Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 809,224 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 809,224 | 0 | A | T | 99.6% | 593.2 / NA | 249 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 809,225 | 0 | G | C | 99.6% | 575.4 / NA | 249 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (124/123); total (125/124) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 809,226 | 0 | T | A | 99.6% | 589.4 / ‑6.2 | 249 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (125/123); minor base C (0/1); total (125/124) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.69e-01 |
Only 100 of 249 total aligned reads displayed.
ACAGGGTATGTCATTAAGCGCATTGGCTTTAACCGCAGCTATTATCTGGCCTCCTTCATTTTTGCCGCTGGCTGTGCCGGCCTTGGCCTGATGATTGGATTCTGGAGCTGGTTGGCTTGGCGTTTTGTCGCGGGCGTCGGCTGTGCCATGATTTGGGTGGTTGTTGAGAGCGCGCTGATGTGCAGTGGGACGAGTCGTAACCGTGGGCGTTTGCTTGCTGCGTATATGATGGTTTATTACGTGGGAACGTTTTTAGGCCAGTTACTGGTCAGCAAAGTTAGTACCGAGCTGATGTCCGTATTGCCGTGGGTTACAGGTTTGACGTTGGCAGGGATCTTACCGCTGTTGTTTACGCGTGTGCTGAATCAGCAGGCTGAAAACCATGATAGCACGAGTATTACGAGTATGCTAAAACTCCGTCAGGCGCGGCTTGGCGTGAATGGCTGCATTATCAGTGGAATCGTTCTGGGATCTCTATATGGCCTGATGCCGCTGTACCTCAATCACAAAGGGGTGAGCAATGCCAGCATTGGTTTCTGGATGGCGGTACTGGTCAGTGC > CP042583/808945‑809504 ||| aCAGGGTATGTCATTAAGCGCATTGGCTTTAACCGCAGCTATTATCTGGCCTCCTTCATTTTTGCCGCTGGCTGTGCCGGCCTTGGCCTGATGATTGGATTCTGGAGCTGGTTGGCTTGGCGTTTTGTCGCGGGCGTCGGCTGTGCCATGATTTGGGTGGTTGTTGAGAGCGCGCTGATGTGCAGTGGGACGTCACGTAACCGTGGGCGTTTGCTTGCTGCGTATATGAGGGTTTATTACGGGGGAACGTTTTTAGGACAGTTACTGGTCTGCAAAGTTTCAACCGAgg > 1:1018759/1‑288 (MQ=255) 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aTTAAGCGCATTGGCTTTAACCGCAGCTATTATCTGGCCTCCTTCATTTTTGCCGCTGGCTGTGCCGGCCTTGGCCTGATGATTGGATTCTGGAGCTGGTTGGCTTGGCGTTTTGTCGCGGGCGTCGGCTGTGCCATGATTTGGGTGGTTGTTGAGAGCGCGCTGATGTGCAGTGGGACGTCACGTAACCGTGGGCGTTTGCTTGCTGCGTATATGATGGTTTATTACGTGGGAACGTTTTTAGGCCAGTTACTGGTCAGCAAAGTTTCAACCGAGCTGATGTCCGTAt > 1:377640/1‑289 (MQ=255) tAAGCGCATTGGCTTTAACCGCAGCTATTATCTGGCCTCCTTCATTTTTGCCGCTGGCTGTGCCGGCCTTGGCCTGATGATTGGATTCTGGAGCTGGTTGGCTTGGCGTTTTGTCGCGGGCGTCCGCTGTGCCATGATTTGGGTGGTTGCTGAGAGCGCGCTGATGTGCAGTGGGACGTCACGTAACCGTGGGCGTTTGCTTGCTCCGTACCTGATGGTTTATTACGTGGGACCCGTTTTCGCCCCGGTACTGGGCAGCCAAGTGTCAACCGAGCCGATGTCCGTCtt > 2:1376952/1‑288 (MQ=255) aGCGCATTGGCTTTAACCGCAGCTATTATCTGGCCTCCTTCATTTTTGCCGCTGGCTGTGCCGGCCTTGGCCTGATGATTGGATTCTGGAGCTGGTTGGCTTGGCGTTTTGTCGCGGGCGTCGGCTGTGCCATGATTTGGGTGGTTGTTGAGAGCGCGCTGATGTGCAGTGGGACGTCACGTAACCGTGGGCGTTTGCTTGCTGCGTATATGATGGTTTATTACGTGGGAACGTTTTTAGCCCAGTTACTGGTTAGCAAAGTTTCAACCGGGCTGATGTCCGTATTgac > 1:655860/1‑287 (MQ=255) 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cAGCTATTATCTGGCCTCCTTCATTTTTGCCGCTGGCTGTGCCGGCCTTGGCCTGATGATTGGATTCTGGAGCTGGTTGGCTTGGCGTTTTGTCGCGGGCGTCGGCTGTGCCATGATTTGGGTGGTTGTTGAGAGCGCGCTGATGTGCAGTGGGACGTCACGTAACCGTGGGCGTTTGCTTGCTGCGTATATGATGGTTTATTACGTGGGAACGTTTTTAGGCCAGTTACTGGTCAGCAAAGTTTCAACCGAGCTGATGTCCGTATTGCCGTGGGTTACAGGTTTGACg > 1:306812/1‑289 (MQ=255) aggtattgtCTGGCCTCCTTCAGTTTGGCGGCTGGCTGTGCCGGCCTTGGCCTGATGATTGGATTCTGGAGCTGGTTGGCTTGGCGTTTTGTCGCGGGCGTCGGCTGTGCCATGATTTGGGTGGTTGTTGAGAGCGCGCTGATGTGCAGTGGGACGTCACGTAACCGTGGGCGTTTGCTTGCTGCGTATATGATGGTTTATTACGTGGGAACGTTTTTAGGCCAGTTACTGGTCAGCAAAGTTTCAACCGAGCTGATGTCCGTATTGCCGTGGGTTACAGGTTTGACg < 2:1298703/285‑1 (MQ=255) tGGCCTCCTTCATTTTTGCCGCTGGCTGTGCCGGCCTTGGCCTGATGATTGGATTCTGGAGCTGGTTGGCTTTGCGTTTTGTCGCCGGCGTCGGCTGTGCCCTGAATTGGGTGGTTGTTGAGAGCTCGCTGATGTGCAGTGGGACGTCACGTAACCGTGGGCGTTTGCTTGCTGCGTATATGATGTGCTATTGCGTTGGCACGTTCTTAGGCCTGTTACTGGTCAGCAAAGTTCCAGCCGAGCTGATGTCCGTATTGTCGTGGTGTACAGGTTTGACGtgtgcggtga > 2:174442/1‑279 (MQ=255) 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atgatTGGATTCTGGAGCTGGTTGGCTTGGCGTTTTGTCGCGGGCGTCGGCTGTGCCATGATTTGGGTGGTTGTTGAGAGCGCGCTGATGTGCAGTGGGACGTCACGTAACCGTGGGCGTTTGCTTGCTGCGTATATGATGGTTTATTACGTGGGAACGTTTTTAGGCCAGTTACTGGTCAGCAAAGTTTCAACCGAGCTGATGTCCGTATTGCCGTGGGTTACAGGTTTGACGTTGGCAGGGATCTTACCGCTGTTGTTTACGCGTGTGCTGAATCAGCAGGCTGaaa > 2:937643/1‑289 (MQ=255) atgatTGGATTCTGGAGCTGGTTGGCTTGGCGTTTTGTCGCGGGCGTCGGCTGTGCCATGATTTGGGTGGTTGTTGAGAGCGCGCTGATGTGCAGTGGGACGTCACGTAACCGTGGGCGTTTGCTTGCTGCGTATATGATGGTTTATTACGTGGGAACGTTTTTAGGCCAGTTACTGGTCAGCAAAGTTTCAACCGAGCTGATGTCCGTATTGCCGTGGGTTACAGGTTTGACGTTGGCAGGGATCTTACCGCTGTTGTTTACGCGTGTGCTGAATCAGCAGGCTGaaa > 1:1481609/1‑289 (MQ=255) tCTGGAGCTGGTTGGCTTGGCGTTTTGTCGCGGGCGTCGGCTGTGCCATGATTTGGGTGGTTGTTGAGAGCGCGCTGATGTGCAGTGGGACGTCACGTAACCGTGGGCGTTTGCTTGCTGCGTATATGATGGTTTATTACGTGGGAACGTTTTTAGGCCAGTTACTGGTCAGCAAAGTTTCAACCGCGCTGATGTCCGTATTGCCGTGGGTTACAGGTTTGACGTTGGGAGGGATCTTACCGCTGTTGTTTACTCGTGTTCTGAAGCAGCAGGCGGAAAACCATGAt > 2:1323348/1‑287 (MQ=255) 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ACAGGGTATGTCATTAAGCGCATTGGCTTTAACCGCAGCTATTATCTGGCCTCCTTCATTTTTGCCGCTGGCTGTGCCGGCCTTGGCCTGATGATTGGATTCTGGAGCTGGTTGGCTTGGCGTTTTGTCGCGGGCGTCGGCTGTGCCATGATTTGGGTGGTTGTTGAGAGCGCGCTGATGTGCAGTGGGACGAGTCGTAACCGTGGGCGTTTGCTTGCTGCGTATATGATGGTTTATTACGTGGGAACGTTTTTAGGCCAGTTACTGGTCAGCAAAGTTAGTACCGAGCTGATGTCCGTATTGCCGTGGGTTACAGGTTTGACGTTGGCAGGGATCTTACCGCTGTTGTTTACGCGTGTGCTGAATCAGCAGGCTGAAAACCATGATAGCACGAGTATTACGAGTATGCTAAAACTCCGTCAGGCGCGGCTTGGCGTGAATGGCTGCATTATCAGTGGAATCGTTCTGGGATCTCTATATGGCCTGATGCCGCTGTACCTCAATCACAAAGGGGTGAGCAATGCCAGCATTGGTTTCTGGATGGCGGTACTGGTCAGTGC > CP042583/808945‑809504 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |