Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 832,370 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 832,370 | 0 | A | T | 99.0% | 444.4 / ‑6.0 | 191 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 832,371 | 0 | G | C | 99.5% | 448.9 / NA | 191 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (91/99); minor base T (0/1); total (91/100) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 832,372 | 0 | C | G | 99.5% | 438.5 / NA | 191 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (90/99); total (91/100) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 |
Only 100 of 191 total aligned reads displayed.
CGGGCAAACGCTGGTAATGACTGAAAAAGATGCGGTGAAATGCCGGGCCTTTGCAGAAGAAAATTGGTGGTATTTGC‑CTGTAGACGCACAGCTTAGTGGTGATGAACCAGCGAAACTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAATTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGAGCCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGTTAAACAAACCCCGCCGTCGAGCGAGC‑TTGGAGGATATTCCGGCAACGATCTCCCGCATGTCCTTGCTGCAAATCGATACCATCAATATTGTTGCCCGTAGTCCATATCTGGTGCTTTTCAGTCGTCTGGGAAATTATCCTGCCCAGTGGCTGGATGAGTCTCTGGCGCGTGGCGAATTAATGGAATACTGGGCGCATGAAGCCTGCTTTATGCCGCGTAGCGACTTTCGTCTTATTCGCCACCGCATGCTGGCACCTGAAAAAATGGGCTGGAAATACAAAGACGCCTGGATGCAGGAACA > CP042583/832093‑832647 ||| ggCAAACGCTGGTAATGACTGAAAAAGATGCGGTGAAATGCAGGGCCTTTGCAGAAGAAAATTGGTGGTATTTGC‑CTGTAGACGCACAGCTTTCAGGTGATGAACCAGCGAAACTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTTACCTTGCCGCACAAGGCCTGTTACACAAACACCCCCGTCGAGCGTCG‑TTGGAGGatat > 2:855912/1‑289 (MQ=255) 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aTTGGTGGTATTTGC‑CTGTAGACGCACAGCTTTCAGGTGATGAACCAGCGAAACTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGTTAAACAAACCCCGCCGTCGAGCGTCG‑TTGGAGGATATTCCGGCAACGATCTCCCGCATGTCCTTGCTGCAAATCGATACCATCAATATTGTTGCCCg < 2:520442/289‑1 (MQ=255) aTTGGTGGTATTTGC‑CTGTAGACGCACAGCTTTCAGGTGATGAACCAGCGAAACTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGTTAAACAAACCCCGCCGTCGAGCGTCG‑TTGGAGGATATTCCGGCAACGATCTCCCGCATGTCCTTGCTGCAAATCGATACCATCAATATTGTTGCCCg < 1:1730024/289‑1 (MQ=255) aTTGGTGGTATGTGC‑CGGTAGACGCCCAGCTTTCAGGGGATGAACCAGCGAAACTGCTTACGCAACTCACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGTTAAACAAACCCCGCCGTCGAGCGTCG‑TTGGAGGATATTCCGGCAACGATCTCCCGCATGTCCTTGCTGCAAATCGATACCATCAATATTGTTGCCCg < 2:1102371/289‑1 (MQ=255) 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gccgTCGAGCGTCG‑TTGGAGGATATTCCGGCAACGATCTCCCGCATGTCCTTGCTGCAAATCGATACCATCAATATTGTTGCCCGTAGTCCATATCTGGTGCTTTTCAGTCGTCTGGGAAATTATCCTGCCCAGTGGCTGGATGAGTCTCTGGCGCGTGGCGAATTAATGGAATACTGGGCGCATGAAGCCTGCTTTATGCCGCGTAGCGACTTTCGTCTTATTCGCCACCGCATGCTGGCACCTGAAAAAATGGGCTGGaa < 1:564833/262‑1 (MQ=255) gccgTCGAGCGTCG‑TTGGAGGATATTCCGGCAACGATCTCCCGCATGTCCTTGCTGCAAATCGATACCATCAATATTGTTGCCCGTAGTCCATATCTGGTGCTTTTCAGTCGTCTGGGAAATTATCCTGCCCAGTGGCTGGATGAGTCTCTGGCGCGTGGCGAATTAATGGAATACTGGGCGCATGAAGCCTGCTTTATGCCGCGTAGCGACTTTCGTCTTATTCGCCACCGCATGCTGGCACCTGAAAAAATGGGCTGGAAATACAACGACGCCTGGATGCAGGAACa > 2:1764943/1‑289 (MQ=255) ||| CGGGCAAACGCTGGTAATGACTGAAAAAGATGCGGTGAAATGCCGGGCCTTTGCAGAAGAAAATTGGTGGTATTTGC‑CTGTAGACGCACAGCTTAGTGGTGATGAACCAGCGAAACTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAATTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGAGCCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGTTAAACAAACCCCGCCGTCGAGCGAGC‑TTGGAGGATATTCCGGCAACGATCTCCCGCATGTCCTTGCTGCAAATCGATACCATCAATATTGTTGCCCGTAGTCCATATCTGGTGCTTTTCAGTCGTCTGGGAAATTATCCTGCCCAGTGGCTGGATGAGTCTCTGGCGCGTGGCGAATTAATGGAATACTGGGCGCATGAAGCCTGCTTTATGCCGCGTAGCGACTTTCGTCTTATTCGCCACCGCATGCTGGCACCTGAAAAAATGGGCTGGAAATACAAAGACGCCTGGATGCAGGAACA > CP042583/832093‑832647 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |