Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 829,791 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 829,791 | 0 | A | T | 99.6% | 563.6 / NA | 239 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 829,792 | 0 | G | C | 99.6% | 568.8 / NA | 239 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (106/132); minor base A (1/0); total (107/132) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.48e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 829,793 | 0 | T | A | 98.7% | 564.7 / NA | 239 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (104/132); minor base C (3/0); total (107/132) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.83e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 239 total aligned reads displayed.
TTGAATGCATAACGACAAAGATCTCTCTACGTGGCAGACATTCCGCCGACTGTGGCCAACCATTGCGCCTTTCAAAGCGGGTCTGATCGTGGCGGGCGTAGCGTTAATCCTCAACGCAGCCAGCGATACCTTCATGTTAAGC‑CTCCTTAAGCCACTTCTTGATGATGGCTTTGGTAAAACAGATCGCTCCGTGCTGGTGTGGATGCCGCTGGTGGTGATCGGGCTGATGATTTTACGTGGTATCACCAGCTATGTCTCCAGCTACTGTATCTCCTGGGTAAGTGGAAAGGTGGTAATGACCATGCGTCGCCGCCTGTTTGGTCACATGATGGGAATGCCAGTTAGTTTCTTTGACAAACAGAGTACGGGTACGCTGTTGAGTCGTATTACCTACGATTCCGAACAGGTTGCTTCTTCTTCTTCCGGCGCACTGATTACTGTTGTGCGTGAAGGTGCGAGCATCATCGGCCTGTTCATCATGATGTTCTATTACAGTTGGCAACTGAGCATCATTTTGATTGTGCTGGCACCGATTGTTAGCATTGCGATTCGCGTTGTA > CP042583/829511‑830069 ||| ttGAATGCATAACGACAAAGATCTCTCTACGTGGCAGACATTCCGCCGACTGTGGCCAACCATTGCGCCTTTCAAAGCGGGTCTGATCGTGGCGGGCGTAGCGTTAATCCTCAACGCAGCCAGCGATACCTTCATGTTATCG‑CTCCTTAAGCCACTTCTTGATGATGGCTTTGGTAAAACAGATCGCTCCGTGCTGGTGTGGATGCCGCTGGTGGTGATCGGGCTGATGATTTTACGTGGTATCACCAGCTATGTCTCCAGCTACTGTATCTCCTGGGTATCAGGAAAg < 1:288365/289‑1 (MQ=255) ttGAATGCATAACGACAAAGATCTCTCTACGTGGCAGACATTCCGCCGACTGTGGCCAACCATTGCGCCTTTCAAAGCGGGTCTGATCGTGGCGGGCGTAGCGTTAATCCTCAACGCAGCCAGCGATACCTTCATGTTATCG‑CTCCTTAAGCCACTTCTTGATGATGGCTTTGGTAAAACAGATCGCTCCGTGCTGGTGTGGATGCCGCTGGTGGTGATCGGGCTGATGATTTTACGTGGTATCACCAGCTATGTCTCCAGCTACTGTATCTCCTGGGTATCAGGAAAg < 1:641527/289‑1 (MQ=255) tGCATAACGACAAAGATCTCTCTACGTGGCAGACATTCCGCCGACTGTGGCCAACCATTGCGCCTTTCAAAGCGGGTCTGATCGTGGCGGGCGTAGCGTTAATCCTCAACGCAGCCAGCGATACCTTCATGTTATCG‑CTCCTTAAGCCACTTCTTGATGATGGCTTTGGTAAAACAGATCGCTCCCTGCTGTTGTGGATGCCGCTTGTGGGGAGCGGGCTGATGATTTTACGTGGTATCACCAGCTATGTCTTCAGGCACTGTATCTCCTGGGTATCAGGAAAggtggt > 2:645055/1‑289 (MQ=255) aTAACGACAAAGATCTCTCTACGTGGCAGACATTCCGCCGACTGTGGCCAACCATTGCGCCTTTCAAAGCGGGTCTGATCGTGGCGGGCGTAGCGTTAATCCTCAACGCAGCCAGCGATACCTTCATGTTATCG‑CTCCTTAAGCCACTTCTTGATGATGGCTTTGGTAAAACAGATCGCTCCGTGCTGGTGTGGATGCCGCTGGTGGTGATCGGGCTGATGATTTTACGTGGTATCACCAGCTATGTCTCCAGCTACTGTATCTCCTGGGTATCAGGAAAGGTGGTaa < 1:865567/288‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |