| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 819,800 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 819,800 | 0 | A | T | 99.6% | 548.5 / NA | 232 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
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| * | CP042583 | 819,801 | 0 | G | C | 99.6% | 537.2 / NA | 232 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (107/123); total (107/125) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 819,802 | 0 | C | G | 100.0% | 548.8 / NA | 232 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (107/125); total (107/125) | |||||||||||
Only 100 of 232 total aligned reads displayed.
CGTCATGAAAATCACTTTAGTCGTACGGAAAGCGCGCAATAATACGGGTTTTATCTCAAAGGCGCTATCACCGCCGCCATGCCGATGAACTGTTGACTATGCTTTTAGCGGATAAACCACGTTAAGAGCATAAAAATGAAGGCGTTCGATCTCCACCGTATGGCATTTGATAAAGTGCCTTTTGATTTCCTTGGCGAAGTTGCACTACGTAGTCTTTATACCTTTGTACTGGTCTTTTTGTTCCTCAAAATGACCGGAAGACGCGGTGTGCGGCAGATGAGCCTGTTTGAAGTTTTAATCATTCTGACGCTGGGAAGTGCGGCGGGAGATGTGGCGTTTTATGATGATGTGCCGATGGTCCCGGTACTTATCGTCTTTATTACTCTGGCGTTGTTATACCGCCTGGTAATGTGGTTGATGGCGCACAGTGAAAAACTGGAAGATCTTCTGGAAGGCAAGCCAGTTGTCATTATTGAAGATGGCGAGCTGGCCTGGAGCAAACTCAATAACTCCAACATGACGGAATTTGAGTTCTTTATGGAGCTACGATTGCGTGGCGT > CP042583/819521‑820080 ||| gtaaTGAAAATCACTTTAGTCGGACGGAAAGCGCGCAATAATACGGGTTTTATCTCAAAGGCGCTATCACCGCCGCCATGCCGATGAACTGTTGACTATGCTTTTAGCGGATAAACCACGTTAAGAGCATAAAAATGAAGGCGTTCGATCTCCACCGTATGGCATTTGATAAAGTGCCTTTTGATTTCCTTGGCGAAGTTGCACTACGTAGTCTTTATACCTTTGTACTGGTCTTTTTGTTCCTCAAAATGACCGGAAGACGCGGTGTGCGGCAGATGTCGCTGTTTg < 2:1284011/285‑1 (MQ=255) 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