Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 835,299 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 835,299 | 0 | A | T | 99.6% | 591.3 / NA | 251 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/3); new base C (130/117); total (131/120) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.09e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 835,301 | 0 | C | G | 98.8% | 577.6 / NA | 251 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/0); new base G (128/119); total (131/120) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.49e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 |
Only 100 of 251 total aligned reads displayed.
CCAAATCGTTGAAGCCTTACTGGCCTGGCACCGTCAGGACAGTCGCGGTTGCGTCGGCGCGGTCGACAATACTCAGGAAAATTTCTGGCCCAGTTGGTACCGGCAACATGTTGAAGTGCTATGGACCACGCTCAATCAGTTCAATAACACCGGTCTGACGATGCAGGATAAGCGGATCCTGTTTCGCACTCGCGAATGTCTCCCGGCATTATTTGAAGGCTTTAACGACAATTGTGTGCTGATTCACGGTAACTTCTGTTTACGCAGCATGTTGAAAGATAGCCGC‑AGCGATCAGTTACTGGCGATGGTCGGGCCGGGACTAATGCTTTGGGCACCGCGAGAATACGAACTGTTCCGACTAATGGATAATTCTCTGGCGGAAGATTTGCTCTGGAGTTACCTGC‑AACGCGCGCCAGTGGCGGAGAGCTTCATCTGGCGGCGTTGGTTGTATGTGTTATGGGATGAAGTTGCGCAACTGGTTAATACCGGACGATTTAGTCGGCGCAACTTCGATCTGGCAAGTAAAAGTCTCTTGCCGTGGCTCGCCTGATCACTCTTGCC > CP042583/835019‑835579 ||| aaTCGTTGAAGCCTTACTGGCCTGGCACCTGCAGGACAGTCGCGGTTGCGTCGGCGCGGTAGACAATACTCAGGAAAATTTCTGGCCCTCATGGTACCGGCAACATGTTGAAGTGCTATGGACCACGCTCAATCAGTTCAATAACACCGGTCTGACGATGCAGGATAAGCGGATCCTGTTTCGCACTCGCGAATGTCTCCCGGCATTATTTGAAGGCTTTAACGACAATTGTGTGCTGATTCACGGTAACTTCTGTTTACGCAGCATGTTGAAAGATTCGCGC‑AGCGAt < 1:1290348/289‑1 (MQ=255) aaTCGTTGAAGCCTTACTGGCCTGGCACCGTCAGGACAGTCGCGGTTGCGTCGGCGCGGTCGACAATACTCAGGAAAATTTCTGGCCCTCATGGTACCGGCAACATGTTGAAGTGCTATGGACCACGCTCAATCAGTTCAATAACACCGGTCTGACGATGCAGGATAAGCGGATCCTGTTTCGCACTCGCGAATGTCTCCCGGCATTATTTGAAGGCTTTAACGACAATTGTGTGCTGATTCACGGTAACTTCTGTTTACGCAGCATGTTGAAAGATTCGCGC‑AGCGa > 1:1636/1‑288 (MQ=255) tACTGGCCTGGCACCGTCAGGACAGTCGCGGTTGCGTCGGCGCGGTCGACAATACTCAGGAAAATTTCTGGCCCTCATGGTACCGGCAACATGTTGAAGTGCTATGGACCACGCTCAATCAGTTCAATAACACCGGTCTGACGATGCAGGATAAGCGGATCCTGTTTCGCACTCGCGAATGTCTCCCGGCATTATTTGAAGGCTTTAACGACAATTGTGTGCTGATTCACGGTAACTTCTGTTTACGCAGCATGTTGAAAGATTCGCGC‑AGCGATCAGTTACTGGCGAt > 2:474323/1‑289 (MQ=255) tggcctggcACCGTCAGGACAGTCGCGGTTGCGTCGGCGCGGTCGACAATACTCAGGAAAATTTCTGGCCCTCATGGTACCGGCAACATGTTGAAGTGCTATGGACCACGCTCAATCAGTTCAATAACACCGGTCTGACGATGCAGGATAAGCGGATCCTGTTTCGCACTCGCGAATGTCTCCCGGCATTATTTGAAGGCTTTAACGACAATTGTGTGCTGATTCACGGTAACTTCTGTTTACGCAGCATGTTGAAAGATTCGCGC‑AGCGATCAGTTACTGGCGATGGt < 1:1912876/289‑1 (MQ=255) 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aCTTCTGTTTACGCAGCATGTTGAAAGATTCGCGC‑AGCGATCAGTTACTGGCGATGGTCGGGCCGGGACTAATGCTTTGGGCACCGCGAGAATACGAACTGTTCCGACTAATGGATAATTCTCTGGCGGAAGATTTGCTCTGGCGTTACCTGC‑AACGCGCGCCAGTGGCGGAGTCGTTCATCTGGCGGCGTTGGGTGTATGGTGTATGGGATGAAGTTGCGCAACTGGTTAATACCGGACGATTTAGTCGGCGCAACTTCGATCTGGCATCAAAATCACTCTTGCCggt > 2:331810/1‑287 (MQ=255) tgtttcaccggaaagTTAAAAGATTGGCGC‑CGCGATCAGTTACTGGTGATGGTCGGGCCGCGACTAATGCTTTGGGCACCGCGATAATACGAACTGTTCCGACTAATGGATAATTCTCTGGCGGAAGATTTGCTCTGGAGTTACCTGC‑AACGCGCGCCAGTGGCGGAGTCGTTCATCTGGCGGCGTTGGTTGTATGTGTTATGGGATGAAGTTGCGCAACTGGTTAATACCGGACGATTTAGTCGGCGCAACTTCGATCTGGCATCAAAATCACTCTTGCCGTGGCTCg < 2:1220124/275‑1 (MQ=255) agcaTGTTGAAAGATTCGCGC‑AGCGATCAGTTACTGGCGATGGTCGGGCCGGGACTAATGCTTTGGGCACCGCGAGAATACGAACTGTTCCGACTAATGGATAATTCTCTGGCGGAAGATTTGCTCTGGAGTTACCTGC‑AACGCGCGCCAGTGGCGGAGTCGTTCATCTGGCGGCGTTGGTTGTATGTGTTATGGGATGAAGTTGCGCAACTGGTTAATACCGGACGATTTAGTCGGCGCAACTTCGATCTGGCATCAAAATCACTCTTGCCGTGGCTCGCCTGAcga < 1:995017‑M1/288‑4 (MQ=255) aTGTTGAAAGATTCGCGC‑AGCGATCAGTTACTGGCGATGGTCGGGCCGGGACTAATGCTTTGGGCACCGCGAGAATACGAACTGTTCCGACTAATGGATAATTCTCTGGCGGAAGATTTGCTCTGGAGTTACCTGC‑AACGCGCGCCAGTGGCGGAGTCGTTCATCTGGCGGCGTTGGTTGTATGTGTTATGGGATGAAGTTGCGCAACTGGTTAATACCGGACGATTTAGTCGGCGCAACTTCGATCTGGCATCAAAATCACTCTTGCCGTGGCTCGCCTGAcgaacct > 1:737670‑M1/1‑282 (MQ=255) tGAAAGATTCGCGC‑AGCGATCAGTTACTGGCGATGGTCGGGCCGGGACTAATGCTTTGGGCACCGCGAGAATACGAACTGTTCCGACTAATGGATAATTCTCTGGCGGAAGATTTGCTCTGGAGTTACCTGC‑AACGCGCGCCAGTGGCGGAGTCGTTCATCTGGCGGCGTTGGTTGTATGTGTTATGGGATGAAGTTGCGCAACTGGTTAATACCGGACGATTTAGt < 1:1772451/227‑1 (MQ=255) tGAAAGATTCGCGC‑AGCGATCAGTTACTGGCGATGGTCGGGCCGGGACTAATGCTTTGGGCACCGCGAGAATACGAACTGTTCCGACTAATGGATAATTCTCTGGCGGAAGATTTGCTCTGGAGTTACCTGC‑AACGCGCGCCAGTGGCGGAGTCGTTCATCTGGCGGCGTTGGTTGTACGAGATATGGGATGAAGTTGCGCAACTGGTTAATACCGGACGATTTAGTCGGCGCAACTTCGATCTGGCATCAAAATCACTCTTGCCGTGGCTCGCCTGAcgaacctttta > 1:175136‑M1/1‑278 (MQ=255) ||| CCAAATCGTTGAAGCCTTACTGGCCTGGCACCGTCAGGACAGTCGCGGTTGCGTCGGCGCGGTCGACAATACTCAGGAAAATTTCTGGCCCAGTTGGTACCGGCAACATGTTGAAGTGCTATGGACCACGCTCAATCAGTTCAATAACACCGGTCTGACGATGCAGGATAAGCGGATCCTGTTTCGCACTCGCGAATGTCTCCCGGCATTATTTGAAGGCTTTAACGACAATTGTGTGCTGATTCACGGTAACTTCTGTTTACGCAGCATGTTGAAAGATAGCCGC‑AGCGATCAGTTACTGGCGATGGTCGGGCCGGGACTAATGCTTTGGGCACCGCGAGAATACGAACTGTTCCGACTAATGGATAATTCTCTGGCGGAAGATTTGCTCTGGAGTTACCTGC‑AACGCGCGCCAGTGGCGGAGAGCTTCATCTGGCGGCGTTGGTTGTATGTGTTATGGGATGAAGTTGCGCAACTGGTTAATACCGGACGATTTAGTCGGCGCAACTTCGATCTGGCAAGTAAAAGTCTCTTGCCGTGGCTCGCCTGATCACTCTTGCC > CP042583/835019‑835579 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |