Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 835,443 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 835,443 | 0 | A | T | 99.7% | 665.1 / NA | 287 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base T (144/140); total (146/141) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.95e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.85e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 835,444 | 0 | G | C | 99.0% | 672.6 / ‑1.2 | 287 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); major base C (144/139); minor base T (1/2); total (146/141) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.18e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.31e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 835,445 | 0 | C | G | 99.7% | 670.5 / NA | 287 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (146/140); total (146/141) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.91e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.58e-01 |
Only 100 of 287 total aligned reads displayed.
TAACACCGGTCTGACGATGCAGGATAAGCGGATCCTGTTTCGCACTCGCGAATGTCTCCCGGCATTATTTGAAGGCTTTAACGACAATTGTGTGCTGATTCACGGTAACTTCTGTTTACGCAGCATGTTGAAAGATAGCCGCAGCGATCAGTTACTGGCGATGGTCGGGCCGGGACTAATGCTTTGGGCACCGCGAGAATACGAACTGTTCCGACTAATGGATAATTCTCTGGCGGAAGATTTGCTCTGGAGTTACCTGC‑AACGCGCGCCAGT‑GGCGGAGAGC‑TTCATCTGGCGGCGTTGGTTGTATGTGTTATGGGATGAAGTTGCGCAACTGGTTAATACCGGACGATTTAGTCGGCGCAACTTCGATCTGGCAAGTAAAAGTCTCTTGCCGTGGCTCGCCTGATCACTCTTGCCGTGGCTCGCCACTGCTACCTTTTAGCCACTGCCAGATACGGCCAAGCGTTTCATAGCCAACACGATCGCTATGCATCAACCAGACCGGAGAAGGGATTGCCCGTTCCCACGGGTTAAGCGGGCTGTCGATGGCCAA > CP042583/835163‑835715 ||| ccGGTCTGACGATGCAGGATAAGCGGATCCTGTTTCGCACTCGCGAATGTCTCCCGGCATTATTTGAAGGCTTTAACGACAATTGTGTGCTGATTCACGGTAACTTCTGTTTACGCAGCATGTTGAAAGATTCGCGCAGCGATCAGTTACTGCCGATGGTCGGGCCGGGACTAATGCTTTGGGCACCGCGAGCATACGAATTGTTCCGCCTAATGGATACTGTCCTGTCTGAAGCTTTGCTCTGGTGTTCCCTGCAAACGC‑CGCCACT‑GGCGCAGCCG‑TGCATCTggcg > 2:1357780/1‑289 (MQ=255) gTCTGACGATGCAGGATAAGCGGATCCTGTTTCGCACTCGCGAATGTCTCCCGGCATTATTTGAAGGCTTTAACGACAATTGTGTGCTGATTCACGGTAACTTCTGTTTACGCAGCATGTTGAAAGATTCGCGCAGCGATCAGTTACTGGCGATGGTCGGGCCGGGACTAATGCTTTGGGCACCGCGAGAATACGAACTGTTCCGACTAATGGATAATTCTCTGGCGGAAGATTTGCTCTGGAGTTACCTGC‑AACGCGCGCCAGT‑GGCGGAGTCG‑TTCATCTGgcggcg > 1:1398924/1‑289 (MQ=255) gTCTGACGATGCAGGATAAGCGGATCCTGTTTCGCACTCGCGAATGTCTCCCGGCATTATTTGAAGGCTTTAACGACAATTGTGTGCTGATTCACGGTAACTTCTGTTTACGCAGCATGTTGAAAGATTCGCGCAGCGATCAGTTACTGGCGATGGTCGGGCCGGGACTAATGCTTTGGGCACCGCGAGAATACGAACTGTTCCGACTAATGGATAATTCTCTGGCGGAAGATTTGCCCTGGAGTTACCTGC‑AACGCCCGCCAGT‑GGCGGAGGCG‑TTCATGTGgcggcg > 2:1297807/1‑289 (MQ=255) gACGATGCAGGATAAGCGGATCCTGTTTCGCACTCGCGAATGTCTCCCGGCATTATTTGAAGGCTTTAACGACAATTGTGTGCTGATTCACGGTAACTTCTGTTTACGCAGCATGTTGAAAGATTCGCGCAGCGATCAGTTACTGGCGATGGTCGGGCCGGGACTAATGCTTTGGGCACCGCGAGAATACGAACTGTTCCGACTAATGGATAATTCTCTGGCGGAAGATTTGCTCTGGAGTTACCTGC‑AACGCGCGCCAGT‑GGCGGAGTCG‑TTCATCTGGCGGCgttgg < 1:213727/289‑1 (MQ=255) 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aCTCGCGAATGTCTCCCGGCATTATTTGAAGGCTTTAACGACAATTGTGTGCTGATTCACGGTAACTTCTGTTTACGCAGCATGTTGAAAGATTCGCGCAGCGATCAGTTACTGGCGATGGTCGGGCCGGGACTAATGCTTTGGGCACCGCGAGAATACGAACTGTTCCGACTAATGGATAATTCTCTGGCGGAAGATTTGCTCTGGAGTTACCTGC‑AACGCGCGCCAGT‑GGCGGAGTCG‑TTCATCTGGCGGCGTTGGTTGTATGTGTTATGGGATGAAGTTGCGCaa < 1:840630/288‑1 (MQ=255) tCGCGAATGTCTCCCGGCATTATTTGAAGGCTTTAACGACAATTGTGTGCTGATTCACGGTAACTTCTGTTTACGCAGCATGTTGAAAGATTCGCGCAGCGATCAGTTACTGGCGCTGGTCGGGCCGGGACTAATGCTTTGGGCACCGCGAGAATACGAACTGTTCCGACTAATGGATAATTCTCTGGCGGAAGATTTGCTCTGGAGTTACCTGC‑AACGCGCGCCAGT‑GGCGGAGTCG‑TTCATCTGGCGGCGTTGGTTGTATGTGTTATGGGATGAAGTTGCGCAACTg > 1:1220124/1‑289 (MQ=255) gcgAATGTCTCCCGGCATTATTTGAAGGCTTTAACGACAATTGTGTGCTGATTCACGGTAACTTCTGTTTACGCAGCATGTTGAAAGATTCGCGCAGCGATCAGTTACTGGCGATGGTCGGGCCGGGACTAATGCTTTGGGCACCGCGAGAATACGAACTGTTCCGACTAATGGATAATTCTCTGGCGGAAGATTTGCTCTGGAGTTACCTGC‑AACGCGCGCCAGT‑GGCTGAGTCG‑TTCATCTTGCGGCGTTGGTTGTATGTGTTATGGGATTGAGTTGCGCAACTGGt > 2:1058125/1‑289 (MQ=255) 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aCGCGCGCCAGT‑GGCGGAGTCG‑TTCATCTGGCGGCGTTGGTTGTATGTGTTATGGGATGAAGTTGCGCAACTGGTTAATACCGGACGATTTAGTCGGCGCAACTTCGATCTGGCATCAAAATCACTCTTGCCGTGGCTCGCCTGAcgaaccttttagccactgccagatacggccaagcgtttcatagccaacacgatcgctatgcatcaaccagaccggagaagggattgcccgttcccacgggttaagcggcgagtcgatggccaactgattcgccggggctggtag < 1:67081‑M1/289‑145 (MQ=255) cgcgcgCCAGT‑GGCGGAGTCG‑TTCATCTGGCGGCGTTGGTTGTATGTGTTATGGGATGAAGTTGCGCAACTGGTTAATACCGGACGATTTAGTCGGCGCAACTTCGATCTGGCATCAAAATCACTCTTGCCGTGGCTCGCCTGAcgaaccttttagccactgccagatacggccaagcgtttcatagccaacacgatcgctatgcatcaaccagaccggagaagggattgcccgttcccacgggttaagcggcgagtcgatggccaactgattcgccggggctggtagc < 1:578375‑M1/289‑146 (MQ=255) cgcgcgCCAGT‑GGCGGAGTCG‑TTCATCTGGCGGCGTTGGTTGTATGTGTTATGGGATGAAGTTGCGCAACTGGTTAATACCGGACGATTTAGTCGGCGCAACTTCGATCTGGCATCAAAATCACTCTTGCCGTGGCTCGCCTGAcgaaccttttagccactgccagatacggccaagcgtttcatagccaacacgatcgctatgcatcaaccagaccggagaagggattgcccgttcccacgggttaagcggcgagtcgatggccaactgattcgccggggctggtagc < 1:1035529‑M1/289‑146 (MQ=255) cgcgcgCCAGT‑GGCGGAGTCG‑TTCATCTGGCGGCGTTGGTTGTATGTGTTATGGGATGAAGTTGCGCAACTGGTTAATACCGGACGATTTAGTCGGCGCAACTTCGATCTGGCATCAAAATCACTCTTGCCGTGGCTCGCCTGAcgaaccttttagccactgccagatacggccaagcgtttcatagccaacacgatcgctatgcatcaaccagaccggagaagggattgcccgttcccacgggttaagcggcgagtcgatggccaactgattcgccggggctggtag > 1:124099‑M1/1‑144 (MQ=255) cgcgcgCCAGT‑GGCGGAGTCG‑TTCATCTGGCGGCGTTGGTTGTATGTGTTATGGGATGAAGTTGCGCAACTGGTTAATACCGGACGATTTAGTCGGCGCAACTTCGATCTGGCATCAAAATCACTCTTGCCGTGGCTCGCCTGAcgaaccttttagccactgccagatacggccaagcgtttcatagccaacacgatcgctatgcatcaaccagaccggagaagggattgcccgttcccacgggttaagcggcgagtcgatggccaactgattcgccggggctggtag < 2:124099‑M1/288‑145 (MQ=255) cgcgcCAGT‑GGCGGAGTCG‑TTCATCTGGCGGCGTTGGTTGTATGTGTTATGGGATGAAGTTGCGCAACTGGTTAATACCGGACGATTTAGTCGGCGCAACTTCGATCTGGCATCAAAATCACTCTTGCCGTGGCTCGCCTGAcgaaccttttagccactgccagatacggccaagcgtttcatagccaacacgatcgctatgcatcaaccagaccggagaagggattgcccgttcccacgggttaagcggcgagtcgatggccaactgattcgccggggctggtagcgg > 2:771117‑M1/1‑142 (MQ=255) ||| TAACACCGGTCTGACGATGCAGGATAAGCGGATCCTGTTTCGCACTCGCGAATGTCTCCCGGCATTATTTGAAGGCTTTAACGACAATTGTGTGCTGATTCACGGTAACTTCTGTTTACGCAGCATGTTGAAAGATAGCCGCAGCGATCAGTTACTGGCGATGGTCGGGCCGGGACTAATGCTTTGGGCACCGCGAGAATACGAACTGTTCCGACTAATGGATAATTCTCTGGCGGAAGATTTGCTCTGGAGTTACCTGC‑AACGCGCGCCAGT‑GGCGGAGAGC‑TTCATCTGGCGGCGTTGGTTGTATGTGTTATGGGATGAAGTTGCGCAACTGGTTAATACCGGACGATTTAGTCGGCGCAACTTCGATCTGGCAAGTAAAAGTCTCTTGCCGTGGCTCGCCTGATCACTCTTGCCGTGGCTCGCCACTGCTACCTTTTAGCCACTGCCAGATACGGCCAAGCGTTTCATAGCCAACACGATCGCTATGCATCAACCAGACCGGAGAAGGGATTGCCCGTTCCCACGGGTTAAGCGGGCTGTCGATGGCCAA > CP042583/835163‑835715 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |