Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 821,432 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 821,432 | 0 | A | T | 100.0% | 726.8 / NA | 303 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 821,433 | 0 | G | C | 99.7% | 714.8 / NA | 303 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (177/125); minor base A (0/1); total (177/126) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.16e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 821,434 | 0 | C | G | 100.0% | 715.8 / NA | 303 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (177/126); total (177/126) |
Only 100 of 303 total aligned reads displayed.
GCCTGACAATCGTCATCGTTCGTGAAGATTTGCTGGGCAAAGCGAATATCGCGTGTCCGAGCATTCTGGATTATTCCATCCTCAACGATAACGGCTCCATGTTTAACACGCCGCCGACATTTGCCTGGTATCTATCTGGTCTGGTCTTTAAATGGCTGAAAGCGAACGGCGGTGTAGCTGAAATGGATAAAATCAATCAGCAAAAAGCAGAACTGCTATAT‑GGGGTGATTGATAACAGCGATTTCTACCGCAATGACGTGGCGAAAGCTAACCGTAGCCGGATGAACGTGCCGTTCCAGTTGGCGGACAGTGCGCTTGACAAATTGTTCCTTGAAGAGTCTTTTGCTGCTGGCCTTCATGCACTGAAAGGTCACCGTGTGGTCGGCGGAATGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGA > CP042583/821157‑821710 ||| ccTGACAATCGTCATCGTTCGTGAAGATTTGCTGGGCAAAGCGAATATCGCGTGTCCGTCGATTCTGGATTATTCCATCCTCAACGATAACGGCTCCATGTTTAACACGCCGCCGACATTTGCCTGGTATCTATCTGGTCTGGTCTTTAAATGGCTGAAAGCGAACGGCGGTGTAGCTGAAATGGATAAAATCAATCAGCAAAAAGCAGAACTGCTATAT‑GGGGTGATTGATAACAGCGATTTCTACCGCAATGACGTGGCGAAAGCTAACCGTTCGCGGATGAACGt > 1:699001/1‑288 (MQ=255) aTCGTCATCGTTCGTGAAGATTTGCTGGGCAAAGCGAATATCGCGTGTCCGTCGATTCTGGATTATTCCATCCTCAACGATAACGGCTCCATGTTTAACACGCCGCCGACATTTGCCTGGTATCTATCTGGTCTGGTCTTTAAATGGCTGAAAGCGAACGGCGGTGTAGCTGAAATGGATAAAATCAATCAGCAAAAAGCAGAACTGCTATAT‑GGGGTGATTGATAACAGCGATTTCTACCGCAATGACGTGGCGAAAGCTAACCGTTCGCGGATGAACGTGCCGTTc > 1:1618371/1‑288 (MQ=255) cgtGAAGATTTGCTGGGCAAAGCGAATATCGCGTGTCCGTCGATTCTGGATTATTCCATCCTCAACGATAACGGCTCCATGTTTAACACGCCGCCGACATTTGCCTGGTATCTATCTGGTCTGGTCTTTAAATGGCTGAAAGCGAACGGCGGTGTAGCTGAAATGGATAAAATCAATCAGCAAAAAGCAGAACTGCTATAT‑GGGGTGATTGATAACAGCGATTTCTACCGCAATGACGTGGCGAAAGCTAACCGTTCGCGGATGAACGTGCCGTTCCAGTTGGCGGACa < 2:830445/289‑1 (MQ=255) ttGCTGGGCAAAGCGAATATCGCGTGTCCGTCGATTCTGGATTATTCCATCCTCAACGATAACGGCTCCATGTTTAACACGCCGCCGACATTTGCCTGGTATCTATCTGGTCTGGTCTTTAAATGGCTGAAAGCGAACGGCGGTGTAGCTGAAATGGATAAAATCAATCAGCAAAAAGCAGAACTGCTATAT‑GGGGTGATTGATAACAGCGATTTCTACCGCAATGACGTGGCGAAAGCTAACCGTTCGCGGATGAACGTGCCGTTCCAGTTGGCGGACAGTGCGCTTg < 1:99407/289‑1 (MQ=255) ttGCTGGGCAAAGCGAATATCGCGTGTCCGTCGATTCTGGATTATTCCATCCTCAACGATAACGGCTCCATGTTTAACACGCCGCCGACATTTGCCTGGTATCTATCTGGTCTGGTCTTTAAATGGCTGAAAGCGAACGGCGGTGTAGCTGAAATGGATAAAATCAATCAGCAAAAAGCAGAACTGCTATAT‑GGGGTGATTGATAACAGCGATTTCTACCGCAATGACGTGGCGAAAGCTAACCGTTCGCGGATGAACGTGCCGTTCCAGTTGGCGGACAGTGCGCTTg > 1:1270789/1‑289 (MQ=255) aGCGAATATCGCGTGCCCGTCGATTCTGGATTATTCCATCCTCAACGATAACGGCTCCATGTTTAACACGCCGCCGACATTTGCCTGGTATCTACCCGGTCTGGTCTTTAAATGGCTGAAAGCGAACGGCGGTGTAGCTGAACTGGATAAAATCAATCAGCAAAAAGCAGAACTGCTATAT‑TGGGTGATTGATAACAGCGATTTATACCGCAATGACGTGGACAAAGCTAACCGTTCGCGGATGAACTCGCCGTTACAGTTGGCTGACAGTGCGGTCGAAAAAtgttt > 2:1812601/1‑284 (MQ=255) cgcgTGTCCGTCGATTCTGGATTATTCCATCCTCAACGATAACGGCTCCATGTTTAACACGCCGCCGACATTTGCCTGGTATCTATCTGGTCTGGTCTTTAAATGGCTGAAAGCGAACGGCGGTGTAGCTGAAATGGATAAAATCAATCAGCAAAAAGCAGAACTGCTATATGGGGGTGATTGATAACAGCGATTTCTACCGCAATGACGTGGCGAAAGCTAACCGTTCGCGGATGAACGTGCCGTTCCAGTTGGCGGACAGTGCGCTTGACAAATTGTTCCTTGAaga < 2:205487/289‑1 (MQ=255) 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tcgaatCTGGATTATTCCATCCTCAACGATAACGGCTCCATGTGTAACACGCCGCCGACATTTGCCTGGTATCTATCTGGTCTGGTCTTTAAATGGCTGAAAGCGAACGGCGGTGTAGCTGAAATGGATAAAATCAATCAGCAAAAAGCAGAACTGCTATAT‑GGGGTGATTGATAACAGCGATTTCTACCGCAATGACGTGGCGAAAGCTAACCGTTCGCGGATGAACGTGCCGTTCCAGTTGGCGGACAGTGCGCTTGACAAATTGTTCCTTGAAGAGTCTTTtgctg < 2:700524/284‑1 (MQ=255) gaTTCTGGATTATTCCATCCTCAACGATAACGGCTCCATGTTTAACACGCCGCCGACATTTGCCTGGTATCTATCTGGTCTGGTCTTTAAATGGCTGAAAGCGAACGGCGGTGTAGCTGAAATGGATAAAATCAATCAGCAAAAAGCAGAACTGCTATAT‑GGGGTGATTGATAACAGCGATTTCTACCGCAATGACGTGGCGAAAGCTAACCGTTCGCGGATGAACGTGCCGTTCCAGTTGGCGGACAGTGCGCTTGACAAATTGTTCCTTGAAGAGTCTTTTgctgct < 1:326581/288‑1 (MQ=255) tGGATTATTCCATCCTCAACGATAACGGCTCCATGTTTAACACGCCGCCGACATTTGCCTGGTATCTATCTGGTCTGGTCTTTAAATGGCTGAAAGCGAACGGCGGTGTAGCTGAAATGGATAAAATCAATCAGCAAAAAGCAGAACTGCTATAT‑GGGGTGATTGATAACAGCGATTTCTACCGCAATGACGTGGCGAAAGCTAACCGTTCGCGGATGAACGTGCCGTTCCAGTTGGCGGACAGTGCGCTTGACAAATTGTTCCTTGAagag > 2:1387022/1‑272 (MQ=255) 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aTGACGTGGCGAAAGCTAACCGTTCGCGGATGAACGTGCCGTTCCAGTTGGCGGACAGTGCGCTTGACAAATTGTTCCTTGAAGAGTCTTTTGCTGCTGGCCTTCATGCACTGAAAGGTCACCGTGTGGTCGGCGGAATGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCttgtggagtgag > 2:662300/1‑278 (MQ=255) gCGAAAGCTAACCGTTCGCGGATGAACGTGCCGTTCCAGTTGGCGGACAGTGCGCTTGACAAATTGTTCCTTGAAGAGTCTTTTGCTGCTGGCCTTCATGCACTGAAAGGTCACCGTGTGGTCGGCGGAATGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTc > 2:979977/1‑289 (MQ=255) aaGCTAACCGTTCGCGGATGAACGTGCCGTTCCAGTTGGCGGACAGTGCGCTTGACAAATTGTTCCTTGAAGAGTCTTTTGCTGCTGGCCTTCATGCACTGAAAGGTCACCGTGTGGTCGGCGGAATGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATgg < 1:1527384/289‑1 (MQ=255) aGCTAACCGTTCGCGGATGAACGTGCCGTTCCAGTTGGCGGACAGTGCGCTTGACAAATTGTTCCTTGAAGAGTCTTTTGCTGCTGGCCTTCATGCACTGAAAGGTCACCGTGTGGTCGGCGGAATGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGa > 2:1897264/1‑289 (MQ=255) ||| GCCTGACAATCGTCATCGTTCGTGAAGATTTGCTGGGCAAAGCGAATATCGCGTGTCCGAGCATTCTGGATTATTCCATCCTCAACGATAACGGCTCCATGTTTAACACGCCGCCGACATTTGCCTGGTATCTATCTGGTCTGGTCTTTAAATGGCTGAAAGCGAACGGCGGTGTAGCTGAAATGGATAAAATCAATCAGCAAAAAGCAGAACTGCTATAT‑GGGGTGATTGATAACAGCGATTTCTACCGCAATGACGTGGCGAAAGCTAACCGTAGCCGGATGAACGTGCCGTTCCAGTTGGCGGACAGTGCGCTTGACAAATTGTTCCTTGAAGAGTCTTTTGCTGCTGGCCTTCATGCACTGAAAGGTCACCGTGTGGTCGGCGGAATGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGA > CP042583/821157‑821710 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |