTGCTGTCTGGCCTGCTTTTGTTGACTCTGGCGATTGCGGTGTTAAATACACTCGTGCCGCTTTGGCTCGCCCAGGAACACATGTCCACATGGCAGGTAGGCGTTGTCAGCTCATCCTATTTTACCGGCAAc < 2:621606/287‑1 (MQ=255) gtggatggggaagataAATCGAGAATACGGCCGGTGGGAGATCGGGTATTTTCAGCCATTGACAATGTTTTTGGCGGTGGCATGATGCGCATGAAATTTGAACTTCCTCACGGTTTTAATTCATGTCCACGTATACCCAGCCTGTCATGCTTTTGCTGTCTGGCCTGCTTTTGTTGACTCTGGCGATTGCGGTGTTAAATACACTCGTGCCGCTTTGGCTCGCCCAGGAACACATGTCCACATGGCAGGTAGGCGTTGTCAGCTCATCCTATTTTACCGGCAACCTTGt < 2:690586/276‑1 (MQ=255) atgaatgaGTAATATAAATCGATAATACCGCCGCTGGGATATCGCGTATTTTCACCCATTGACAATGTTTTTGGCGGTGGCATGATGCGCATGAAATTTGAACTTCCTCACGGTTTTAATTCATGTCCACGTATACCCAGCCTGTCATGCTTTTGCTGTCTGGCCTGCTTTTGTTGACTCTGGCGATTGCGGTGTTAAATACACTCGTGCCGCTTTGGCTCGCCCAGGAACACATGTCCACATGGCAGGTAGGCGTTGTCAGCTCATCCTATTTTACCGGCAACCTTg > 1:1485763/1‑288 (MQ=255) atgaatgaGTAATATAAATCGATAATACCGCCGCTGGGATATCGCGTATTTTCACCCATTGACAATGTTTTTGGCGGTGGCATGATGCGCATGAAATTTGAACTTCCTCACGGTTTTAATTCATGTCCACGTATACCCAGCCTGTCATGCTTTTGCTGTCTGGCCTGCTTTTGTTGACTCTGGCGATTGCGGTGTTAAATACACTCGTGCCGCTTTGGCTCGCCCAGGAACACATGTCCACATGGCAGGTAGGCGTTGTCAGCTCATCCTATTTTACCGGCAACCTTGt < 1:1627089/289‑1 (MQ=255) atgaGTAATATAAATCGATAATACCGCCGCTGGGATATCGCGTATTTTCACCCATTGACAATGTTTTTGGCGGTGGCATGATGCGCATGAAATTTGAACTTCCTCACGGTTTTAATTCATGTCCACGTATACCCAGCCTGTCATGCTTTTGCTGTCTGGCCTGCTTTTGTTGACTCTGGCGATTGCGGTGTTAAATACACTCGTGCCGCTTTGGCTCGCCCAGGAACACATGTCCACATGGCAGGTAGGCGTTGTCAGCTCATCCTATTTTACCGGCAACCTTGTCGGt < 1:1253937/289‑1 (MQ=255) gaGTAATATAAATCGATAATACCGCCGCTGGGATATCGCGTATTTTCACCCATTGACAATGTTTTTGGCGGTGGCATGATGCGCATGAAATTTGAACTTCCTCACGGTTTTAATTCATGTCCACGTATACCCAGCCTGTCATGCTTTTGCTGTCTGGCCTGCTTTTGTTGACTCTGGCGATTGCGGTGTTAAATACACTCGTGCCGCTTTGGCTCGCCCAGGAACACATGTCCACATGGCAGGTAGGCGTTGTCAGCTCATCCTATTTTACCGGCAACCTTGTCGGTAc > 1:1905312/1‑289 (MQ=255) atatAAATCGATAATACCGCCGCTGGGATATCGCGTGTTTTCACCCATTGACAATGTTTTTGGCGGTGGCATGATGCGCATGAAATTTGAACTTCCGCACGGTTTTAATTCATGTCCACGTATACCCAGCCTGTCATGCTTTTGCTGTCTGGCCTGCTTTTGTTGACTCTGGCGATTGCGGTGTTAAATACACTCGTTCCGCTTTGGCTTGCCCAGGAACCCATTTCCACATGGCAGGTAGGCGTTGTTAGCTCATCCTATTTTCTCGGCAACCTTGACggacaattgc > 2:476081/1‑281 (MQ=255) ataAATCGATAATACCGCCGCTGGGATATCGCGTATTTTCACCCATTGACAATGTTTTTGGCGGTGGCATGATGCGCATGAAATTTGAACTTCCTCACGGTTTTAATTCATGTCCACGTATACCCAGCCTGTCATGCTTTTGCTGTCTGGCCTGCTTTTGTTGACTCTGGCGATTGCGGTGTTAAATACACTCGTGCCGCTTTGGCTCGCCCAGGAACACATGTCCACATGGCAGGTAGGCGTTGTCAGCTCATCCTATTTTACCGGCAACCTTGTCGGTACATTGCTg < 1:6735/289‑1 (MQ=255) aTCGATAATACCGCCGCTGGGATATCGCGTATTTTCACCCATTGACAATGTTTTTGGCGGTGGCATGATGCGCATGAAATTTGAACTTCCTCACGGTTTTAATTCATGTCCACGTATACCCAGCCTGTCATGCTTTTGCTGTCTGGCCTGCTTTTGTTGACTCTGGCGCTTGCGGTGTTAAATACACTCGTGCCGCTTTGGCTCGCCCAGGAACACATGTCCACATGGCAGGTAGGCGTTGTCAGCTCATCCTATTTTACCGGCAACCTTGTCGGTACATTGCTGACAg > 1:1106325/1‑289 (MQ=255) 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aCCCATTGACAATGTTTTTGGCGGTGGCATGATGCGCATGAAATTTGAACTTCCTCACGGTTTTAATTCATGTCCACGTATACCCAGCCTGTCATGCTTTTGCTGTCTGGCCTGCTTTTGTTGACTCTGGCGATTGCGGTGTTAAATACACTCGTGCCGCTTTGGCTCGCCCAGGAACACATGTCCACATGGCAGGTAGGCGTTGTCAGCTCATCCTATTTTACCGGCAACCTTGTCGGTACATTGCTGACAGGGTATGTCATTAAGCGCATTGGCTTTAACCGCAGCt < 2:1055020/289‑1 (MQ=255) cccATTGACAATGTTTTTGGCGGTGGCATGATGCGCATGAAATTTGAACTTCCTCACGGTTTTAATTCATGTCCACGTATACCCAGCCTGTCATGCTTTTGCTGTCTGGCCTGCTTTTGTTGACTCTGGCGATTGCGGTGTTAAATACACTCGTGCCGCTTTGGCTCGCCCAGGAACACATGTCCACATGGCAGGTAGGCGTTGTCAGCTCATCCTATTTTACCGGCAACCTTGTCGGTACATTGCTGACAGGGTATGTCATTAAGCGCATTGGCTTTAACCGCAGCta > 1:1599397/1‑289 (MQ=255) ttGACAATGTTTTTGGCGGTGGCATGATGCGCATGAAATTTGAACTTCCTCACGGTTTTAATTCATGTCCACGTATACCCAGCCTGTCATGCTTTTGCTGTCTGGCCTGCTTTTGTTGACTCTGGCGATTGCGGTGTTAAATACACTCGTGCCGCTTTGGCTCGCCCAGGAACACATGTCCACATGGCAGGTAGGCGTTGTCAGCTCATCCTATTTTACCGGCAACCTTGTCGGTACATTGCTGACAGGGTATGTCATTAAGCGCATTGGCTTTAACCGCAGCtattat < 1:701746/289‑1 (MQ=255) 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cAGGTAGGCGTTGTCAGCTCATCCTATTTTACCGGCAACCTTGTCGGTACATTGCTGACAGGGTATGTCATTAAGCGCATTGGCTTTAACCGCAGCTATTATCTGGCCTCCTTCATTTTTGCCGCTGGCTGTGCCGGCCTTGGCCTGATGATTGGATTCTGGAGCTGGTTGGCTTGGCGTTTTGTCGCGGGCGTCGGCTGTGCCATGATTTGGGTGGTTGTTGAGAGCGCGCTGATGTGCAGTGGGACGTCACGTAACCGTGGGCGTTTGCTTGCTGCGTATATGATgg > 1:385785/1‑289 (MQ=255) aGGCGTTGTCAGCTCATCCTATTTTACCGGCAACCTTGTCGGTACATTGCTGACAGGGTATGTCATTAAGCGCATTGGCTTTAACCGCAGCTATTATCTGGCCTCCTTCATTTTTGCCGCTGGCTGTGCCGGCCTTGGCCTGATGATTGGATTCTGGAGCTGGTTGGCTTGGCGTTTTGTCGCGGGCGTCGGCTGTGCCATGATTTGGGTGGTTGTTGAGAGCGCGCTGATGTGCAGTGGGACGTCACGTAACCGTGGGCGTTTGCTTGCTGCGTATATGATGGTttat > 2:1541952/1‑289 (MQ=255) ttGTCAGCTCATCCTATTTTACCGGCAACCTTGTCGGTACATTGCTGACAGGGTATGTCATTAAGCGCATTGGCTTTAACCGCAGCTATTATCTGGCCTCCTTCATTTTTGCCGCTGGCTGTGCCGGCCTTGGCCTGATGATTGGATTCTGGAGCTGGTTGGCTTGGCGTTTTGTCGCGGGCGTCGGCTGTGCCATGATTTGGGTGGTTGTTGAGAGCGCGCTGATGTGCAGTGGTACGTCACGTAACCGTGGGCGTTTGCTTGCTGGGTATATGATGTTGTATTACGt > 2:1892026/1‑289 (MQ=255) ||| TCTTCAGCATTAGCGTTATGAATGAGTAATATAAATCGATAATACCGCCGCTGGGATATCGCGTATTTTCACCCATTGACAATGTTTTTGGCGGTGGCATGATGCGCATGAAATTTGAACTTCCTCACGGTTTTAATTCATGTCCACGTATACCCAGCCTGTCATGCTTTTGCTGTCTGGCCTGCTTTTGTTGACTCTGGCGATTGCGGTGTTAAATACACTCGTGCCGCTTTGGCTCGCCCAGGAACACATGTCCACATGGCAGGTAGGCGTTGTCAGCAGTTCCTATTTTACCGGCAACCTTGTCGGTACATTGCTGACAGGGTATGTCATTAAGCGCATTGGCTTTAACCGCAGCTATTATCTGGCCTCCTTCATTTTTGCCGCTGGCTGTGCCGGCCTTGGCCTGATGATTGGATTCTGGAGCTGGTTGGCTTGGCGTTTTGTCGCGGGCGTCGGCTGTGCCATGATTTGGGTGGTTGTTGAGAGCGCGCTGATGTGCAGTGGGACGAGTCGTAACCGTGGGCGTTTGCTTGCTGCGTATATGATGGTTTATTACGT > CP042583/808626‑809186 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |