Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 812,289 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 812,290 | 0 | C | G | 100.0% | 629.1 / NA | 265 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (132/133); total (132/133) | |||||||||||
* | CP042583 | 812,291 | 0 | T | A | 99.6% | 624.6 / NA | 265 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (131/132); minor base G (0/1); total (132/133) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 |
Only 100 of 265 total aligned reads displayed.
TTTCGACGATGCAACTAAGTCGAACGCCAGCGTCAAAGCCCTGTTGGACGATATCGACAAGAGAGTCGTCAGTTGTGAGCTCGACTTTAATATCAGGATATTCACGTGTGAAACCAACCAGTAAAGACATTAAAAATATACGTGCAGCTACCCGGGCGGCATTGATTTTGAGCGTTCCTGTCGGTGTCAGACGAAAATCATTCATCTCATCTAACATGATCTGAATTTCGTCGAAAGCTGGGCGCAATCGTTCATAGAGATTAGAACCCGCTTCCGTTAAGCTTACGCTTCGGGTTGTCCGATTGAATAAGCGAATTTTAAGACGTTGTTCCAGTGTTTTAATACTATGGCTAATGGCGGAGCTGGATAAGCCTAACTCATCGCCCGCTGCACGAAAGCTTTGATTACGGGCCACGGCAAAGAAAGTGGCAAAGTCAGACATATTCATCCGCATTAGTGAAAATCCTTCATTAACTCATCCTGAATCATCACGTTTACAGGATTATGCCGCCTGCGTAAAGTGCGCTCCAGAACTTAACGTGGAGGTAAAATTATGCAGT > CP042583/812009‑812568 ||| tttCGACGATGAAACTAAGTCGAACGCCAGCGTCAAAGCCGTGTTGGAAGATATCGACAAGAGAGTCGTACGTTGTGAGCTCGACTTTAATATCAGGATATTCACGTGTGAAACCAACCAGTAAAGACATTAAAAATATACGTGCAGCTACCCGGGCGGCATTGATTTTGAGCGTTCCTGTCGGTGTCAGACGAAAATCATTCATCTCATCTAACATGATCTGAATTTCGTCGAAAGCTGGGCGCAATCGTTCATAGAGATTAGAACCCGCTTCCGTTAACGATACGCt < 2:199876/289‑1 (MQ=255) 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> 2:1061935/1‑289 (MQ=255) ttCCGTTAACGATACGCTTCGGGTTGTCCGATTGAATAAGCGAATTTTAAGACGTTGTTCCAGTGTTTTAATACTATGGCTAATGGCGGACGAGGATAAGCCTAACTCATCGCCCGCTGCACGAAAGCTTTGATTACGGGCCACGGCAAAGAAAGTGGCAAAGTCAGACATATTCATCCGCATTAGTGAAAATCCTTCATTAACTCATCCTGAATCATCACGTTTACAGGATTATGCCGCCTGCGTAAAGTGCGCTCCAGAACTTAACGTGGAGGTAAAATTATGCAGt < 2:1763687/289‑1 (MQ=255) ||| TTTCGACGATGCAACTAAGTCGAACGCCAGCGTCAAAGCCCTGTTGGACGATATCGACAAGAGAGTCGTCAGTTGTGAGCTCGACTTTAATATCAGGATATTCACGTGTGAAACCAACCAGTAAAGACATTAAAAATATACGTGCAGCTACCCGGGCGGCATTGATTTTGAGCGTTCCTGTCGGTGTCAGACGAAAATCATTCATCTCATCTAACATGATCTGAATTTCGTCGAAAGCTGGGCGCAATCGTTCATAGAGATTAGAACCCGCTTCCGTTAAGCTTACGCTTCGGGTTGTCCGATTGAATAAGCGAATTTTAAGACGTTGTTCCAGTGTTTTAATACTATGGCTAATGGCGGAGCTGGATAAGCCTAACTCATCGCCCGCTGCACGAAAGCTTTGATTACGGGCCACGGCAAAGAAAGTGGCAAAGTCAGACATATTCATCCGCATTAGTGAAAATCCTTCATTAACTCATCCTGAATCATCACGTTTACAGGATTATGCCGCCTGCGTAAAGTGCGCTCCAGAACTTAACGTGGAGGTAAAATTATGCAGT > CP042583/812009‑812568 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |