| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 810,312 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 810,312 | 0 | A | T | 99.1% | 515.6 / NA | 220 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 810,313 | 0 | G | C | 99.6% | 517.6 / NA | 220 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (109/110); minor base T (1/0); total (110/110) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 810,314 | 0 | C | G | 99.6% | 516.5 / NA | 220 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (109/110); minor base A (1/0); total (110/110) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 220 total aligned reads displayed.
TTTGCATTTCGCTATTTCCGCACTTCTTATTTGCCGCGCATAATCCCTCGTTTTACCGATGCCCCTTTAATTTTGGCGAAGGATTTGTCTATGGCTGGGAATGTTCAGGAAAAACAGTTGCGATGGTACAACATTGCGCTGATGTCTTTTATCACTGTCTGGGGTTTTGGCAACGTTGTTAATAACTATGCCAACCAGGGGCTGGTGGTTGTTTTTAGTTGGGTGTTTATCTTTGCACTCTATTTCACACCTTATGCGCTAATTGTTGGTCAGTTAGGCAGCACCTTCAAAGATGGGAAGGGCGGGGTCAGTACCTGGATTAAACACACGATGGGACCCGGACTGGCTTATCTCGCCGCGTGGACCTACTGGGTGGTGCATATTCCCTATCTGGCACAAAAACCCCAGGCAATTCTGATTGCGCTCGGTTGGGCGATGAAAGGCGACGGTAGCCTAATCAAAGAATATAGTGTCGTAGCGTTACAGGGGTTAACGCTGGTGCTGTTTATCTTCTTTATGTGGGTTGCTAGTCGCGGTATGAAAAGCCTGAAAATCGTCGG > CP042583/810033‑810592 ||| tGCATTTCGCTATTTCCGCACTTCTTATTTGCCGCGCATAATCCCTCGTTTTACCGATGCCCCTTTAATTTTGGCGAAGGATTTGTCTATGGCTGGGAATGTTCAGGAAAAACAGTTGCGATGGTACAACATTGCGCTGATGTCTTTTATCACTGTCTGGGGTTTTGGCAACGTTGTTAATAACTATGCCAACCAGGGGCTGGTGGTTGTTTTTTCATGGGTGTTTATCTTTGCACTCTATTTCACACCTTATGCGCTAATTGTTGGTCAGTTAGGCTCGACCTTCaaa > 1:412755/1‑289 (MQ=255) tGCATTTCGCTATTTCCGCACTTCTTATTTGCCGCGCATAATCCCTCGTTTTACCGATGCCCCTTTAATTTTGGCGAAGGATTTGTCTATGGCTGGGAATGTTCAGGAAAAACAGTTGCGATGGTACAACATTGCGCTGATGTCTTTTATCACTGTCTGGGGTTTTGGCAACGTTGTTAATAACTATGCCAACCAGGGGCTGGTGGTTGTTTTTTCATGGGTGTTTATCTTTGCACTCTATTTCACACCTTATGCGCTAATTGTTGGTCAGTTAGGCTCGACCTTCaaa > 1:294070/1‑289 (MQ=255) aTTTCGCTATTTCCGCACTTCTTATTTGCCGCGCATAATCCCTCGTTTTACCGATGCCCCTTTAATTTTGGCGAAGGATTTGTCTATGGCTGGGAATGTTCAGGAAAAACAGTTGCGATGGTACAACATTGCGCTGATGTCTTTTATCACTGTCTGGGGTTTTGGCAACGTTGTTAATAACTATGCCAACCAGGGGCTGGTGGTTGTTTTTTCATGGGTGTTTATCTTTGCACTCTATTTCACACCTTATGCGCTAATTGTTGGTCAGTTAGGCTCGACCTTCAAAGa < 2:1164686/288‑1 (MQ=255) aTTTCGCTATTTCCGCACTTCTTATTTGCCGCGCATAATCCCTCGTTTTACCGATGCCCCTTTAATTTTGGCGAAGGATTTGTCTATGGCTGGGAATGTTCAGGAAAAACAGTTGCGATGGTACAACATTGCGCTGATGTCTTTTATCACTGTCTGGGGTTTTGGCAACGTTGTTAATAACTATGCCAACCAGGGGCTGGTGGTTGTTTTTTCATGGGTGTTTATCTTTGCACTCTATTTCACACCTTATGCGCTAATTGTTGGTCAGTTAGGCTCGACCTTCAAAGa < 1:1289023/288‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |