Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 811,254 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 811,254 | 0 | A | T | 100.0% | 520.2 / NA | 218 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 811,255 | 0 | G | C | 100.0% | 512.4 / NA | 218 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (112/106); total (112/106) | |||||||||||
* | CP042583 | 811,256 | 0 | C | G | 99.5% | 519.9 / NA | 218 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (112/105); minor base T (0/1); total (112/106) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.86e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 218 total aligned reads displayed.
GTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACGCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCAGCATTGATGCCCCGCTTAAAGTGCTATTAGGTGATGCTGACAGCAAATATATTCCAGCCAGTTTATGTCGTACCAACGCTTCTGGTACGCCCGTTAATGGCTATTTTCTGACCCTGGTACTGGTGGCGATTCTGATTATGCTGCCGACTCTCGGCATTGGTGATATGAACAATCTCTATAAATGGCTGTTGAACCTTAATAGCGTAGTGATGCCGCTGCGTTATTTATGGGTATTTGTTGCATTTATTGCAGTCGTTCGCTTGGCGCAGAAATATAAACCAGAATATGTCTTTATTCGTAATAAGCCTCTGGCAATGACCGTCGGGATTTGGTGTTTTGCCTTTACCGCCTTTGCCTGTTTGACGGGGATCTTCCCGAAAATGGAAGCCTTCACTGCAGAGTGGACCTTCCAGTTGGCGCTGAATGTTGCAACGCCGTTTGTGCTGGTAGGATTAGGACTGATATTCCCGCT > CP042583/810974‑811525 ||| gTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACGCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATGCCCCGCTTAAAGTGCTATTAGGTGATGCTGACAGCAAATATATTCCAGCCAGTTTATGTCGTACCAACGCTTCTGGTACGCCCGTTAATGGCTATTTTCTGACCCTGGTACTGGTGGCGATTCTGATTATGCTGCCGACTCTCGGCATTGGTGATATGAACAATCTCTATAAATGGCTGTTGAACCTTAATTCGGTAGTg > 1:225138/1‑289 (MQ=255) ctacaTGGGTAATACTGTAATGGTGATTTACGTCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTGGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATGCCCCTCTTAAAGTGCTATTAGGTGATGCTGACAGCATATATATTCCAGCCAGTTTATGTCGTACCAACGCTTCTGGTACGCCCGTTAATGGCTATTTTCTGACCCTGGTACTGGTGGCGATTCTGATTATGCTGCCGACTCTCGGCATTGGTGATATGAACAATCTCTATAAATGGCTGTTGAACCTTAATTCGGTAGTGATGCCg < 1:1732538/287‑1 (MQ=255) tGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACGCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTCGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATGCCCCGCTTAAAGTGCTATTAGGTGATGCTGACAGCAAATATATTCCAGCCAGTTTATGTCGTACCAACGCTTCTGGTACGCCCGTTAATGGCTATTTTCTGACCCTGGTACTGGTGGCGATTCTGATTATGCTGCCGACTCTCGGCATTGGTGATATGAACAATCTCTATAAATGGCTGTTGAACCTTAATTCGGTAGTGATGCCGCTGCg < 2:260890/289‑1 (MQ=255) ggTAATACTTTAATGGTGATTTACGCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATGCCCCGCTTAAAGTGCTATTAGGTGATGCTGACAGCAAATATATTCCAGCCAGTTTATGTCGTACCAACGCTTCTGGTACGCCCGTTAATGGCTATTTTCTGACCCTGCTACTGGTGGCGATTCTGATTATGCTGCCGACTCTCGGCATTGGTGATATGAACAATCTCTATAACTGGCCGTTGAACCTTAATTCGGTATTGATGCCGCTGctgt > 2:1291951/1‑286 (MQ=255) 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gTGATTTACGCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATGCCCCGCTTAAAGTGCTATTAGGTGATGCTGACAGCAAATATATTCCAGCCAGTTTATGTCGTACCAACGCTTCTGGTACGCCCGTTAATGGCTATTTTCTGACCCTGGTACTGGTGGCGATTCTGATTATGCTGCCGACTCTCGGCATTGGTGATATGAACAATCTCTATAAATGGCTGTTGAACCTTAATTCGGTAGTGATGCCGCTGCGTTATTTATGGGTATttg > 1:968667/1‑289 (MQ=255) gATTTACGCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATGCCCCGCTTAAAGTGCTATTAGGTGATGCTGACAGCAAATATATTCCAGCCAGTTTATGTCGTACCAACGCTTCTGGTACGCCCGTTAATGGCTATTTTCTGACCCTGGTACTGGTGGCGATTCTGATTATGCTGCCGACTCTCGGCATTGGTGATATGAACAATCTCTATAAATGGCTGTTGAACCTTAATTCGGTAGTGATGCCGCTGCGTTATTTATGGGTATttgtt > 1:583181/1‑289 (MQ=255) aTTTACGCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCTCGATTGATGCCCCGCTTAAAGTGCTATTAGGTGATGCTGACAGCAAATATATTCCAGCCAGTTTATGTCGTACCAACGCTTCTGGTACGCCCGTTAATGGCTATTTTCTGACCCTGGTACTGGTGGCGATTCTGATTATGCTGCCGACTCTCGGCATTGGTGATATGAACAATCTCTATAAATGGCTGTTGAACCTTAATTCGGTAGTGATGCCGCTGCGTTATTTATGGGTATttgtt > 1:1177541/1‑288 (MQ=255) 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tGTTGAACCTTAATTCGGTAGTGATGCCGCTGCGTTATTTATGGGTATTTGTTGCATTTATTGCAGTCGTTCGCTTGGCGCAGAAATATAAACCAGAATATGTCTTTATTCGTAATAAGCCTCTGGCAATGACCGTCGGGATTTGGTGTTTTGCCTTTACCGCCTTTGCCTGTTTGACGGGGATCTTCCCGAAAATGGAAGCCTTCACTGCAGAGTGGACCTTCCAGTTGGCGCTGAATGTTTCAACGCCTTTTGTGCTGGGAGGATTAGGACTGATATTCCCgct > 2:1369488/1‑286 (MQ=255) tGTTGAACCTTAATTCGGTAGTGATGCCGCTGCGTTATTTATGGGTATTTGTTGCATTTATTGCAGTCGTTCGCTTGGCGCAGAAATATAAACCAGAATATGTCTTTATTCGTAATAAGCCTCTGGCAATGACCGTCGGGATTTGGTGTTTTGCCTTTACCGCCTTTGCCTGTTTGACGGGGATCTTCCCGAAAATGGAAGCCTTCACTGCAGAGTGGACCTTCCAGTTGGCGCTGAATGTTGCAACGCCGTTTTTGCTGGTAGGATTAGGACTGAATTTCCCgct > 2:1735654/1‑286 (MQ=255) ||| GTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACGCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCAGCATTGATGCCCCGCTTAAAGTGCTATTAGGTGATGCTGACAGCAAATATATTCCAGCCAGTTTATGTCGTACCAACGCTTCTGGTACGCCCGTTAATGGCTATTTTCTGACCCTGGTACTGGTGGCGATTCTGATTATGCTGCCGACTCTCGGCATTGGTGATATGAACAATCTCTATAAATGGCTGTTGAACCTTAATAGCGTAGTGATGCCGCTGCGTTATTTATGGGTATTTGTTGCATTTATTGCAGTCGTTCGCTTGGCGCAGAAATATAAACCAGAATATGTCTTTATTCGTAATAAGCCTCTGGCAATGACCGTCGGGATTTGGTGTTTTGCCTTTACCGCCTTTGCCTGTTTGACGGGGATCTTCCCGAAAATGGAAGCCTTCACTGCAGAGTGGACCTTCCAGTTGGCGCTGAATGTTGCAACGCCGTTTGTGCTGGTAGGATTAGGACTGATATTCCCGCT > CP042583/810974‑811525 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |