Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 836,121 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 836,121 | 0 | G | C | 99.4% | 405.4 / NA | 172 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.42e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 836,122 | 0 | C | G | 99.4% | 401.3 / NA | 172 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (96/74); total (96/76) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.39e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 836,123 | 0 | T | A | 100.0% | 408.1 / NA | 172 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (96/76); total (96/76) |
Only 100 of 172 total aligned reads displayed.
TTCTTCTTCGGTATCTTTTGGCAAATCCAGGGTGATAATTTGCTCGCGCGGCACGCCCAGGCTTTGCGCAACTCTGGCACCTACTTCCGCTGTACTCACCGTATTGGTTTTTGCTACGCCTCCCGTGAAGATCAGTTTACTTCCCGGATTTTCGCGCCATAAGCGAATACCTTCATTCAGGCGTGGCAGACTGTTATTGATTAAATTAGAGCTCGGTGCCCACTGCGGGTTCCAGGTATAACCACCTCCGAGCACCACGATATAGTCCACTTTTTGGCTATTATTCCATGTCGGATAGGTGCTTTCGATGGGACGCAGCAGGCGGTCGGCTACCGGTTGCAAACTCAATAACAAGAGCGCCAGCCACCCAATGCTAATAAAAATCTTCCCGGTTTTTTGAAAACGGCTAAACCACAGCAGCGCCAGGCCAGCGCCAATAATCAACAACATCAGCGGAAGTGGCAGCAACATATTGCCAATCACTTTTTTCAGTGTAAAAAGCATCCTTTCTGGTTCCTTTTTTAACCATATAGCAAGGGATCGCCAGCGATATTA > CP042583/835845‑836399 ||| tcttcttctGTATCTTTTCGCACATCCAGGGTGATAATTTGCTCGCGCGGCACGCCCAGCGATTGCGCAACTCTGGCACCTACTTCCGCTGTACTCACCGTATTGGTTTTTGCTACGCCTCCCGTGAATATCAGTTTTGATCCCGGATTTTCGCGCCATAAGCGAATACCTTCATTCAGGCGTGGCAGACTGTTATTGATTAAATTAGAGCTCGGTGCCCACTGCGGGTTCCAGGTATAACCACCTCCGAGCACCACGATATAGTCCACTTTTTGCGAATTATTCCATg < 1:296477/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |