Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 812,784 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 812,784 | 0 | A | T | 100.0% | 604.6 / NA | 251 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 812,785 | 0 | G | C | 98.8% | 596.0 / NA | 251 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (122/126); minor base A (1/2); total (123/128) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 812,786 | 0 | T | A | 99.6% | 598.2 / ‑4.8 | 251 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (123/127); minor base G (0/1); total (123/128) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.08e-01 |
Only 100 of 251 total aligned reads displayed.
ACAGGATTATGCCGCCTGCGTAAAGTGCGCTCCAGAACTTAACGTGGAGGTAAAATTATGCAGTCTGAACGTATTTATTTGGTATGGGCCCATCCTCGTCATGATAGTTTGACCGCACATATTGCTGATGCGATCCATCAGCGGGCAATGGAGCGGAAAATACAGGTGACGGAACTCGATTTATATCGGCGTAATTTCAACCCAGTGATGACGCCGGAAGATGAACCAGACTGGAAGAATATGGATAAACGTTATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATAGTGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGGTTTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATGGAATAATGGGCTGGCTTATGGAGATGGGCACAAATTACCATTCAATAAAGTTCGTTGGGTGGCGCTGGTTGGAGGAGACAAAGAAAGTTTTGTCCAGATGGGCTGGGAAAAAAATATAAGCGATTATTTAAAAAATATGTGCAGTTATCTTGGTATTGAAGATGCCGATGTCACTTTCTTGTG > CP042583/812505‑813061 ||| gATTATGCCGCCTGCGTAAAGTGCGCTCCAGAACTTAACGTGGAGGTAAAATTATGCAGTCTGAACGTATTTATTTGGTATGGGCCCATCCTCGTCATGATTCATTGACCGCACATATTGCTGATGCGATCCATCAGCGGGCAATGGAGCGGAAAATACAGGTGACGGAACTCGATTTATATCGGCGTCATTTTAACCCAGTTATGTCGCCGGAAGATGAACCAGACTGGAAGAAGATGGATAAACGTTACTCTCCAAAGGTTCATCAGCTTTATTAAGAGCTGCTTGa > 2:250489/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |